台灣陸委會主委邱太三23日對兩岸協商提出一個說法，如果「維護中華民國主權」不算台獨的話，是跟大陸談判時一個比較好的基本條件。24日他進一步說明，他的主張跟藍營不太一樣，兩岸應該「互相承認主權」。
邱太三24日在立法院上台備詢前，向媒體進一步解釋他前一天說「維護中華民國主權」的相關談話指出，他的主張跟馬前總統不太一樣，他說，國民黨在大陸應該要大膽堅持中華民國的主權，而不是互不承認主權。邱太三說，「過去馬前總統的說法是『互不承認主權、互不否認治權』這已經不足，應該『互相承認主權』。」
針對邱太三的說法，大陸國台辦發言人朱鳳蓮24日回應說，陸委會負責人的言論繼續混淆是非、顛倒黑白，夾帶「兩國論」私貨，進一步暴露民進黨當局推卸「破壞台海和平穩定」的責任，持續謀獨挑釁的本性。
她還說，民進黨至今頑固堅持台獨分裂立場，把海峽兩岸由於內戰延續的政治對立特殊狀態，歪曲為「兩國論」和「一邊一國」。「無論變換何種說詞，要害都是圖謀否定兩岸同屬一個中國事實，破壞中國主權和領土完整」。
她強調，只有承認「九二共識」，認同兩岸同屬一中，兩岸關係才能回到和平發展的正確軌道上，舍此別無他途。
國民黨則表示，關於國家領土主權涵蓋的範圍、兩岸的現狀，以及未來努力的方向，中華民國憲法及增修條文早有明定，並以此為基礎制定「台灣地區與大陸地區人民關係條例」來規範兩岸事務。
國民黨說，邱太三的主張，事實上已經違憲違法，同時也衝擊兩岸的政治默契和溝通基礎，反而讓恢復交流協商，變得更加困難。
國民黨呼籲陸委會，如果真想改善兩岸關係，擁護現有的憲政體制和規定，回歸既有的兩岸對話基礎，儘可能的維護兩岸關係和平穩定，才是改善兩岸關係最務實、最有可能的一條路。
馬英九基金會執行長蕭旭岑表示，按照邱太三的講法，兩岸條例與陸委會都不應該存在了。如果相互承認主權，就只剩外交部，沒有陸委會，邱太三是不是要修憲把自己廢掉呢？他建議邱太三多讀中華民國憲法與兩岸人民關係條例，會有比較正確的發言。