2006年10月29日，一篇所謂高智晟簽名的悔過書產生，北京著名的公益人士胡佳之前披露，警方謊稱高智晟的妻兒沒有任何生活費了，如果高律師不寫，那麼他的妻兒就會挨餓。高智晟為了家人寫了所謂的悔過書，但是國寶根本不滿意，反覆要求高智晟修改六次其稿，最後國保來寫，讓他抄寫一遍並簽名。胡佳表示：「滿篇里沒有一個字是出於他本意！這滿紙謊言整個就是公安部國保局的畜生們攥出來的。意思都該反著理解。」
高智晟得用抄寫這份「悔過書」來為妻子兒女換5,000元生活費。而這5,000元本來就是高家自己的錢，但被警方扣押。胡佳說，這份「悔過書」不是高智晟的恥辱，是那些把他妻女作人質的國保畜生們的恥辱，是中國「蓋世太保」們的罪證！「保證就像猶太人捉拿納粹戰犯一樣，會有一天把這幫孫子一個一個捉拿歸案。」
2006年9月21日，當局對高智晟以「煽動顛覆國家政權罪」進行了正式批捕，12月他被中共以「煽動顛覆國家政權」罪判處3年有期徒刑，緩刑5年。
他雖免於入獄，但從2009年開始，不斷在沒有控罪的情況下被扣押，他和家人受到長時間軟禁。 2009年2月4日，高智晟在陝西的家中被警察帶走後，隨後下落不明，他的一切通訊手段被切斷，完全處於與世隔絕的狀態。
2009 年2月9日，網上流傳出《黑夜、黑頭套、黑幫綁架——高智晟律師自述遭綁架經歷》一文。文章中高智晟曝光他被秘密警察戴黑頭套殘酷毆打、扒光衣服折磨、被電擊、竹籤捅生殖器等各種酷刑，令他多次頻臨死亡的感覺，他全身的外表非常可怕，周身完全呈重度烏黑色。此事引起美國、法國、德國等各國媒體關注。
2011年12月16日，中共官方英文版發布簡訊聲稱，人權律師高智晟已被送回監獄，繼續服刑3年。這是高智晟在被秘密扣押下曾於2010年4月短暫現身之後，外界首次得知他的下落和狀況。
