戰爭期間公然違抗軍令,罪莫大焉。何況高敬亭還有「張國燾餘黨」的嫌疑,反高鬥爭時的罪名之一,就是批他為「張國燾的高足弟子」。聯想到原紅四方面軍參謀長李特、紅5軍軍長黃超,只因想去蘇聯申述,就被秘密處死於新疆(此二人「文革」後已獲平反),中共中央當時決定棄高也屬正常。高敬亭一生錯殺過不少無辜人,但最終還是被自己人所錯殺。他是迄今為止中共黨內最後一名以「反黨」罪名被「肅反」處死的高級幹部。