2015年7月20日，令計劃被「雙開」。官方公布的罪名中有兩項前所未見，分別是「嚴重違反政治規矩」、「違法獲取黨和國家大量核心機密」。據港媒報導，令計劃曾精心毀滅一批絕密文件。令計劃一案被高層認為是中共建政以來，最錯綜複雜、政治影響最嚴重的案件之一。
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據《動向》雜誌報導，令計劃在接獲中央政治局命令調離中辦等候另用時，被給予十天交班工作時間。但令要求增加一周時問，被批准。同年12月中旬，新任中辦主任栗戰書、中組部部長趙樂際提出和令計劃核校交班，清點有關文件、資料。令計劃十分抗拒，指：「已交接清點完畢，總書記胡錦濤和新屆政治局常委、中央書記處常務書記劉雲山已簽署，確認無誤。」
令計劃還精心毀滅一批絕密文件。消息指，2013年9月、2014年4月及同年10月，中紀委、中央書記處和中組部三次和令計劃談話，甚至亮出底牌指：有70多份文件失落，20多份文件外泄，令的工作日誌本有漏上交和作假情況。
據知，在令計劃2003年主持中辦工作後，中央政治局、中央書記處、中紀委先後接到120多件舉報，多是有關對令計劃涉及違紀違法活動及家屬在經濟領域中的違法犯罪活動，全部被打入冷宮，不少舉報原件被令計劃親自毀滅。
據高層消息，令計劃毀滅文件是利用調離中辦前的交接期，在夜間值班時親自處理的。令計劃用化學溶劑毀掉文件，溶劑殘餘物質留在制服上。制服是由中辦後勤處統一洗滌的，在洗滌時發現情況向上級作出報告，才發現令計劃有意銷毀絕密文件。