1967年6月18日，北京鋼鐵學院張建琪、北京外語學院劉令凱等人組織一個紅衛兵組織，全稱為「首都五一六紅衛兵團」，組建時不到100人。其宗旨是炮打周恩來，認為周為「二月逆流」的黑後台。由於炮打的是忠實執行毛澤東文革路線的周恩來，該組織的活動立即受到毛澤東和黨中央的關注，該組織很小而且影響甚微，1967年9月8日，毛澤東在《人民日報》發表的文章中加了一段話：說「……所謂『五一六』的組織者和操縱者，就是這樣一個搞陰謀的反革命組織。應予以徹底揭露」。第一次公開在報刊上提出要在全國徹底揭露「五一六反革命陰謀集團」。該組織被取締並逮捕張建琪、劉令凱等人，押送至天津勞改農場改造（1976年9月毛澤東去世，張建琪在勞改農場高喊反毛口號，張被再次逮捕，加判15年徒刑），問題基本上解決。可中共為整人不斷地找藉口，極力誇大這個小組織的力量和活動範圍。
1968年，中央成立清查「五一六」專案領導小組，1970年1月31日，中共中央發出《關於打擊反革命破壞活動的指示》，進一步在全國大規模地開展清查「五一六」運動。
3月27日，中共中央發出《關於清查「五一六」反革命陰謀集團的通知》。這個通知要求糾正擴大化傾向，制止搞逼供信和採取體罰或變相體罰的手段，並提出「要擴大教育面，縮小打擊面」。但是，通知又提出：「國內外階級敵人同我們的鬥爭是很複雜的，反革命秘密組織決不是只有一個『五一六』」，鼓動人們去抓更多的「反革命」，該檔並未明確規定『五一六』分子的標準和界限。當時，中共指示，凡是有『三指向』（將矛頭指向以為首的黨中央，指向『三支兩軍』，指向『革命委員會』）行為的人，就要在這個運動中清查。所謂的『三指向』其實是可以做出多種解釋的，使清查具有了很大的隨意性；而『三指向』與以往的『反革命』罪不同的是，它很容易被延伸到『文革』中最活躍的『造反派』身上。因此，很自然地『清查』運動的矛頭就指向了在校大學生里『文革』初期的積極分子。從吳德的話也可證實這一點說，「就是通過這次清查，把『五大領袖』（文化大革命初期，聶元梓、蒯大富、韓愛晶、譚厚蘭、王大賓五人曾經被稱為學生造反派「五大領袖」）拿下來的，批判、查清了他們的罪行，然後把他們下放去勞動改造」，中共利用紅衛兵造反達到目的後，就丟棄，1971年2月8日，經毛澤東批准，中共中央發出《關於建立『五一六』專案聯合小組的決定》。
從1970年初至1974年在全國範圍內開展清查「五一六」分子運動。全國約有300萬人被打成「五一六」分子，連同受牽連的家人超過千萬。
在北京地質學院，物探系總共只有120多名教職工，其中108人被打為「五一六」分子，該校數名師生被整死。
外交部3,000名職工，竟有1,500人被打成「五一六」分子。許世友在南京抓了20多萬名「五一六」分子。在清查「五一六」分子運動中，其速度之迅猛、打擊之面廣、鬥爭之殘酷，手段之殘酷，時間之漫長，逼死逼瘋逼殘的人之多，為文革其他運動所罕見。在深挖中，毛澤東不斷發指示：罪行不在大小，關鍵在於態度；革命的學生要聯合，打倒反革命「五一六」；林彪則發指示:抓「五一六」一個都不能放過；在這「一個都不能放過」的指令下，寧可錯抓百萬，不可放走一人，許多甚至沒有聽說過「五一六」組織的人被搞得家破人亡，妻離子散。
具有諷刺性的是：有些清查「五一六」專案領導小組的領導和骨幹，如陳伯達後被列為「五一六」陰謀集團的操縱者，「9·13」事件後，林彪被名列操縱者的首位，深挖「五一六」的江蘇省革委會副主任的遲明堂，後來也被打成「五一六」分子，中央「五一六」專案組辦公室主任、公安部長李震也自殺身亡。「五一六」反革命陰謀集團是文革中的大冤案之一，利用運動殺人本就是中共的一貫作法。
