回國幾個月後，巫寧坤就開始被迫接受思想改造，而後一波又一波的政治浪潮，巫寧坤都沒能倖免，1958年他被劃為右派，1979年摘帽，開除公職，勞動改造，險為餓殍，九死一生。在1986年，他用九個字歸納自己的一生：「我歸來，我受難，我倖存」。而李政道，在1957年獲得諾貝爾物理學獎。1958年，當選中央研究院第二屆院士，1962年加入美國國籍。
