有記者追問林建岳送豪宅一事，她否認道：
「這是壞話，我和他吃過兩次飯，成龍也在場……我和他連獨自相處大概也沒試過，卻無端傳出緋聞，我是無辜的。」
但僅過了兩個月，兩人關係就開始步入正軌，原因是林建岳拿出跟妻子的「分居協議」，並謊稱已跟謝玲玲離婚。
「以前他有太太，我不想做第三者，也不願意破壞別人的家庭，直到他辦了分居手續，大家才開始交往。」
和林建岳在一起後，香港媒體大肆報導兩人戀情，稱王祖賢破壞別人家庭。
林建岳的母親非常不喜歡王祖賢，極力袒護兒媳謝玲玲。
為了給兒媳出氣，林母還特意買下報紙版面，公開辱罵王祖賢是「小三」。在被記者問到兒子林建岳的新戀情時，林母憤怒地說：
「無所謂啦，就當我兒子花幾千萬叫了個『雞』好了！」
一時間，本想著尋求安穩的王祖賢跌進輿論漩渦，形象也大打折扣。面對女友受辱，林建岳反而沒做出任何行動，他說：「我根本做不到和謝玲玲離婚。」
關鍵時期，昔日戀人齊秦救場：「小賢棄我而就林建岳，我不認為是她自己的決定。」
他還向媒體澄清：「王祖賢作為一個女孩子，這不是她一個人的錯……王祖賢不是一個拜金的女孩子。」
到了1995年，謝玲玲終於答應跟林建岳離婚，離婚後，林建岳並沒有兌現承諾迎娶王祖賢，依舊緋聞不斷。談到王祖賢，他說：「如果不漂亮，我都不會跟她在一起。」
林母也對外宣稱，絕不會讓王祖賢進自己家門：「她（謝玲玲）過去是我們林家的兒媳婦，以後永遠是我們林家的兒媳婦。」
自尊心極強的王祖賢受不了如此羞辱，她賣掉了林送自己的房子，在1995年遠赴溫哥華療傷，一去就是三年。
圖源｜網絡
1996年，黯然神傷的王祖賢聽到了齊秦的《不讓我的眼淚陪我過夜》，一下子被打動，後來她得知這首歌是「寫給舊愛的」，撥通了齊秦的電話。
王祖賢在電話里問齊秦有沒有交新的女友，齊秦說沒有，王祖賢又問：「我們還能在一起嗎？」
兩人舊情復燃。
那一年，齊秦發表了第16張專輯《絲路》，特意剪掉留了多年的長髮，寓意兩人「從頭開始」。
1997年，齊秦籌拍《懸崖》MV，邀請王祖賢擔任MV女主角。
這是王祖賢隱退3年首次復出，為了拍好片子，她光著腳在公路上跑了五公里，腳底都磨破了皮。MV上線時，粉絲們看了十分心痛，王祖賢卻說：「只要齊秦的專輯能賣的好，一切都沒關係。」
1998年，齊秦又發表了專輯《我拿什麼愛你》，和王祖賢復出拍攝的電影一起發布，甜蜜不已。
兩人在媒體前合體現身，王祖賢哽咽道：
「我的做事態度是不管對錯，我都嘗試。錯了，我承認。有三年沒有公開露面，這段時間感謝男朋友齊秦……」
面對王祖賢的真情表白，齊秦高調回應說：
「愛王祖賢不只這一生，而是三輩子！」
1998年，感情穩定的兩人一起在台北看房，準備結婚。
齊秦甚至都給孩子取好了名字，雙方家庭也開始以親家相稱，王祖賢母親也不再抗拒齊秦。
到了2001年，王祖賢和齊秦的婚姻提上日程，可就在幸福即將到來前夕，一個自稱是齊秦前妻，名叫方美芳的女人出現了。
方美芳是齊秦舊愛，兩人分手後方美芳懷了孩子，齊秦不想要這個孩子，給了對方一筆分手費，可女方偷著把孩子生了下來，還跟齊秦糾纏多年。
等齊秦憑藉《大約在冬季》大火時，方美芳曾找過他一次。當時齊秦跟王祖賢正在熱戀，為了息事寧人，他給方美芳買了房子，還答應每月都寄生活費給他們。
本以為此事就此結束，沒想到對方還是在多年後找上門來，而且是跟王祖賢即將結婚之時。
方美芳帶著15歲的兒子，直接將齊秦控告上了法庭，要求他賠償1500萬元撫養費，後來又追加到了2000萬。
一時間，「齊秦爆出私生子」的消息登上各大媒體，鬧得滿城風雨。很多人不明真相，甚至把齊秦婚姻的破裂歸罪於王祖賢。
一心想結婚的王祖賢也徹底絕望，她失望於齊秦對自己的隱瞞，質問他為什麼不告訴自己。
齊秦說：「我這是善意的謊言。」王祖賢聽後徹底死心：「我已經感覺不到謊言裡的善意了。」
圖源｜網絡
這之後，兩人分分合合長達15年的戀情徹底宣告結束。王祖賢飛去加拿大，遠離故鄉台北和令她爆紅的香港，再也不肯回來。
她說：「我人生的每一個階段都走得很隨性，經常是在一個環境裡呆久了我就想走，想離開，總覺得不走好像就會傷害別人。」
兩人分手的同年，王祖賢再次接受黃霑採訪，表示「在我的字典里，沒有結婚二字」。
2003年3月，齊秦在北京首都體育館舉辦演唱會，尾聲時大屏幕上放出了王祖賢在加拿大拍攝的問候視頻。就在大家猜測兩人是不是要複合時，王祖賢卻說：
「我跟齊秦分手是跟現在的齊秦分手，不是跟過去的齊秦。」
從此，他們再也沒有在一起同框過。
情感不順的同時，王祖賢的事業發展也頗為曲折。
自從加拿大回國後，王祖賢一直沒能回復巔峰期的熱度。2000年，王祖賢選擇接拍楊凡導演的文藝片《遊園驚夢》。
這部戲裡，她飾演的是第一主角榮蘭，為了演好這個角色，王祖賢特意學了一段時間崑曲，還在戲裡貢獻了自己第二次男裝扮相。
可惜影片上映後口碑、票房皆不佳，王祖賢的風頭也被另一主演宮澤理惠搶去。
拍完《遊園驚夢》之後，王祖賢的情緒更不穩定，一是電影沒有收到自己想要的效果，另外感情生活也出了很大問題。
最終在影片發布會上，王祖賢宣告息影：
「這些日子我看盡了全世界的悲慘意外，突然覺得時間不夠用，所以我決定退出影壇，過不用化妝品的生活。」
2005年，王祖賢第三度復出主演《美麗上海》，這部片子沒激起一點水花，這一回她似乎徹底覺悟運勢已盡，宣布徹底退出。
「很多事由不得你選擇，沒得選擇，很多事發生了就是發生了。」
王祖賢息影后，央視《第十放映室》推出王祖賢的專題片，解說詞裡說道：
「這樣一個美麗的女子，在十多年裡很認真的與這個紙醉金迷的世界談了一場戀愛，結果卻發現這一切虛幻得如同泡影。」
圖源｜《遊園驚夢》
王祖賢全面息影的這一年，齊秦結識了小自己24歲的孫麗雅，兩人交往五年後最終結婚生子，過起了平靜的生活。
太太年輕，只比齊秦的兒子大一歲，兩人結婚四年生了一兒一女。齊秦很享受這種天倫之樂，曾在社交平台曬出自己和孩子的照片。
照片裡他早就不是那個留長髮的不羈男子，雙頰紅潤，皺紋也被歲月磨平。
但他回憶起跟王祖賢的愛情，仍舊意難平地說道：
「錯過了王祖賢，是我這輩子最遺憾的事。」
遠走加拿大後，王祖賢鮮少露面，她信了佛教，幾乎跟所有人斷了聯繫。
有媒體拍到她一個人獨居溫哥華，逛街、遛狗、吃飯等等，只要有一點她的消息，都會登上各大新聞。
照片裡的她面部變形，眼袋下垂，身材也走了樣，早就不復當年的光彩四射。可她狀態鬆弛，日子過得舒心且自得。
2016年，王祖賢回國送別亡父，各大媒體記者蜂擁而至，想目睹一眼昔日女神近況。
王祖賢穿著一身黑衣服，戴著墨鏡，神情平淡。有記者問起她的感情，王祖賢雙手合十說：
「我的感情生前都了了，以後也是空白。」
記者又問她有沒復出拍戲的打算，王祖賢神情淡淡：「我已經把最好的留給了觀眾。」
