《現代藥物是怎麼開發出來的》抄襲疑案調查
"即便我這篇文章完全根據穎河的系列文章寫成，只要不是整段地照抄，也稱不上什麼"抄襲"，因為科普文章和論文的標準是不一樣的。"
在方舟子被疑存在抄襲的眾多文章中，發表在2006年12月11日《經濟觀察報》上的《現代藥物是怎麼開發出來的》一文，是網上公認的影響力較大的一篇。
這篇文章在發表的第二天，就被網友指出涉嫌抄襲「穎河」的九篇系列文章《認識藥物》。一位名叫「脆弱」的網友甚至懷疑「穎河」是方的另一個筆名，因為他比較了解方與「穎河」的文章之後，發現方文大約有一半與穎文相似。
質疑聲音出來後，方舟子馬上在新語絲讀書論壇上寫了《關於〈現代藥物是怎麼開發出來的〉一文》，其中表示，他與「穎河」的文章都是根據美國食品和藥物管理局(FDA)1999年9月的一份特別報告所寫的，這份報告的標題是《從試管到患者———通過人類藥物改善健康》(From Test Tube to Patient———Improving Health Through Human Drugs)。
「所以(穎河)和我的文章有些段落相似，例子、數據都相同，只不過他的表達比較忠實於原文，我則採用複述。」方舟子解釋道。但有人發現，方後來刪掉了「我則採用複述」六個字。
方文發表後的第四天，網友「白字秀才」(本名陳廷超)通過萬維讀者網學術與教育論壇，發布了一個很有說服力的帖子———《神秘的106天———扒開騙子的畫皮》，毫不客氣地用兩個有力證據反駁方的辯解。
「很明顯，穎文是根據FDA文那個表格而寫的，而方文是抄襲自穎文!」按照「白字秀才」的分析，「如果方文也是根據那個表格而寫的話，基本不可能寫得如此和穎文類似……任何兩個人，獨立敘述這個表格時，肯定有較大的差別。」
「白字秀才」提出的第二個證據，讓方幾乎無話可說———「潁河」的文中有一處錯誤，而方舟子的文中竟也出現了同樣的錯誤———
「穎河」的文章稱，有一種治療愛滋病的新藥zidoculine(簡稱AZT)，只進行了106天的臨床試驗就獲准上市;方的文章說：「第一種治療愛滋病的新藥AZT的臨床試驗在只進行了106天之後……即提前終止了該臨床實驗。」(詳見附件)
但是，「106天」這個數字是錯誤的。「白字秀才」查遍FDA文件全文，在第33頁發現有這樣一句話：「Zidovudine(AZT)was approved in 107 days，without cutting any corners.」(AZT在107天之內獲得批准，沒有走任何捷徑)。很顯然，原文中出現的時間是107天，方舟子與「穎河」都將其錯寫成了106天。
「白字秀才」說，「穎河」的文章在引述FDA的報告時顯然出現了筆誤，將原文的107天錯誤地寫成了106天。如果方舟子的文章如他所言只是「獨自複述」FDA的報告，怎麼會發生與「穎河」的文章同樣的技術性錯誤呢?除了抄襲，沒有什麼理由可以解釋這樣的「巧合」。
「更糟糕的是，FDA文所說的『在第107天』是指『FDA批准AZT』，也就是說，從AZT完成所有臨床實驗後，把收集的所有數據上報給 FDA，而FDA從接收AZT的申請後的『第107天』批准其上市，而不是說『AZT的臨床試驗只用了106天』。穎文錯誤地理解了FDA文的意思，有趣的是，方文也能『獨自複述』出同樣的錯誤?」
「白字秀才」指出上述錯誤之後，方舟子馬上在新語絲上發表了《對〈現代藥物是怎麼開發出來的〉的一點更正》：「有一個網友來函對文仲介紹的 AZT臨床試驗時間提出了懷疑。此處的確有誤。上文『第一種治療愛滋病的新藥AZT的臨床試驗在只進行了106天之後』一句應改為『第一種治療愛滋病的新藥AZT在還在做II期臨床試驗時』。」
方舟子說：「該例子依據的原文沒有提到臨床試驗天數，在另一處有『Zidovudine was approved in 107 days』的說法，經仔細核對，天數(第107天，即106天後)應該指的是批准時間，而非臨床試驗時間。之所以出現這個誤讀，是因為以前讀過穎河《認識藥物》介紹的同一個例子提到臨床試驗只進行了106天，留下的印象導致先入為主的誤讀。實際上整個臨床試驗進行了大約一年，到II期臨床試驗時發現顯著提高了愛滋病患者的存活率，即提前終止。」
即使涉嫌抄襲疑雲重重，2007年1月14日，方舟子在新語絲上公布的新書《科學成就健康》的目錄中，《現代藥物是怎麼開發出來的》還是被列在了該書第四章。在其2007年3月出版的《批評中醫》一書中也收錄了這篇文章。
2007年2月3日，方舟子發表《對「方舟子抄襲穎河」一事再說幾句》：「其實即便我這篇文章完全根據穎河的系列文章寫成，只要不是整段地照抄，也稱不上什麼『抄襲』，因為科普文章和論文的標準是不一樣的。有人(那些騙子和幫閒們)為了誣陷我抄襲，故意混淆科普文章和論文的區別……」
一位要求不披露姓名的學界人士在接受《法治周末》記者採訪時說，在這起案件中，方舟子事實上已經間接承認了「白字秀才」的指控，但仍不願意認錯和道歉，並且還在為自己的錯誤行為辯解。
網友「難度五級」支持「白字秀才」的觀點。2007年2月8日，「難度五級」在萬維讀者網的學術與教育論壇發表了文章，他將抄襲難度從易到難分為五個級別，對在方舟子涉嫌抄襲「穎河」這個案例進行分析後發現，方舟子的文章與潁河文章中的文字分段、內容組織、自創措辭、引用數字和理解錯誤都是相同的。
附件：方舟子與"穎河"文章對比如下：
方舟子1：生理學家研究人體在正常狀態下的各種生理功能和變化規律，生物化學家研究生命過程中的化學變化，分子生物學家則研究參與生命過程的各種分子的功能和相互作用。這樣，我們就能從分子、細胞、器官到人體不同的層次了解我們的身體在正常狀態下都是如何運行的，而病變又是由於哪一方面發出了異常。
穎河1：生理學家研究機體在正常條件下的各種功能及其變化規律，生物化學家研究生命過程的化學，分子生物學家研究參與生命過程的各種分子和發生在分子水平的各種相互作用。研究人員試圖從不同的層次---從器官水平到細胞與分子水平---去理解這些改變，去思索藥物將如何從細胞和分子層次上糾正這些異常改變。
方舟子2：有時候，研究人員能很快地發現這種特殊的化合物，這是很幸運的。更多的時候，研究人員需要篩選成千上萬種化合物，才能發現有效的少數幾種。
穎河2：科學家們有時很幸運，可能較快地要找到想要的化合物---比如前面所說的那個酶抑制劑。但通常他們要在試驗中一個個地檢查幾百個、幾千個甚至上萬個化合物。
方舟子3：這些是無法在離體實驗中觀察到的。但是，出於人道的考慮，我們也不能就直接拿人來做試驗。因此，下一階段，研究人員需要做動物試驗。
穎河3：在離體實驗系統中就無法觀察藥物作用的這些特徵。因此，下一階段研究人員需要採用另一套藥物實驗系統---動物實驗，在動物身上進一步檢驗這幾種化合物的效果。
方舟子4：常用的實驗動物有小鼠、大鼠、兔子、貓、狗、猴子等。在做動物試驗時，需要用到兩種或更多種的動物，因為不同種類的動物對藥物的反應可能會不同。
穎河4：常用的實驗動物有小鼠大鼠狗貓或猴子等，當然這些實驗動物---稱為醫學實驗動物---的物種都經過特別甄別和培育，生物學特性相當明確，普通的同類動物並不能擔此重任。因為藥物對不同的種屬的動物可能產生不同的作用，通常需要在兩種以上的不同種屬的動物身上進行試驗。
方舟子5：有時候，人們會發現，一種藥物的代謝產物甚至比藥物本身還更有效。
穎河5：有時研究人員會發現，藥物的某種代謝分解產物可能比正在進行試驗的藥物更為有效，或者藥物必須經過機體代謝生成新的物質才能發揮療效。
方舟子6：I期臨床試驗為短期小規模。試驗對象通常為20-100人，健康志願者或患者都可以。其主要目的是觀察新藥是否會出現急性毒副作用，檢驗合適的安全給藥劑量，並初步研究人體對藥物的吸收、代謝和排泄。時間持續數月。如果沒有嚴重的問題，例如不可接受的毒副作用，就可進入II臨床試驗。大約70%藥物能成功地通過這一階段的試驗。
穎河6：I期臨床試驗，短期小規模。初步觀察新藥的安全性並確定合適的給藥劑量，也研究觀察人體對藥物的吸收、代謝和排泄。療效觀察不是這一期的重點。可以選用少量健康的正常人(志願者)或病人進行人體試驗，通常20-100人，持續數月。約70%藥物可成功通過，並進入II期臨床試驗。
方舟子7：II期臨床試驗為中期中等規模。試驗對象是病人，通常為100-300人。主要目的是觀察新藥是否有療效，也對短期的安全性做進一步觀察。時間持續幾個月到兩年。大約只有33%的新藥能成功通過這一階段的試驗，進入III期臨床試驗。
穎河7：II期臨床試驗，中期中等規模。主要觀察新藥療效，進一步觀察安全性，調整並確定合適的給藥劑量。試驗對象是病人，通常100-300人。持續幾個月到兩年。平均約33%的新藥可通過，進入III期臨床試驗。
方舟子8：III期臨床試驗為長期大規模。試驗對象是病人，通常為1000-3000人。目的是確認新藥療效和安全性，確定給藥劑量。時間持續一到四年。約25-30%的新藥可通過這一階段的試驗。
穎河8：III期臨床試驗，長期大規模。確認新藥療效和安全性，確定給藥劑量。試驗對象是病人，通常1000-3000人。持續一到四年。約25-30%的新藥可通過。
方舟子9：在完成III期臨床試驗之後，製藥公司就可向藥監部門提出上市申請，由藥監部門組織專家鑑定。在美國，最後經食品藥品管理局(FDA)批准上市的新藥，只占最初申請進入臨床試驗的新藥總數的20%。
穎河9：完成III期臨床試驗的新藥，在進行數據分析和總結之後，由製藥公司負責提出上市申請，FDA組織專家進行審批。最後經FDA批准可以上市的新藥，只有最初申請進入臨床試驗的新藥總數的20%。
方舟子10：新藥被批准上市之後，通常仍然需要進一步觀察藥物在大範圍長時間臨床應用時的療效和安全性，並與其他已有藥物進行比較，稱為IV期臨床。由於在做臨床試驗時，兒童、孕婦和老人常被排除在外，因此在新藥上市後，特別需要觀察藥物對這些群體和某些特定的病人群體的安全性、療效和劑量範圍，以獲得更全面的資料。
穎河10：通常，新藥被批准上市之後還要繼續進行一期臨床研究，稱為IV期臨床。主要研究新藥的長期療效與毒性，與其他藥物的比較等。在新藥經批准公開上市之後，需要進一步觀察該藥物在大範圍長時間臨床應用時的療效和安全性。特別需要觀察藥物對兒童和老年病人，婦女和懷孕婦女，或者某些特定的病人群體的安全性和療效以及劑量範圍，以獲取更為全面的資料。
方舟子11：有時候，在臨床試驗過程中，一種藥物被發現能夠有效地治療惡性疾病，會提前中止臨床試驗而直接用於治療病人。例如，第一種治療愛滋病的新藥AZT的臨床試驗在只進行了106天之後，發現它能顯著增加病人的存活率，美國食品藥品管理局立即提前中止了該臨床試驗，並在批准其上市之前允許它被用於治療4000多名愛滋病患者。
穎河11：在實踐上，一旦發現某藥可能影響病人的生存狀態，就可能立即停止試驗。舉例來說，當發現第一個治療愛滋病的新藥 zidoculine---簡稱AZT---能明顯增加病人存活之後，FDA就立即提前終止了該藥的臨床試驗，並在批准該藥上市之前授權允許四千多名愛滋病病人使用它。該藥的臨床試驗只進行了(大約)106天就獲准結束。
