李銳撰寫了《論三峽工程》一書，闡述了他對三峽工程的意見。此時的李銳與1958年的李銳已經有了很大的不同，他更多的是從決策民主化與科學化上去分析三峽工程「像三峽這樣關係國計民生的巨型工程，不是哪個部門或地區的事，是全國人民的事；不是我們這一代人的事，而是關係子孫萬代的事。這樣的大事本來是應該集思廣益的，可是過去年代，主觀自是，專斷成風，巧言偏信，好大喜功，怎麼能夠談得上決策民主化和科學化呢？」。但是李銳在偌大的北京找不到敢出該書的出版社，只好回到他曾經擔任省委宣傳部長的湖南省，讓湖南省科技出版社公開發行。之後李鵬把李銳出書一事告到了總書記胡耀邦那裡，因為李鵬擔任三峽工程籌備小組負責人時搞了一個規定，不許公開討論三峽工程問題。沒有辦法，胡耀邦只好給他的副手、他的好朋友李銳以黨紀處分。不久胡耀邦因反對資本主義自由化不力而下台，閒賦在家。李銳去看望胡耀邦，並贈送《論三峽工程》一書。胡耀邦讀完該書後，以一首詩回贈李銳。
戲題李銳同志不贊同修三峽水庫論著
妾本禹王女，含怨侍楚王。淚是巫山雨，愁比江水長。愁應隨波去，淚須飄遠洋。乞君莫作斷流想，流斷永使妾哀傷。
胡耀邦的這首詩寫得很有感情，與他之前在會議上批評李銳不服從紀律、不准李銳發表反對三峽工程的文章相比，完全不同。也許此時的胡耀邦有充足的時間細讀李銳的文章，得以從另一角度認識三峽工程。詩中，胡耀邦對李銳的意見不能被聽取，表示同情，也有對自己過去的做法表示歉意。請注意詩的最後一句「乞君莫作斷流想，流斷永使妾哀傷。」讓長江永遠流淌，是三峽工程反對派的願望，也是他們的訴求。
之後，李銳將此詩略做修改後，發表在《新觀察》一九八九年第八期，紀念英年去世的胡耀邦：
妾本巫王女，含怨侍楚王。淚滴三春雨，愁染六月霜。淚愁應隨東逝水，乘風直下太平洋。乞君莫作斷流計，天地靈藥八千方。石壁立，平湖望，流斷永使妾哀傷。
李銳在修改後的詩句中，對三峽大壩的建造（石壁立）、對三峽水庫的出現（平湖望）、對三峽工程改變長江自然水流的批判就更加強烈。
七、李銳和林一山都沒有參加三峽工程可行性論證
1986年中國中央和國務院決定展開三峽工程可行性論證工作，由水利部部長錢正英主持領導這項工作。錢正英沒有邀請李銳參加三峽工程可行性論證，理由是她也沒有邀請林一山參加，似乎是一碗水端平。其實參加三峽工程可行性論證的很多人都是來自長江水利委員會，都是林一山手下的兵，林一山的原秘書魏廷錚、林一山手下的工程師徐乾清甚至是三峽工程可行性論證領導小組成員。
在那個時候，三峽工程反對派並不處於劣勢，因為趙紫陽並不支持建設三峽工程，但他也不表態反對建設三峽工程，趙紫陽的策略就是拖。國家計委經濟研究所副所長、習仲勛原秘書田方和研究員林發棠就編輯整理出版了兩大本反對派意見的書，《論三峽工程的宏觀決策》和《再論三峽工程的宏觀決策》。後來他們又補充了《三論三峽工程的宏觀決策》和《三論三峽工程的宏觀決策（續）》兩本。
1988年底三峽工程可行性論證進入結尾階段，三峽工程反對派認為他們的意見在工程可行性論證中未得到應有的重視。著名記者戴晴將反對派的意見彙編成《長江，長江》一書，於1989年3月在北京公開發行，裡面包括了戴晴對李銳的採訪。李銳指出：「自古以來，（長江）北有雲夢澤，南有洞庭湖，荊江兩側有九穴十八口天然滯洪泄洪，因此，唐宋以前無大水患。後來到了明朝，湖北人張居正作了宰相，為了保北舍南，北岸僅有的郝穴口被堵塞，從此荊江大堤連成整片，荊北不再進洪。1870年，上游發生了千年一遇的特大洪水，因為荊江南堤比北堤低，洪水於是首先沖開松滋口」，造成重大洪水災難，這是長江洪水災害的起因。五十年代林一山提出的三峽工程蓄水位海拔235米，防洪庫容1000億立方米。而現在規劃的三峽工程蓄水位海拔175米，比原來低60米，現在的防洪庫容只有221.5億立方米，不到過去的四分之一，所以論證報告提出的三峽工程的防洪效益是誇大的。
六四天安門事件發生後，戴晴被當作六四事件的幕後黑手被抓入秦城監獄，戴晴主編的《長江，長江》一書被下架、焚毀，《長江，長江》一書中的被採訪者均被牽連，無法公開發表對三峽工程的意見。
1992年元旦，李銳再次向黨中央上書，建議推遲興建三峽工程的時間。這是李銳在全國人大審查國務院提出的興建三峽工程議案前的最後一次努力，這時的李銳已經不再有受紀律處分的顧慮。
八、林一山的嘆息：三峽工程是用做西裝的料做了一件馬甲
1992年4月3日下午全國人民代表大會通過了建設三峽工程的決議，參加投票的人大代表一共2633人，投贊成票的1767人，占67%，剛好超過三分之二，投反對票、棄權票和未按表決按鈕的共866人，占33%。這個結果將載入全國人民代表大會的史冊。這是全國人民代表大會投票表決中投不贊成票最多的一次，可謂前無古人，後無來者。任何一個懂得中國歷史的人都知道，這個結果真正的內涵是什麼。那些投棄權票和反對票，甚至拒絕按表決鈕的人大代表，他們需要多麼大的勇氣。也可以看到，三峽工程是多麼不得人心。
根據李鵬三峽日記，為了保證全國人民代表大會能夠通過三峽工程的決議，江澤民親自到兩會黨員領導會議上就三峽工程去做動員，用黨的紀律要求黨員代表投支持票。投贊成票占三分之二強，這與全國人民代表中的中共黨員代表比例十分接近。
林一山在得知全國人民代表大會通過三峽工程決議後，十分激動。同時他表示，現在的三峽工程（蓄水位海拔175米），是用做西裝的料做了一件馬甲。他堅信，三峽工程大壩的高程一定還會加高，三峽水庫的蓄水位也一定也會加高。他說，蕭規曹隨嘛。這次林一山說的是真話，因為三峽工程的許多效益都是誇大的，特別是防洪功能。林一山最早提出的三峽工程蓄水位海拔235米，防洪庫容1000億立方米，比現在的三峽工程高出60米，防洪庫容大778.5億立方米。
九、三峽工程的防洪效益是將長江中下游、特別是荊江堤防的防洪能力從百年一遇提高到百年一遇
1994年12月14日三峽工程正式開工。1996年4月李銳再次向中央上書，要求將已經開工的三峽工程停下來。李銳將意見寄給了朱鎔基，希望朱鎔基在看完之後，如果同意李銳的意見，再轉給其他常委。之後，朱鎔基給李銳打電話，說已經轉給江澤民看了，江澤民要李銳顧全大局，以後不要再提反對意見。李鵬在三峽日記中記載：4月14日，朱鎔基對我說，李銳給他打電話，要求中央停建三峽工程。他已經報告江澤民同志，並對李銳做了工作，勸他不要搞串聯。4月15日，昨天，江澤民同志在電話里向我談了幾點：李銳上書要求停建三峽工程已被制止，要他從大局出發。
李銳對於黨中央領導的態度十分失望。他把1985年發表的《論三峽工程》一書拿出來重新修改，並增加了二十多篇文章，準備重新發表，告知天下。可惜，北京乃至中國大陸沒有一家出版社敢出版李銳的新版《論三峽工程》。後來一家香港出版社予以出版。李銳在序言中寫道：「出版此書始終有兩個目的：一是便於世人了解有關三峽爭論的歷史過程。二是希望有助於國家重大決策的科學化和民主化。至於三峽工程本身，幾十年來尤其直到上馬之勢已定後，我要說的話都已經反覆說過，說夠了，區區寸心，天人共鑒。我已經盡了自己的歷史責任，或者聊以自慰：『我已經說了，我已經拯救了自己的靈魂。』」
1997年11月8日，三峽工程大江截流，江澤民、李鵬率領中央、地方領導到現場祝賀。這是三峽工程最輝煌的時刻。從那之後，三峽工程開始走下坡路。1998年長江發生洪水。三峽工程反對派的陸欽侃先生指出，1998年長江洪水災害的主要原因是中央政府忽略了長江大堤的加高加固工作，而只是迷信三峽工程的所謂防洪效益。朱鎔基接受了陸欽侃先生的意見，從1999年起從國債中拿出大量資金，投資長江大堤的加高加固工程。而三峽工程可行性論證的結論是：要達到能抵禦1954年大洪水的水平，荊江大堤須普遍加高2至3.5米，不僅工程上難實現、而且經濟上不合理。其實三峽工程的所謂221.5億立方米的防洪庫容，只相當於長江中下游地區在一個2萬平方公里的區域內蓄水1.11米的洪水。正如趙紫陽在1986年5月考察三峽地區所指出的，如果在長江中下游的分洪區、滯洪區、百年一遇洪水的淹沒區修建多層樓房，讓一樓作為洪水時可以淹沒的樓層，並讓居民備有船隻作為交通工具，就可以解決防洪問題。正如李銳所總結的：長江本無事，庸人自擾之。
有人把中共官方媒體列年來關於三峽工程的防洪效益的報導擺在一起：
2003年6月1日，《三峽大壩固若金湯，可以抵擋萬年一遇洪水》；
2007年5月8日，《三峽大壩今年起可防千年一遇洪水》；
2008年10月21日，《三峽大壩可抵禦百年一遇特大洪水》；
2010年7月20日，《長江水利委：不能把希望都寄托在三峽大壩上》。
隨著時間的推移，隨著三峽工程的進展，官方媒體報導的三峽工程的防洪效益越來越小。後來有專家出來解釋說，說這是讀者對三峽工程的防洪能力的誤讀，而不是官方媒體的誤導。三峽工程的真正防洪效益是：將長江中下游、特別是荊江堤防的防洪能力從十年一遇提高到百年一遇。這是三峽工程防洪效益的正式定義。
告訴李銳先生一個好消息，從1999年起，中央政府投資對三峽工程可行性論證認為不可能加高加固的荊江堤防以及長江幹流中下游堤防進行加高加固，到2016年3月荊江堤防已經普遍加高了1.5至2米，加寬了3至5米，土石方量若築成1米見方的土牆，可繞地球4圈，荊江防洪能力已經提高到百年一遇！現在對三峽工程的防洪效益的準確表述應該為：三峽工程的真正防洪效益是將長江中下游、特別是荊江堤防的防洪能力從百年一遇提高到百年一遇，而不是從十年一遇提高到百年一遇。
十、同路異歸
李銳成為毛澤東秘書不久，就在廬山會議上支持彭德懷，走到了毛澤東的對立面，而且他對毛澤東和中國共產黨的認識越來越深刻。不久前，李銳對家人表示，死後不開追悼會，不覆蓋黨旗，不進八寶山，其決裂的決心清晰地展示在公眾面前。林一山在1970年也曾經一度反對毛澤東，反對毛澤東的三三零工程，但是他還是回到毛澤東的旗幟下，在捧高毛澤東的同時，也捧高他自己。2007年12月30日，林一山病逝。家中設靈堂追思，靈堂中間掛的是1952年毛澤東召見林一山時的照片。2008年1月7日，中國共產黨的優秀黨員，久經考驗的忠誠的共產主義戰士，水利部原顧問林一山同志（部長級待遇）遺體送別儀式在北京八寶山殯儀館舉行。悼念林一山的輓聯為：
一山獨秀林不老；
大江浩蕩水長流。
不知道是哪位秀才寫的輓聯，建三峽大壩是為了卡住長江洪水。有了三峽大壩，長江還能浩蕩？長江水還能常流？
作為對比，在此再錄李銳修改過的胡耀邦的詩：
長江水長流，妾本巫王女，含怨侍楚王。淚滴三春雨，愁染六月霜。淚愁應隨東逝水，乘風直下太平洋。乞君莫作斷流計，天地靈藥八千方。石壁立，平湖望，流斷永使妾哀傷。
如果大江浩蕩水長流，李銳還會哀傷嗎？如果大江浩蕩水長流，林一山和李銳還有這一生的爭論嗎？
死者為大。這位秀才本不應該這樣來對待林一山，因為「大江浩蕩水長流」這一句詩，將將林一山貶入了地獄。而參加林一山追悼會的人，其中多有共產黨的高級領導和院士專家，卻無一人看出其中奧妙，真是可悲可悲。
