新疆地域遼闊，面積166萬平方公里(占全國1/6)。新疆的反恐力量以武警為主，2008年升級為正軍級的武警新疆總隊，下設副軍級的武警生產建設兵團指揮部和正師級的武警南疆指揮部，共由15個團級支隊和一個直屬大隊(駐守首府烏魯木齊市)、一個武警機動師組成，總兵力約7萬人，武警兵力較其他省分為多。
新疆伊犁的武警第7師，前身是1969年由北京、瀋陽兩軍區部隊組建的陸軍第3師，歸新疆軍區統轄。該師1996年轉為武警部隊建制，改稱武警機動部隊第7師。該師師部駐新源縣，19團駐伊寧市，20團駐新源縣，21團駐尼勒克縣，706團原也駐新源縣，2009年烏魯木齊「7‧5」事件發生後，改駐烏魯木齊市。
和大陸其他城市一樣，新疆各地級市、自治州或地區一級各有一個武警支隊(團)駐守，但一些地方還駐有多過一個支隊的武警，如首府烏魯木齊除706團、烏市支隊外，還有兩支機動支隊。
在阿克蘇地區，除武警阿克蘇支隊外，還有武警建設兵團的第一支隊。在喀什除喀什支隊外，還在鄰近的巴楚縣駐武警建設兵團的第三支隊。此外，解放軍新疆駐軍亦有10萬之眾。
