進化論和創造論之間的辯論常被稱為「大辯論」。它是一個包含很多情感在內的起源問題—萬物為什麼，怎麼樣，從哪裡起源？20世紀的科學已經不得不發現，宇宙起源於某一點。大辯論的雙方現在一致認為宇宙不是永存的。然而，雙方的共識也到此為止。關於「起源事件」的「為什麼」和「怎麼樣」，正是分歧和爭議的開始。大辯論中有兩個基本理論。第一個是歷史上默認的理論——創造論的起源模式。這種理論認為萬物的複雜設計都意味著存在一個設計者。第二個理論是近代的無神論解釋——進化論的起源模式。這種理論認為萬物的複雜設計只是隨機的可能性和額外時間的產物。
進化論和創造論之爭確實是我們這個科學年代的大辯論。在任何科學辯論中，理論必須由證據來檢測。我們建議應該由進化論者承擔舉證的責任，因為創造論在距今兩百年前是貫穿幾乎所有文化和宗教的一種歷史和內在的默認理論。進化論者把自己看作是這場辯論當中的唯一「科學家」，認為應該由創造論者來舉證。進化論者推理說：我們不能看到造物主，我們不能聽到造物主，我們不能摸到、嘗到或是聞到造物主。因此我們不能用現有的任何形式的科學設備來檢測造物主的存在。
創造論者反駁說：我們也不能看到、聽到、摸到、嘗到和聞到人類的思想。我們不能用現有的任何形式的科學設備來檢測人的思想的存在。當我們看腦波圖的時候，我們觀察人腦中鹽流量和腦電活動；但我們甚至都不知道人的思想在哪裡。然而我們看到人的軀體來來往往，將無序變有序，或是依據潛意識的標準做出有意識的決定。我們可以看到大腦通過這個被稱為思想的無形領域而運作產生的設計及其複雜性；因此我們確定人類的思想是存在的。因此，創造論者基於同樣的「證據」認為存在「創造者」也是絕對符合邏輯的。我們看到周遭的設計都來自於一個唯一宏偉的概念，而這樣一個概念只能來自一個複雜的頭腦。而且，萬物內在的數學和物理法則（很戲劇性地，包括熱力學和因果關係的各種法則）都有效證明了這一論斷。
在進化論和創造論的衝突中，進化論者在理論科學上很到位但是沒有經驗的證據。進化論者提出理論：認為宇宙，包括所有其內容（空間，時間，物質和能量）都是來自於一場虛空的爆炸。這與熱力學的第一法則是相悖的。空間，時間，物質和能量最初來自於哪裡？因此，對進化論者來說，起源這個終極問題是無法解決的。使他們更加撓頭的是：這種認為萬物起源於虛無的爆炸起源論無法解釋宇宙中的各種複雜和精細現象，包括宇宙中的「空隙」和「團塊」，星系的逆行運動等。儘管它存在諸多問題，這種源於虛空的爆炸理論還是被稱為「大爆炸」理論，並且被大部分進化論者接受。進化論是一種很獨特的「科學」。通常科學家先觀察試驗數據，然後形成理論。現在進化論者已經有了結論，正尋找缺少的數據。
接著，進化論和創造論的辯論試圖解開複雜性這一謎團。創造論者認為宇宙被一個智慧的設計者設計，成為複雜。而進化論者，為了排除這個設計者，認為複雜性源於長時間的簡單積累。進化論者將時間視作他們的答案。然而硬科學告訴我們時間是複雜性的敵人。這一事實已有諸多論述，並成為一條物理法則：「熱力學第二法則」。
進化論和創造論——進化論者從大約一百五十年前開始現代進化論運動，在他們搜尋證據之前，實際上沒有這樣的辯論。創造論在一神教世界是「默認理論」，而多神教則傾向於泛神論、自然神論或自然生成論。進化論者認為複雜源於簡單，儘管它與已知物理法則矛盾。而且，進化論者認為簡單是沒有任何誘因的一蹴而就。我們先收集證據，然後再開始辯論。
創造論與進化論之爭，已經一百多年了。為什麼能吵那麼久呢？科學理論本來是不辯自明的，錯誤的理論經不起時間考驗，自然會有新的理論起而代之。然而創造論與進化論之爭，其實已經超過科學的範疇，成為無神論與有神論之哲學爭論。君不見哲學爭論永遠是沒完沒了的嗎？
為什麼我如此說呢？當年達爾文觀測到荒島上的鳥獸跟大陸上的不一樣，提出變異和物競天擇。這原本無可厚非，他的理論只是眾多解釋物種來源的理論中的一套。動物是屬於什麼種類，還不是科學家自己定的嗎？有時候動物是真的變異，也有時候是科學家改變了分類的方法。理論終歸是理論，改變又有什麼不可以呢？
達爾文觀測的變異和物競天擇，後來得到遺傳學和化石研究等的支持，進化論也可以用來解釋細菌對抗生素逐漸產生抵抗力的現象等等。無可否認，變異和物競天擇是很實用的理論。達爾文在這方面的觀測和研究應記一大功。
變異和物競天擇現象是科學事實這是一回事，但從而引申出整個進化論卻是另一回事。進化論從物種的起源引申到生命的起源，又引申到無神論，這就大大超出了科學的範疇。我們尚且不清楚生命是什麼，怎麼去談論它的起源呢？生物學和醫學只是研究生命的表徵，並不嘗試研究什麼是生命的本質，生命本質是哲學的範疇。
換句話來說，醫生可以維持病人生命的表徵，如呼吸、心跳，但我們不能保證維生系統下的病人，還是一個有「生命」的人，他可能已經腦死多時。我們可以把他的器官移植，但我們不能把一個人的「生命」移植到另一人身上。就算有一天，我們能把一個人的細胞「克隆」出來，但我們也不是創造了一個「生命」。這一個細胞「克隆」的「生命」還要慢慢成長，將來要發展成什麼樣的人可就沒有人曉得了。
將進化論從科學理論轉變成為哲學理論，仍要說是科學，這是不合理的。嚴格來說，科學部分只限於變異和物競天擇的理論，因為只有這些是能被檢定和驗證的。生命起源論以及無神論，都不能被檢定和驗證。就算今天我們能製造一個胺基酸或一個脫氧核醣核酸，也不能證明億萬年前就是這樣造出第一個「生命」的。
何況進化論這種理論的難度實在不可思議。要從無機的原子，「進化」產生有機的分子，再要「碰巧」產生胺基酸或脫氧核醣核酸，真是談何容易。況且進化並不是直線的，好不容易弄到一個胺基酸或脫氧核醣核酸，可能因為什麼天氣變化，火山地震，就打回第一方格之上。因此有一些科學家認為，進化的過程並非隨意的，而是有某種自然的力量在引導著。所以利用進化論來解釋生命的起源，實在言之過早，必須要更多的證據來支持。
對變異和物競天擇同樣的科學觀測，創造論者則有不同的解釋，說恰好證明這是智慧設計的結果，這精心設計出來的生命，有驚人的彈性和活力，可以適應各種環境、氣候而生存，結果就產生了各式各樣的物種。
這理論與進化論一樣，能被檢定驗證的亦只有變異和物競天擇。從這觀測引申出來的智慧設計或創造論，以致有神論，亦超出了科學的範疇。早期的創造論偏向以按文字解釋聖經為基礎，說創造的過程必然是六天完成。我個人認為是流於古板，並不符合實際。現在的創造論或智慧設計論，從科學觀測開始，推論出Irreducible omplexity（複雜卻不可簡化）的概念，比較開明合理。
神存在與否，並不屬於科學範疇。但我們不能就此說神創論或智慧設計論一無是處，也不能說神創論扼殺了科學的進步。歷史證明剛好相反，有不少的科學定理都是由相信神的科學家發現的，如牛頓等。他們由於相信智慧創造或設計，所以他們相信科學研究是有意義的，相信終會找到這些精妙設計個中的道理來。不相信神的人反而可能扼殺了科學的進步，因為他們可能相信一切都是隨意的，並不一定要有什麼原因和道理！
創造論或智慧設計論也可以解釋很多自然現象。在遺傳學上，這兩種理論認為，創造或設計者利用基因作為所有生命類型的共同藍本。有共同的藍本，這對科學研究有很大的幫助。起碼，我們可以把從果蠅身上學到的基因運作機理，應用在較大的動物身上。在試驗新的藥物時，我們也可以先利用動物來作試驗。
在醫學方面，創造或智慧設計論也能解釋細菌對抗生素逐漸產生抵抗力的現象。所不同的是，創造或智慧設計論認為，有抵抗力的細菌原先就存在，在抗生素被濫用後，在便物競天擇地發展出來。而進化論認為，有抵抗力的細菌的產生，是因為抗生素引致了細菌基因突變。就醫學應用而言，這兩種理論都各有所取。
當一個人面對生命結束的時候，相信進化論的無神論者可以說：「人根本就與萬物一樣，不斷地循環再造。」或自我安慰：「你們也不見得比我好，最後還不是跟我一樣嗎？」有神論者則因為相信上帝，放下憂慮，泰然地說：「你們不必為我憂傷，我們天上還能再相見。大家珍重。」癌症醫生見過很多病人因此得到安慰，而無神論者在臨終前能灑脫的實在鳳毛麟角。因為他們的「前途」是不一樣的。
在科學領域裡，有好幾個不同的理論並存沒有什麼大不了。進化論也有部分事實與可取之處（如微進化論），遺憾的是它被過度延伸（廣進化論），被有心者引為無神論的根據。創造論其實能用來解釋很多的生命和自然現象。凡有弄不明白的地方，憑著「內里必有它的原因」這信念，就可以想通很多難明的生理生化難題，幫助通過無數的考試。
智慧設計論比進化論更合理。但事實上進化論與智能設計論，都還只是理論而已。理論，各有其目的與限制，畢竟信仰是邏輯推理的基礎前提，不管是進化論還是創造論，都超越了可證明的範圍，對於有神或是無神，都需要用信心來接受。而相信有神創造論的信心前提，是合乎理性，而且可以用生命來驗證的。所以有人說：「先創造了，然後進化，就這麼簡單。」創造論與進化論各有所長和所短，畢竟都是在探討很難驗證的題目，都超出了科學的範疇，只能用信心接受。創造論雖好，但目前的創造論卻有些偏執，主要原因是受傳統釋經學的束縛太深。至於進化論，多少還是一個沒有被證實的科學假說，具體這個假說現在還沒有一個明確的定論。
創造論與進化論，都是老得不能再老的問題，辯也辯不清楚的問題。但是它們卻有兩個共同點：一個是都想明白人的起源，第二個是都想了解人的歸處。所以說，「神造萬物，然後萬物各行其職，包括人類。很多的科學家和學者，都在他們所研究的生物或科學領域，發現了難以用進化論去解釋的現象。而自然界和生命中的種種奇蹟和微妙，也不是現今的科技所能一一解釋的呢。」
