華南海鮮市場的新冠病毒來自其他地方，這個結論有了基於基因序列的證據。
中國科學院西雙版納熱帶植物園的研究人員在分析93個新型冠狀病毒樣本基因體數據後發現，基於120個變異位點得到58種單倍型（基因類型）中，來自華南海鮮市場患者樣品單倍型與 H1有關，而作為更古老的基因類型樣本 H3、H13和 H38則來自華南海鮮市場之外。這印證了華南海鮮市場不是病毒發源地的推論。
(圖新型冠狀病毒58種單倍型的演化關係和地理分布格局（A，B），單倍型之間的可能演化關係（C），以及新型冠狀病毒的可能傳播和擴散路線（D）；A和 B圓圈中的數據是樣本數量（來源：郁文彬）
這個研究印證了此前1月24日發表在《柳葉刀》的研究結論，即追蹤第一批41個確診病例發現，這批最早在12月1日報告的病例中，總共有13個病例與海鮮市場無接觸史。也就是說，病毒在進入海鮮市場之前就已經潛入武漢居民的生活中。
這個研究由中國科學院西雙版納熱帶植物園郁文彬聯合華南農業大學和北京腦科中心的科研人員進行，於2月19日發表在中國科學院科技論文預發布平台 ChinaXiv上。
作者認為，確定海鮮市場是不是病毒發源地對於尋找病毒的來源，以及確定中間宿主，對疫情的控制和避免再次爆發具有至關重要的意義。
全基因體數據分析溯源
圖跨越8個編碼區的120核苷酸突變分析（來源：郁文彬）
郁文彬對 DeepTech解釋說，這是一種基於種群遺傳學的分析方法。一種基因型不等於一個患者，一種新冠病毒單倍型攜帶者有可能是多人，甚至可能是上百人，比如 H1單倍型就對應了19個樣本，但是可以通過這個來溯源，因為某個單倍型患者意味著可能是來自同一個源傳染。
研究人員收集了全世界各領域共享到 GISAID EpiFluTM資料庫中的93個新型冠狀病毒樣本的基因體數據（截止2月12日），覆蓋了四大洲12個國家。其中有39個樣本來自11個國家的感染患者，編碼了31個單倍型。來自中國的54個樣本也編碼了31個單倍型。
他們通過全基因體數據解析，追溯傳染源及擴散路徑發現，收到的93個樣本包含58種單倍型，而58個單倍型中，H13和 H38是比較「古老的」單倍型，兩者通過單倍型 H3衍生出了單倍型 H1。
值得注意的是，與華南海鮮市場有關聯的患者樣品單倍型都是 H1及其衍生單倍型，而一份來自武漢樣品的更「古老的」單倍型 H3則與華南海鮮市場無關。作者結合第一批患者報告信息，以及種群擴張時間分析結果，作者推測華南海鮮市場的新型冠狀病毒是從其他地方傳入進來，在市場中發生快速傳播蔓延到市場之外。
作者還推測，單倍型 H13和 H38通過一個中間載體與蝙蝠冠狀病毒 RaTG13關聯，這個中間載體 mv1可能是一個祖先單倍型，也可能來自中間宿主或者「零號病人」。
「古老的」單倍型 H13和 H38的病毒樣品分別來自深圳的病患（廣東首例）和美國華盛頓州的病患（美國首例）。他們的旅行記錄表明2019年12月底至2020年1月初都來過武漢。
為什麼有2個「古老的」單倍型呢？郁文彬對 DeepTech解釋說，其實 H13和 H38，以及 H3，它們兩兩之間只有1個核苷酸位點的差異，有可能是衍生到 H3後，發生了一次轉換的回覆突變，衍生到另外一種基因型基因型。並且兩者都是同義突變，即該突變不影響基因表達的結果。這就意味著2個「古老的」單倍型極為接近。
現有武漢樣本中沒有檢測到 H13和 H38單倍型，作者推測可能是因為現有樣品主要采自幾家定點醫院，而且樣品採集時間局限於2019年12月24日和2020年1月5日。那麼，如果能在武漢其他醫院早期的病患中檢測到這兩種單倍型，將對於尋找病毒來源非常有幫助。
對於單倍型 H3，其武漢樣本的發現時間在2020年1月，但這並不意味著其基因型更「年輕」。郁文彬解釋說，可能是因為病毒在被傳染到這位攜帶者身上沒有發生變異，或者很早傳染到這位患者，只是沒有發病。
追蹤「零號病人」
圖新型冠狀病毒單倍型的樣品採集時間情況。紅色圈的樣品是確認與華南海鮮市場有關；藍色圈的樣本確認與海鮮市場無關（來源：郁文彬）
華中農業大學一位匿名教授評價說，這是一項基於現有新型冠狀病毒基因體序列的研究。理論上根據其變異的情況，是能夠溯源各個樣本之間的關係，到底是父子關係還是兄弟姐妹關係，到底複製了多少代。那麼就可以最終追溯出最早的新冠病毒從哪裡來。當然這裡有一個假設是病毒是從動物傳播到人。
在華南海鮮市場之外發現單倍型 H3也就意味著，H3攜帶者傳染了去華南海鮮市場的人，結果將墮胎擁擠的華南海鮮市場變成了病毒傳播爆發點。
他認為，溯源很重要，這個研究是通過大數據分析的，非常有意義。最核心的調查是最早感染新冠病毒的那幾個人，這尤其需要醫院配合，但是醫院可能現在沒心思、沒精力來做這件事，那些醫生可能也沒有進化基因體學的背景，所以他們也可能沒有認識到這件事的價值。
他說，至於這個最原始的攜帶者，也就是「零號病人」，理論上還是能夠追溯的，即使零號病人已經去世，在某個醫院應該還保留了他的血液樣本。
郁文彬認為，最原始的單倍型不太可能存在現在的患者身上，因為病毒的變異太快。他們現在能拿到的數據已經是最早是12月24日，因為沒有早期的樣本就很難去溯源，「我們猜測國內醫院可能沒有保存早期患者的組織材料，當然我們非常希望有早期的樣品存在」。
郁文彬表示，這個研究有個不足，那就是93個樣本中，武漢樣本主要是早期的，如果有更多武漢樣本進行基因體測序的話，可能在溯源方面可以找到更多的證據，比如說找到 H13和 H38單倍型，可能可以幫助找到病毒來源。
一個好消息
郁文彬說，這項研究主旨是分析整個新冠病毒基因體的變異情況，以及弄清楚新冠病毒傳播式樣，基於傳播和擴散的分析，為尋找病毒來源提供基因上的證據。
研究人員發現新型冠狀病毒基因體沒有發生重組事件，93個基因體之間有120核苷酸發生了突變（0.41%序列長度），並均勻分散在10個編碼區。120個突變的核苷酸關聯了119個胺基酸密碼子，其中79個密碼子（65.83%）改變了胺基酸類型，並有42個（53.17%）胺基酸理化性質都被改變。
「新冠病毒基因體尚未發生重組事件」的結論是一個好消息，也就是說不會產生新的全新的病毒毒株。
研究的另一個結論是，新冠病毒在2月12日之前發生過2次明顯的種群擴張。
根據新型冠狀病毒基因體發生重組時間推算，1月之前的種群擴張發生時間是12月8日，那麼病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已經開始有人際傳播，隨後在華南海鮮市場加快了人際傳播。
研究推算2月份之前的種群擴張時間在1月6日，這個可能與元旦假期有關聯。需要指出，此時國家疾控中心發布了2級應急響應。
研究團隊認為，當時的預警起到了一些警示作用，公眾活動和出行都有所減少。如果當時的警示能引起大眾更廣泛的重視，那麼1月份中下旬向全國和全球蔓延的病例會有所降低。
