七十年代末期以來，方勵之從科學研究出發對於正統的馬克思主義意識形態的批評主要集中在一下問題上： （1）宇宙學是不是一門科學； （2）宇宙模型、宇宙解是不是一種科學的概念和方法； （3）如何看待大爆炸宇宙學； （4）宇宙是無限的還是有限的； （5）時間和空間問題； （6）物質是不是無限可分和一分為二問題； （7）天體物理學中的「第一推動」問題； （8）理論物理研究中的「大統一理論」； （9）關於人擇原理，科學的「靈魂不死」等問題。
