建炎四年，當秦檜逃離金國，突然出現紹興街頭時，曾一度引起不小的轟動。在那個蕭瑟的冬天裡，人們將他與蘇武相提並論。很快，趙構，也就是後來的宋高宗，高調宣布了對他的接納。他一躍成為禮部尚書，護送他回國的王安道、馮由義也得了不大不小的官職，甚至連船夫孫靜，也做了承信郎。
兩個月之後，紹興元年春天，秦檜成為參知政事，加入了宰臣團體。臨安知府孫覿在賀詞裡譏諷他「正直與否只有鬼神知道，倒是忠信之名早已在蠻邦廣為流傳」，又搬出「蘇武旄節落盡，才不過爵升屬國，杜甫跋涉千里，麻鞋入見，才不過官授拾遺」，來對比他的「全家安然無恙，連僕僮都順利返回」，影射他是金國的間諜。但這類諷刺，此時還只是個案，它們被廣泛接受並傳播，是多年後的事情。
從南宋時代開始，許多人傾向於將秦檜說成金人縱歸的奸細，卻苦於缺少鑿實的證據。「奸細秦檜」更近似感性壓倒理性的產物。就常理而言，讓秦檜充當奸細來促成南宋向金人投降」，可操作性是不強的。秦檜歸國後能否受到重用，既不由金人決定，秦檜本人也打不起包票。最重要的是，秦檜南返之時，金國尚未確定以和議為對宋政策。此後相當長一段時間，金人仍將致力於抓住趙構、徹底滅亡南宋（雖然金國內部也並非鐵板一塊）。而秦檜南歸後提供給趙構的建議——與金國「東朝廷」的執政者撻瀨互通書信，遊說其放棄對劉豫偽齊政權的支持，也遠不足以證成他是金人的奸細。
秦檜的春天沒有持續太久。他的主和立場，與宰相呂頤浩的主戰立場相衝突。缺乏政治根基的秦檜很快敗下陣來，隨之趙構的態度也發生了變化——當日初見秦檜，聽秦檜闡述「南人自南，北人自北」的政治理念時，趙構對他的印象是「忠朴過人」，且自稱因為得到秦檜「喜而不昧」；而在紹興二年八月，當秦檜被踢出宰臣集團，趙構也加入到了批判秦檜的隊伍，他說：「檜言南人歸南，北人歸北，朕北人，將安歸？」
趙構的這種輕率做出決策、又極易產生搖擺的性格，將在多年後把岳飛推上權力與信任的巔峰，然後又親自把岳飛從巔峰上一腳踹落。在紹興二年的八月，秦檜比岳飛更早見識到了趙構的這種性格特徵，並自此之後開始高度重視對這種性格特徵的因應。
有意思的是，在罷免秦檜的批示里，趙構也透漏了一些秦檜的性格特徵。比如，趙構說，「范宗尹任宰相時，有做得不好的事情，秦檜從不當面與宗尹爭執，總是私下裡找朕數落范宗尹。」趙構還透漏了秦檜南歸後所獻兩條「國策」的具體內容：「范宗尹罷職後，秦檜對人說，如果用他做宰相，他能讓天下聳動。隨即給朕獻上兩條國策。一條是讓分隔南北計程車大夫互通家信；一條是將從北方流亡過來的民眾組織起來，由朝廷調撥差官，將其中想要回鄉北歸的民眾押送回去。」趙構在批示的末尾寫道：「這真真是豈有此理。」
這份批示給了秦檜極大的刺激，讓他見識到了趙構在同一件事情上變換立場、翻雲覆雨的靈活身段。在秦檜成為南宋最大的權臣後，他曾派人四處搜羅這份批示的底稿，以及依照這份批示精神寫成的針對自己的罷免詔書——在罷免詔書頒布後，趙構還補充過一句狠話：對秦檜這個人，朕我「終不復用」。
被罷職後的秦檜，過了三年韜光養晦的日子。這期間，南宋朝廷仍是混亂不堪。主戰派宰相呂頤浩屢次向趙構請求舉兵北伐恢復故土，但始終得不到支持。紹興二年十一月，他再次向趙構上書請求北伐，奏章里塞滿了他所能想到的所有積極因素，結果仍然得不到同僚的支持。相比呂頤浩的搜盡枯腸，禮部尚書洪擬隨手拈來的幾條意見，顯然更有說服力，比如：（1）南宋至今沒有固定的根據地，皇帝今天在會稽，明天又不得不跑去臨安；（2）江南經濟破壞嚴重，孱弱的國家財政拿來養活皇帝和大臣已非常吃力，要如何支付北伐龐大的軍費開支？
政見的不同，最終演變成了朝堂上的彼此攻伐。李綱不支持呂頤浩倉促北伐，呂頤浩則在趙構面前栽贓李綱「縱暴無善狀」；李光是江南士大夫領袖，呂頤浩擔心他危及自己的相位，又向趙構告狀李光廣結朋黨，「牢不可破」。紹興三年九月，呂頤浩遭到朝臣們的集體彈劾而去職，繼任的宰相趙鼎，依然未能解決朝堂內部的分歧與衝突，繼續玩著互相排擠的遊戲。作為「撥亂反正」，那些曾被呂頤浩排斥、驅逐出去的官僚們，又一個個被重新起用，其中就包括閒居已久的秦檜。
再次進入朝堂的秦檜，提供給趙構的第一份建議是「造強弩神臂弓，以備攻討」。三月份，找不到施政頭緒、陷入朝堂政爭亂局的趙構，心急火燎召集新舊宰臣們，集體討論接下來的具體政策走向。秦檜也遞上了一道奏章。
秦檜在奏章里說，朝廷如今元氣大傷，既不可貿然對金興兵，也不能一味對金退讓媾和；他還說，朝廷目前的主要任務，應該是討伐叛臣劉豫所建立的偽齊政權，而不是與金人決戰，後者是做不到的事情；而為了順利擊敗劉豫，朝廷應該與金人稍作和解，「蓋不討賊豫，則無以為國；不安慰強敵，則逆賊未易討」。秦檜的這些意見被接納了幾成，不得而知。
吸取前任的教訓，宰相趙鼎和樞密使張浚結成了執政同盟，文武聯手，一度被朝野寄予厚望。遺憾的是，二人的合作未能善終。趙鼎在紹興四年極力主張趙構御駕親征，韓世忠批評他「真敢為」，認為風險太大，建議趙鼎「何不將趙官家送入福建安穩處坐著，江面上的事情則全部交給我等」。趙鼎自己也承認此戰沒有十足的把握，他對幕僚說：「亦安保萬全？事成，甚幸，不成，遺臭萬代矣！」，但趙鼎決定去冒這個風險。次年，張浚也建議趙構進駐建康府，以鼓舞北伐士氣，原本極具冒險精神的趙鼎，卻不支持張浚此次冒險。究其原因，趙鼎引入張浚，是讓張浚協助自己主持北伐，而非由張浚主持北伐，自己在一旁協助，所以自己冒險是可以的，支持他人冒險則萬萬不可（若冒險成功則意味著對自己的地位提出挑戰）。最後，趙鼎在與張浚的較量中敗北。
一直不受趙鼎喜歡的秦檜，在這場鬥爭中得到了張浚的大力提攜。朝臣內部永無休止的傾軋，給了再次上位的秦檜以充分的教訓。與張浚共事期間，秦檜「無所建明，惟奉張浚而已」，這種為官方式，顯然是想要盡最大可能保護自己的政治生命。紹興七年，張浚再次在朝臣內部的傾軋下罷職，趙鼎東山再起。秦檜此前的「無所建明」，讓他免於步張浚的後塵，得以繼續留在朝堂。趙鼎對秦檜的態度也發生了奇妙的變化——張浚向趙鼎推薦秦檜時，趙鼎的回應是「此人得志，我們這些人都沒得玩」；趙鼎再次上台後，卻又告訴趙構，「秦檜不可令去」，要將他留在班子裡。
南宋朝廷內部的這種傾軋，是一種典型的制度建設不到位。一個正常的決策機制，應該至少包括兩個方面：（1）允許意見分歧，允許意見被充分討論和批評；（2）要有決策能力，在意見獲得充分表達之後，要有一套規章制度來給事情拍板（比如半數通過，或者超過2/3否決）。遺憾的是，南宋朝廷沒有能夠建立起這樣一種有效的機制，遂只能任憑意見分歧在朝堂上演變為政治鬥爭——事實上，中國古代絕大多數政權都無力建立起有效的決策機制，而只能以政治強人來作為決策機制的代替品。而南宋群臣所面對的趙構，則是一個希望擁有政治強人的權力、卻又不願負擔政治強人的責任的君主。
想要掌控決策的權力、但又不願承擔決策的後果，受這種心態驅使的趙構，在他羽翼終於豐滿的紹興十三年，也就是瓦解了四大家軍、並殺害了其最不信任的岳飛的第二年，選擇將秦檜推上了第一權臣的位置。
紹興十三年九月的一天，秦檜與自己的老同學魏良臣坐在一起喝茶，魏在紹興十一年七月被秦檜提拔為吏部侍郎。喝到半路，魏良臣給秦檜提了個建議。魏說：「昨天整晚沒睡著，一直在想一件事情。朝廷馬上要舉行郊祀了，我覺得可以因此舉行一次大赦，讓那些被流放計程車大夫們能夠回來，這樣能促進國家的和氣，你覺得怎麼樣？」秦檜沒有回答，而是問魏良臣：「你現在什麼官職？」魏良臣回答：「吏部侍郎。」秦檜說：「做好你吏部侍郎的本職工作吧。」
如魏良臣所言，朝廷確實已經決定在本年的十月底到十一月冬至這段時間，舉行一系列大規模的祭祀活動。其中最重要的是兩項：（1）把從宋太祖到宋徽宗的靈主迎入新落成的皇家太廟景靈宮；（2）十一月冬至那天在南郊合祀天地，向天地祖宗們宣布趙構的宋朝正統繼承者身份，並請求得到他們的「承認」。
這場儀式關乎到趙構皇位的合法性，本來早該在他即位的同年舉行。可是，宋徽宗（後來是他的靈柩）多年來一直被金人扣留。徽宗這一環的缺失，打破了祭祀對象的連續性，讓祭祀無法舉行。直到去年八月，由於宋金和議的簽訂，徽宗的靈柩以及趙構的生母韋太后得以南返。這場祭祀，才終於在遲到17年之後得以舉行。這樣隆重的慶典，按例是要舉行大赦的，幾乎所有朝臣也都認為應該要有大赦。這也是遲遲不見大赦的魏良臣，向秦檜提建議的原因所在。讓魏良臣沒想到的是，提了這個建議之後不久，他就受到了彈劾，被外放了。
秦檜不在意群臣是否想要大赦，他在意的是趙構是否想要大赦。去年十月間，韋太后剛剛還朝，沉浸在久違的天倫之樂中的趙構，曾有意無意對宰臣們講過這麼一段話：「天下萬幸已經無事，只有士大夫們妄作議論、擾亂朝政這件事最為可慮。治理天下，當以清淨為本。讓所有人都各守本分，是朕一直以來的理想。」（《建炎系年要錄》）秦檜記住了這些話。趙構已經瓦解了四大家軍，也完成了對金和談，接下來要做的，自然是乾綱獨斷。他這些話，其實是在委婉地對宰臣們放風——在岳飛被殺害的那個冬天，趙構就說過「人主之權在乎獨斷」，還說過「君臣上下，如天地定位，不可少亂」。明白此中緣故的秦檜，自然也明白魏良臣這種老同學，還是不要留在朝堂上的好。
嗅探到了朝堂氣候變化的投機者們，也隨之動作了起來，趙構拖著時代往後退一步，投機取利者就會推著趙構、拖著時代往後退兩步、三步乃至十步，畢竟退得越多越正確。在趙構對士大夫自由議論朝政表達不滿後不到一個月，左散郎黃達如就冒出來，向皇帝做了這樣一番建議：「太后的迴鑾，和徽宗靈柩的歸來，可謂難得的盛事。應該讓史館詳載，讓詞臣們作詩歌頌。然後賞功罰罪。將那些此前反對和議的人，統統明正典刑；對那些力主和議的人，則重加褒賞。這樣才上可安慰徽宗、二後的在天之靈，下可緩解太母滯留在北的抑鬱不平之氣。」（《要錄》）趙構任命黃達如為監察御史，自己去負責實施自己提的這些意見。
黃達如之後，又有右諫議大夫羅汝戢冒出來支持趙構：「陛下前兩天批准了臣僚們的奏章，同意對那些以前的異政見者明正典刑。這實在是眼前最緊要的政務」。到了次年三月，起居舍人程敦厚仍在試圖迎合趙構，將這個問題擴大化，他在奏章里說：「這些異政見者的黨徒，如今仍然遍布中外。朝廷一有什麼舉措，這些人就冒出來大肆詆毀：看哪，朝廷又中了金人的奸計啦；再有什麼舉措，他們又冒出來詆毀說：看哪，又在浪費國家的財力啦，又在剝削百姓啦。這些人整天如此囂張，肆無忌憚地中傷朝中善類，其實是想要挾皇上你改變政策方向」。最後，這位與敦厚毫不沾邊的程敦厚，建議趙構再接再厲，繼續嚴懲議論時政者。
紹興十三年，是趙構大踏步後退的一個關鍵節點。這個節點，見於起居郎吳秉信在秦檜死後所留下的一段回憶。吳秉信說：「臣的職責是記錄史事。可是，本部門所編寫的起居注，舊本只到紹興八年，新本也才到紹興十三年四月份。此後一直沒有任命起居郎，這麼多年來的史事，都缺失了記載。」起居注的內容，是記錄皇帝每日的言論行動，也是日後編纂實錄、正史的基礎。負責記錄史事的起居郎缺官不補，以致於皇帝的起居注缺失，這是極為罕見的事情。自然，這意味著皇帝，也就是趙構，不喜歡自己每日的言論行動被史官記錄下來。他要充分享受掌握權力的快感，但不想自己的行為被記錄，不想要承擔行使權力的責任。
秦檜的權臣生涯，也正式開啟於紹興十三年。趙構實現了獨斷，秦檜則是他執行獨斷的工具。比如，紹興十四年五月，秦檜上宋趙構請求嚴禁撰寫、流傳「野史」時，趙構欣然同意；紹興十九年，秦檜建議將這一禁令升級到「禁絕一切私史」，趙構仍欣然同意。再如，紹興十四年九月，秦檜將前政敵趙鼎流放到了海南。趙鼎在海南三年，過著完全與世隔絕的日子，即便如此，秦檜仍命當地政府每月向朝廷報告一次趙鼎存亡的消息。趙鼎認為這是變相逼迫自己自殺，為保全家人絕食而死。其實這種針對趙鼎的迫害，是因為趙構有過指示，須將趙鼎「可遷至遠」，而且須「使其門生、故吏知不復用，庶無窺伺之謀」。而針對岳飛的後代，因為趙構沒有下達過具體指示，據《玉照新志》的記載，「秦檜既殺岳氏父子，其子若孫皆徙重湖、閩、嶺，日賑錢米，以活其命」，漳州知府建議中斷對岳家的生活供給，秦檜卻把漳州知府的文牘「使札付岳氏」。這當然不是說秦檜對岳氏有恩，只是這二者間的對比，顯示出的是秦檜更積極於實施「有必要的惡」——所謂「有必要的惡」，具體來說就是那些趙構想要幹的事，但趙構不想自己承擔惡名，所以希望由秦檜去干。
在紹興十三年以前，秦檜也曾試圖在士大夫圈子中獲取名聲，成為他們中的一員。北宋靖康年間，他曾與「主流士大夫」一起呼籲朝廷保持鎮靜，不可對金人示弱。被俘往北方後，他也與「主流士大夫」站在一起，反對金人擁立張邦昌，試圖說服金人「保存趙氏」；南返出任宰臣後，也曾向趙構推薦過許多德高望重的學者，其中最重量級的是胡安國。但時代在變，士大夫成了趙構眼裡的臭狗屎，秦檜也隨之很自覺地與士大夫圈子脫離，站到了他們的對立面，很自覺地做了趙構所期望的「弱勢權臣」。
在趙構時代，這位「弱勢權臣」也曾努力想要鞏固自己的權力與地位，讓自己有更多元的權力支撐，而非僅僅寄生於趙構的皇權。比如，紹興十四年，万俟卨出使金國歸來，秦檜偽造了幾十條金人稱讚自己的言論，想讓万俟卨陳奏給趙構，以鞏固自己的政治地位。結果結果卻被万俟卨拒絕了。作為報復，万俟卨被秦檜清理出了宰臣團體。
大略同期，宋朝悠久的政治傳統——宰臣們協商合議執政，也已被秦檜破壞殆盡，按南宋學者呂中的說法，自紹興十五年之後，「政府之權在檜矣」，其他宰臣們不過是一種裝點，「不使預事，備員、書姓名而已」。《三朝北盟會編》的說法，與呂中大體相近，但要更細緻一些：「秦檜兩居相位，前後19年。每次舉薦宰臣，總是挑選沒名譽、個性柔佞、易於駕馭之人，不讓他們干預政事，備員而已。百官不敢拜謁這些人，州縣也不敢把文件送到他們手上。從孫近到鄭仲熊，這些宰臣在位從未超過一年，即被栽贓罪名罷免。秦檜擔心他們可能會被重新起用，往往將這些人調發到千里之外的州郡，並時刻刺探動向。所以，當時對出任宰臣之人，皆不以為榮。」
秦檜能夠做到這一切，與趙構的支持密不可分，也與秦檜本人對朝廷言路的控制有直接關係。前者給秦檜提供了權力基礎，後者給秦檜提供具體操作的可能性。尤其值得注意的一點是，從這段時間開始，宰臣受到言官們彈劾、罷免後，留下的空缺往往由提出彈劾的言官繼任。彈劾者本人又多在半年到一年以後，受到新任言官的攻擊而再度去職。紹興十四年五月，參知政事樓炤被御史中丞李文會彈劾而遭罷免，次日，李文會接任參知政事。可以算做這種人事更替模式的開始。過了半年，李文會本人又受到御史中丞楊願的彈劾，三天之後，楊願進入宰臣行列。從紹興十二年八月，到二十五年十月，出任宰臣者共計22人，其中有13人出身言官。這是一種處心積慮的操控手段。
自此之後，除秦檜之外的其他宰臣，就徹底淪落成了一種門面。時人曾如此描述秦檜之外其他宰臣的命運：「宰臣執政不久，肯定會被罷免。言官秉承秦檜旨意，才敢上奏彈劾宰臣。第一次彈劾，被彈劾的宰臣帶職回家反省；第二次彈劾則肯定罷職，這已經成為一種慣例。那些升任宰臣的人，知道自己很快就要下台，早早就把包袱收拾好了。」（徐自明《宋宰輔編年錄》）。
沒有人想做別人的傀儡，哪怕那個「別人」是皇帝。趙構希望乾綱獨斷，所以扶植秦檜作為自己乾綱獨斷的執行工具，趙構負責掌控權力、行使權力，秦檜負責落實權力、承擔後果（比如罵名）。但如前文所言，秦檜也會想要使自己的權力支撐多元化，而非僅僅依賴趙構。所以，在紹興十八年，秦檜將自己的手伸到了趙構的貼身人物周圍。在紹興二十年，他又將南宋主要州郡的一把手都換成了自己的親戚。
按《中興遺史》的說法，「大體上，趙構把國事委託給秦檜，把家事委託給張去為，而把自己個人，委託給了王繼先」。張去為是內廷宦官頭領，王繼先是趙構的私人醫生。兩人相較，王繼先的權勢遠遠超過了張去為，史稱「其權勢之盛與秦檜相埓，張去為以下尤不足道」。王繼先的這種權勢，與趙構身體上不可為外人道的隱疾（不育）有極深的關係。紹興十八年，王繼先與秦檜的妻子王氏結為義兄妹，是這兩個權臣聯合的開始。不久，秦檜又將自己的一個孫女嫁給了乘務郎吳益——吳益官爵不高，但他是趙構吳皇后的胞弟，而王繼先與吳家也早已建立起了姻親關係。張去為與秦檜結盟的時間，則要更早一些。
與宦官領袖張去為、御醫王繼先、皇后吳氏之間建立的這種合作關係，可以讓秦檜方便地掌握趙構的喜怒哀樂，更容易揣測聖意。按南宋學者呂中的說法：「人君起居動息之地，曰內朝、曰外朝，曰經筵三者而已」，趙構與外界交流的渠道，無非內廷、外朝與經筵三條。外朝，秦檜已控制住了輿論中心台諫，宰臣們也已空洞化；內朝，秦檜已成功與宦官頭子張去為、御醫王繼先以、皇后吳氏結成了同盟；唯一的漏洞，只剩下經筵。經筵是皇帝與儒生談論政事的常例。秦檜擔心出問題，在紹興十七年左右，讓自己的兒子秦熺擔任了皇帝的侍讀，將趙構可能接觸到異論的最後一條通道也監控了起來。
在中央針對趙構建築起監控網絡，秦檜在地方州郡也培植起了不小的個人勢力。趙構對士大夫議政的厭惡，讓秦檜有充足的政治空間在地方州郡任用私人。大約到紹興二十年左右，南宋的主要州郡已成功布滿了秦檜的親戚，尤其以秦檜之妻王氏一黨居多。如王氏的外甥徐琛，是平江知府；王氏的兄長王會，先後做過湖州知州、建康知府；王氏之弟王晌、王曦，先後做過宣州知州、太平州知州、衢州知州；秦檜兒媳的兄長曹泳先後擔任過明州知州、紹興知府、臨安知府，另一秦檜的姻親李璆，則長期占據著成都知府。此外，王氏一些較旁支的親戚，王著、王曉先後擔任溫州知州，王歷是撫州知州，王韅是秀州知州、王昞是吉州知州等。如果不計算空缺職位，在100多個南宋中級地方行政機構長官當中，秦檜的親朋好友大約占據了70席。
但這種苦心經營，並不能讓秦檜和他的權力獲得真正的安全感。紹興二十四年的科舉，出乎意料地給了他重重一擊。按秦檜的計劃，這次科舉已內定由自己的孫子秦塤獲得狀元。為給孫子鋪路，此次科舉曾野蠻取消了不少人的考試資格，其中就包括後來很著名的詩人陸游；禮部的會試官，也早已安排上了秦檜自己的人。可是，問題卻出在了長期對秦檜的所作所為視而不見的趙構身上，他在殿試的時候，做了出人意料的選擇——秦塤早已事先拿到殿試題目，且為迎合趙構對士大夫論政的厭惡，秦塤在策論里猛烈攻擊了士大夫和二程理學，如此迎合趙構的思想旨趣，再加上禮部以第一名推薦，秦塤被趙構欽點為狀元，本是水到渠成的事情。但趙構所選擇的狀元，卻是寒門舉人張孝祥。原因是張孝祥的策論里有這樣幾句話：
「今朝廷之上，蓋有『大風動地，不移存趙之心；白刃在前，獨奮安劉之略』……臣輩委質於君，願以是為標準。」
大意是：哪怕掛起搖動大地的颶風，我們也不會改變終於趙氏的心；哪怕前面白刃臨身，我們也會效仿古人力保趙氏的皇位。「安劉之略」用的是西漢陳平、周勃「誅呂安劉」的典故，在這篇策論里，「誅呂安劉」一事的真實性並不重要，重要的是張孝祥筆下既然提到「存趙」「安劉」，那麼其所指，必然有人已被認為具備了取代趙氏、取代劉氏的資格與能力——不管這個人物是否真有這種能力，他被一個寒門舉人認為具備了這樣的能力，這本身就已是一件足夠引起趙構注意和重視的事情。
張孝祥成了狀元，秦塤降至第三。這種政治上的新鮮空氣，很快擴散到了朝野的各個角落。許多人傳抄張孝祥的策論，揣測文章中的「大風」與「白刃」來自何處。
秦檜的反應也很強烈。他讀懂了趙構的警告，但他已不願意讀懂這種警告。他試圖將此次科舉上綱上線，牽入到趙構最厭惡的「士大夫結黨議政」上去，將張孝祥的入圍定性為「胡寅遠斥，力猶能使故人子為狀元邪」——你胡寅（當時極為知名計程車大夫領袖）已被流放，居然還有如此巨大能量，可以將故人之子推上狀元寶座。他還計劃製造一起「謀逆」大案，將對自己持批評立場的四五十名有能量者一網打盡。然而，這一次趙構沒有響應他的「士大夫結黨議政」，也沒有答應讓他的兒子秦熺繼任宰相。
秦檜沒有來得及羅織出所謂的「謀逆大案」，紹興二十五年十月二十二日，他在一種極不甘心中死去了；他所構築的權力體系，也在他死後迅速土崩瓦解。這個可惡、可恨又可悲的權臣，一生成也趙構，敗也趙構。
