1952年在高等學校的院系調整過程里，鄭天挺被調到南開大學，清華歷史系資格最老的雷海宗教授，也被弄到了南開。接替鄭天挺出任北大歷史系系主任的，不是別人，正是翦伯贊。
作為翦伯贊的老友，父親（章伯鈞）為他高興，但同時又很替鄭天挺惋惜，對母親（李健生）說：
「鄭天挺從二十年代起，便在北大任教。三十年代，就任北大秘書長。抗戰勝利還是北大秘書長，兼任史學系主任。史學功底比老翦深，可南開的學術環境怎麼能跟北大比？可惜呀！他搞的不是馬列主義史學，位子自然要讓給老翦了。」
鄭天挺前腳剛走，翦伯贊即到北大赴任。上任之初，曾擔心自己領導不好這樣一個由三部分人（胡適舊部、蔣廷黻舊部、洪業舊部）合成的北大歷史系教師隊伍。但翦伯贊是統戰高手，有調和鼎鼐的功夫。很快，系裡的工作就上了軌道，大家相處也還不錯。再說，他們之中誰不想保住教授的飯碗呢？
翦伯贊在行政領導工作方面還是順利的，無論老、中、青，他都能善處。但教學業務方面則顯現出和北大老教授的分歧。1952年秋季，系裡討論如何編寫中國古代史教材講稿。他主張按照自己的《中國史綱》的框架模式去編寫，任何朝代都先講經濟基礎，再述上層建築；在上層建築領域，先講政治，再說軍事、科技、文化。但不少教師心裡是反對的。
把寬闊宛轉的歷史之河，拉扯成一條乾巴粗糙的社會發展線，其教學效果可想而知。我的好友、五十年代就讀於北大歷史系的曹女士說：
「那時，老師講中國古代史，總是經濟基礎、階級鬥爭、農民起義那一套。講文化很少，甚至不講。」
1962年，雷海宗去世。噩耗傳出，令所有聽過雷先生課的人，無比哀痛和惋惜。這個學貫中西、博大精深的「右派」教授，同時能開「西洋近古史」「西洋文化史」「中國商周史」「中國秦漢史」「史學方法」等四五門課程。這個從不備課、從不講究教學法、想講什麼就講什麼的「右派」教授，以磁石吸鐵的力量吸引著無數青年教師和學生。連學問好、資格也老的同行劉崇鋐都極其推崇他，稱其為大學問家，並對自己的學生說：「要好好聽雷先生的課，他講的歷史課，有哲學意味。我做不到這一點。」
劃為「右派」後的雷海宗，後來只在《歷史教學》上發表一些教學參考性文章。去世的那年，他僅五十五歲。
幾年後，「文革」爆發，導火線是被史學家吳晗的一出京戲《海瑞罷官》點燃。
火苗竄出，翦伯贊不明底細為吳晗辯護，對前來採訪的《文匯報》記者說：姚文元的批判文章「牽強附會」，態度極粗暴，完全是對吳晗的污衊和陷害。
「見一葉落，而知歲之將暮；睹瓶中之冰，而知天下之寒。」史學家的翦伯贊，偏偏不知。沒過多久，聶元梓的大字報吹響了「文化大革命」的號角。北大歷史系第一個被揪出來、被批鬥的就是翦伯贊，罪名是「黑幫分子」加「反動權威」。
向達、邵循正、周一良、鄧廣銘、楊人楩等人也都統統劃為「牛鬼蛇神」，打入牛棚。向達是「右派」，算有「前科」，受罪挨罰最多。他早有心理準備，曾對家人交代：如有三長兩短，不要意外和驚恐。果然，於數月後，死在勞動場所。
翦伯贊仍在北大，在寒風中苦苦掙扎。社會的涼薄殘酷，人生的孤淒無援，都掩埋於恬靜、堅毅而又蒼老的外表之下。
一次，孫兒翦大畏從南方跑到北京去探望他。進門便喊：「爺爺。」
他坐在椅子上，頭也不轉，只問了一句：「是大畏吧。」便不再說話，像一尊佛，參透了生死貴賤和榮辱。
1968年10月，在中共舉行的八屆十二中全會上，最高領袖在講話中說，對資產階級學術權威也要給出路，「不給出路的政策不是無產階級的政策。」老人家還以翦伯贊、馮友蘭為例，說，今後還得讓他們當教授，不懂唯心主義哲學就去問馮友蘭，不懂帝王將相歷史，便去找翦伯贊。又言，今後在生活上可以適當照顧。
北大軍宣隊在向馮友蘭、翦伯贊傳達了「最高指示」後，還把翦氏夫婦遷移到燕南園的一幢小樓，獨家居住。他倆住樓上，派了個為他們服務的工人（杜師傅）住樓下。這時，誰都以為翦伯贊被最高領袖解放了。翦伯贊也以為自己獲得了解放。
萬萬想不到，沒過一周，致命之禍降臨到他的頭上。致命之物不是別的，正是翦伯贊長期從事的「統戰」。可以說，他為統戰獻身，統戰讓其送命。
事情曲折複雜，核心是關於劉少奇的定案問題。1968年，劉少奇已內定為「叛徒、內奸、工賊」，具體罪行之一是曾與蔣介石以及宋子文、陳立夫勾結。三十年代在蔣、劉之間周旋的人，就是諶小岑、呂振羽和翦伯贊等人。於是，他就成為劉少奇專案組所搜取的有關此事的證據，或許還是唯一的證據。
1968年12月4日劉少奇專案組的副組長，一個叫巫中的軍人帶著幾名副手，氣勢洶洶地直奔燕南園。巫中向翦伯贊指明開始於1935年的國共南京談判是劉少奇叛賣共產黨的活動。並說：「這個罪行黨中央已經查明。你只要就這件事寫一份材料，加以證明，再簽上字，就沒你的事了。」翦伯贊再三否認那次談判劉少奇有陰謀活動。最後，巫中說：「只給你三天的機會，三天後我再來。」
12月18日下午，巫中帶著一群人又來，審了近兩個小時，翦伯贊拒絕作出違反事實的交代。巫中猛地從腰中拔出手槍，往桌上一拍，說：「今天你要不老實交代，老子就槍斃了你！」
翦伯贊閉口不語。
巫中衝到跟前，把手槍頂在翦伯贊的鼻孔底下，大吼：「快說，不說馬上就槍斃你！」革命一輩子的翦伯贊，從未經受過如此恐怖的革命。他卻依舊回答：「我沒什麼可以交代的了。」
為了繼續恐嚇他，巫中拿出筆電寫了幾個字，交給同來的人（所寫內容是叫他們先回家吃飯，再開車來接自己）。讓翦伯贊誤以為是叫人來實行拘捕。即使如此，在巫中獨留的時刻，他依然拒絕交代。
儘管巫中空手而歸，翦伯贊卻已有輕生之念。他大惑不解的是：最高領袖說要給他出路，事實上的生路又在何方？原來都是假的，虛的，空的！絕望之心，生出決絕之念。
第二天，人們發現翦伯贊夫婦服用過量「速可眠」，離開了人世。他（她）倆平臥於床。二人穿著新衣服，合蓋一條新棉被。
在翦伯贊所著中山裝的左右口袋裡，各裝一張字條。一張寫著：「我實在交代不去（出）來，走了這條絕路。我走這條絕路，杜師傅完全不知道。」另一張則寫著：「毛主席萬歲！毛主席萬歲！毛主席萬萬歲！」
一個堅毅頑強的人，就這樣驟然消失。翦伯贊的馬克思主義史學成果可能多有不足，但他的靈魂潔白如雪。古人云：進不喪己，退不危身。進不失忠，退不失行。——這是一個很高的行為標準和道德規範。絕大多數人是做不到的。翦伯贊做到了，以生命為證。
賢淑嬌小的戴淑婉也跟著走了。幾十年來，作為婦道人家，柔弱的她只存在於小家庭。但在人生結尾處，竟是那麼地耀眼。「柔軟莫過溪澗水，到了不平地上也高聲。」她以死鳴不平。
翦伯贊的自殺和字條，又像個死結打在我的心口，一直想解開，又一直解不開。對此，我請教了許多人。解釋也是各種各樣。翦伯贊的死，是對一系列政治運動的無聲抗議，更是對「文革」的激烈反抗。而手書的「三呼萬歲」又是什麼呢？
我總覺得翦伯贊不同於老舍，也不同於鄧拓。他的手書「萬歲」一定有著更為隱蔽和複雜的內容。
一天，我拿這個百思不得其解的問題，去問陳徒手。研究當代文學的他翻查過大量的「文革」資料。他說：這是中國知識分子「文革」中自殺的標準格式。
我想：需要多麼酷烈的力量，才能將一個史學家的體魄擠壓到標準格式里！
翦伯贊的骨灰拋撇於何處？
據說，北大當時的負責人是決定要保存骨灰的，可派出的執行人在火葬場填寫的「骨灰處理」一欄中卻寫著「不要骨灰」。孰真？孰假？至今無人說明。
1979年2月22日，官方為其舉行了隆重的追悼會，骨灰盒裡放著三件物品：翦伯贊常年使用的老花鏡，馮玉祥將軍贈送的自來水筆，他與老伴戴淑婉的合影。
翦伯贊的學生不少。其中一人是學得不錯的，師生關係也密切。「文革」爆發的一刻，此人貼出大字報，標題是《反共老手翦伯贊》，旁邊配有漫畫。畫的是翦伯贊抱著一部《金瓶梅》，嘴裡流著口水（註：那時，北大一級教授可購買一部《金瓶梅》，翦為一級教授）。官方正式給翦伯贊平反後，此人撰寫長文，題目是《我的恩師翦伯贊》。
逼死兩條人命的巫中，受「留黨察看兩年」的處分。他大概還活著。
