針對Omicron（BA.1）的毒力、致病性、傳染性等參數，吃了幾口不太熟的瓜。總結總結就是：
Omicron（BA.1）的內生毒力（以入院風險計）比Delta低30%左右；
Omicron（BA.1）的內生毒力（以入院風險計）強於原始株，也強於直接祖先B.1.1，甚至略強於同屬B.1.1子毒株的Alpha；
Omicron（BA.1）病死率和重症風險減低的原因，主要是疫苗接種和既往感染史，而不是內生毒力轉變；Omicron（BA.1）在肺部複製效率降低的原因，主要是組織嗜性轉變，因此不能只憑肺嗜性來評估致病性；
Omicron（BA.1）內生傳染性（以R0計）和Delta相仿；
Omicron（BA.1）相對Delta更有傳播優勢的原因，主要是免疫逃逸能力和代際間隔。
說實話，吃生瓜這種事兒，咱還真不是太拿手，所以當時的心情是略為忐忑的，畢竟上述某些說法，和市面上的主流論調完全相悖~特別是「內生毒力強於原始株/B.1.1/Alpha」這一條，說是冒天下之大不韙也不為過~
並且吧，由於全球範圍的集體拉胯，Omicron的內生毒力，遲遲沒法拿到實錘~雖然關於Omicron入院風險、重症風險、病死率等方面的研究可以說多如牛毛了已經，但由於某些眾所周知的拉胯原因，絕大多數這類研究都沒有好好地控制既往感染史，也不可能控制既往感染史，所以在這種情況下，Omicron的毒力必然是被顯著低估的~直到……香港也跟著拉胯了。
長話短說，隨著香港第五波疫情熬過高峰期，港大的總結性paper終於低調登場了，關於Omicron內生毒力的實錘，似乎終於可以落地了。
——請品鑑：
標題翻譯成人話：新冠病毒Omicron BA.2子毒株在香港的感染流行病學研究，2022年1-3月
雖然還只是新鮮出爐的預印本狀態，但有港大梁老師和Cowling老師等各位大佬坐鎮，想必數據質量是有保障的。
至於為啥咱對之前多如牛毛的那些研究看都不看，偏偏要拿港大這個預印本說事兒呢？原因很簡單，在第五波之前：
香港是全球極少有的，全民幾乎沒有感染過新冠病毒的處女地；同時，香港還擁有不少未接種人口。
所以咯，香港的Omicron毒力/致病性數據，是截至目前獨一無二的，幾乎不受既往感染史污染的數據，所以也就是最接近病原體內生狀態的數據。
（當然了，還是有一丟丟不足……短命的BA.1消失得實在太快，香港給出來的，已然是以BA.2.2為主的數據~）
——總之，請品鑑：
紅框部分翻譯成人話：
雖然Omicron在動物模型實驗中表現出了更低的致病性，並且在南非以及其他地區表現出了更低的重症風險，但是，我們發現在香港第五波的早期階段，Omicron在未接種疫苗的人群中造成了與之前幾波相仿的病死率。因此BA.2的內生重症風險也許並沒有顯著低於原始株，或者完全不低於原始株。
總結總結啊，
梁老師他們一步到位，直接用了實錘程度最高的病死率來表徵BA.2的內生毒力；
至於為啥只用「第五波早期階段」的病死率？因為香港第五波早期階段的確診門檻和前面四波完全一致。但由於疫情糜爛，檢測能力所限，第五波中後期的確診門檻有所拔高，因此可能會影響病死率；
所謂的「前四波」，詳見下圖，以Alpha為主，也包括其他早期毒株（見下圖）；
梁老師他們還提到，第五波早期階段除了BA.2.2之外，還夾雜了少量的Delta（詳見：《香港，倉鼠的末路》），所以Omicron的病死率可能有少量高估；
不過梁老師他們沒提到的是，前四波除了原始株和Alpha之外，也夾雜了少量的Beta和Mu，所以病死率可能也有少許高估。
——總之，前四波大概是這麼個造型，請品鑑：
——第五波則是這麼個造型，請再品鑑：
重申一句，為了避免不受控爆發期對病死率的影響，梁老師他們只選取了紅框部分的死亡人數，作為Omicron代表隊出面和前面四波PK。
——最後結果，請品鑑（可能需要點開大圖）：
以上綠色數字和黃色數字，分別是前四波的病死率和第五波未完全接種病例的病死率（已根據年齡分層）。所以在沒有既往感染史和疫苗拉偏架的情況下，
第五波的病死率，在六個年齡組當中的三個都高於前四波。
並且吧，嚴格來說第五波的病死率，還是被疫苗拉了一點偏架。畢竟梁老師他們只排除了「完全接種」的病例，而在第五波早期，香港還有全人口7%左右已經部分接種，這7%的第一針，顯然也能降低一丟丟病死率~
——總之，咱換個角度品鑑：
以上縱軸是病死率，橫軸是年齡分層；
藍色圓點=前四波死亡病例、紅色三角形=第五波未完全接種的死亡病例，綠色菱形=第五波已完全接種死亡病例。
——所以顯而易見，最終結果正如咱1月初搶跑的一樣：驚不驚喜意不意外？
並且吧，以上結果的焦慮之處就在於，我們已經知道，Omicron它真的有好幾項可能導致減毒的機制，
比如更低的肺嗜性，比如更低的FCS酶切效率，再比如更低的合胞效率。
可是梁老師帶給咱們的最終實錘結論卻是：
這玩意兒內生毒力跟原始株/Alpha打成平手（實際上還略高一丟丟）……
那麼它到底靠什麼咱們不知道的機制彌補回了毒力？（賣個關子，過兩天詳細八卦）
最後，梁老師他們這個預印本的主要賣點，其實並不是香港第五波早期階段的病死率，
——而是這個：
翻譯成人話：BA.1的中位數序列間隔3.15天、中位數代際間隔2.38天；BA.2的中位數序列間隔2.17天（代際間隔沒算出來）。
——作為對比：
在2021年5月份廣州疫情期間，Delta的中位數代際間隔和序列間隔都是3天~
病毒知多少？一文了解Omicron新變種：Omicron XE
加拿大衛生官正在跟蹤一種新的Omicron亞變種——Omicron XE。
Omicron XE是先前COVID-19亞變種的混合體。這一類的「重組」亞譜系包含來自兩種或更多不同病毒的遺傳物質，並不新鮮。但由於有社區傳播的證據，這一特殊的亞譜系引起了一些關注。
自從南非科學家在四個多月前首次發現Omicron以來，他已經進化出多個亞變種，其中包括在加拿大和世界其他地方傳播的BA.2。
以下是我們目前為止對XE子變種的了解：
XE子變種是什麼？
它是由在加拿大冬季假期和一月份掀起第五波大流行的BA.1和掀起第6次浪潮的BA.2重組而成。根據英國衛生安全局(UKHSA)4月8日發布的一份技術簡報，截至4月5日，英國已有1125例XE病例。
根據英國的報告，除了BA.1和BA.2的突變外，XE還包含三種突變，這些突變並未存在於BA.1和BA.2的所有序列中。
重組變異常見嗎？
「重組變異並不罕見，特別是當有幾種」變體在流通時，」英國健康協會首席醫療顧問Dr. Susan Hopkins在3月25日的一份聲明中說。
「迄今為止，在大流行過程中已經確定了幾種。與其他種類的變異一樣，大多數會相對較快地死亡。」
此前，英國還確認了Delta和OmicronBA.1組合的XD和XF等其他組合。
XE的傳播性怎麼樣？
世界衛生組織的技術負責人Maria Van Kerkhove博士在一段視頻問答簡報中說，根據對現有序列的早期分析，XE的傳播率大概增加10%左右。但，Van Kerkhove表示，將其傳播能力描述為10倍以上的報導是不正確的。
英國衛生機構表示，XE平均每周增長12.6%，高於BA.2，但指出，在過去三周，增長速度增加到20.9%。
世衛組織將XE歸類於Omicron，這是一個值得關注的變體。該機構補充說，亞變異和重組形式應該作為不同的血統由公共衛生當局監測。
加拿大公共衛生局(PHAC)表示，他們正在積極監測COVID-19變體，並評估新的Omicron亞系和類似於XE這樣的重組變種。
哪裡出現了XE病例？
PHAC表示，截至4月14日，在2022年3月22日的邊境監測中發現的一例XE亞型已在加拿大得到確認。
此前，PHAC曾懷疑另外5例可能是XE的病例，但經過進一步調查，已經確認他們不是XE病例，但鑑於病毒正在自行重組，所以這些病例尚未確定感染了哪種變種。
可以明確的是，目前除了XE之外，全球還在跟蹤另外幾個COVID-19重組變種，考慮到elta和Omicron變體的重疊以及Omicron的BA.1和BA.2亞系的共同流通，這並不是一件奇怪的事情。
根據英國衛生機構的報告，在英國，大多數病例集中在英格蘭東部、倫敦和東南部，1月19日發現了首例病例。
此外，根據各媒體報導，印度、日本等國家也發現了XE病例。
疫苗還有效嗎？
雖然科學家們仍在進一步了解XE和其他亞系，但研究和現實世界的數據表明，疫苗可以繼續提供對嚴重疾病的保護，特別是在注射加強針後。
世衛組織的Van Kerkhove說:「我們需要確保，當輪到你接種疫苗時，你會收到你需要的完整療程的劑量。」特別是那些最脆弱的人，老年人，有潛在疾病的人，以及前線工作人員。「
