針對新疆烏魯木齊發生嚴重流血衝突事件，台灣行政院大陸委員會發表聲明，對於在這個事件中出現的暴力行為嚴厲譴責；對於因此造成的傷亡，表達高度的關切與遺憾。陸委會也呼籲相關方面，儘量保持冷靜與克制，以和平、理性的溝通方式處理後續問題。
對於被逮捕的民眾，台灣也呼籲大陸當局在司法調查和審理過程中，給他們人道、公平、公正的待遇，以便儘快還給無辜的人自由與清白。
陸委會表示，台灣已經在今年5月完成「公民與政治權利國際公約」及「經濟社會文化權利國際公約」的批淮程序，顯示台灣的人權保障與國際標準接軌；大陸同樣也已經簽署這兩項公約，並且批淮其中一項，台灣希望大陸能加速落實這兩項公約的相關改革。
