1951年3月，中央發出指示，鎮壓反革命。對於手持武器、聚眾暴亂的，殺害幹部、破壞工廠輪船的，土匪首領繼續抵抗、不願投降的……，應處以極刑或長期徒刑，絕不寬容。但不以反革命為目，私人仇殺和偷竊的，要與反革命加以區別，決不應亂打亂殺、錯打錯殺。死刑及長期徒刑，應經法院審訊和判決。判決後，經省政府主席或省政府委託之專員或其他負責人批准後，方得執行。
但什麼是「反革命」？指示沒有定義。1951年2月，國務院出台《懲治反革命條例》，進行了彌補：「凡以推翻人民民主政權，破壞人民民主事業為目的之各種反革命罪犯，皆依本條例治罪。」反革命的本意，是指推翻新政權和破壞人民民主。
毛澤東要求鎮壓反革命：「請注意打得穩，打得准，打得狠」。（毛澤東：《關於鎮壓反革命》，《毛澤東文集》第6卷，人民出版社，1999年，117頁）如此才能獲得社會同情，又保存大批勞動力。由於缺乏明確標準，控制下屬的簡便方法就是數字管理。毛澤東給出了上限標準：鄉村已達人口千分之一（在西北地區為千分之零點五）、城市已達千分之零點五者，應即停止大批地殺人。（毛澤東：《鎮壓反革命必須實行黨的群眾路線》，《毛澤東文集》第6卷，人民出版社，1999年，158——159頁）時任瑞金專署專員的朱開銓回憶，當時瑞金縣30多萬人，由於控制嚴格，殺了三四百反革命。（朱開銓：《六十六年之革命生涯》，江西人民出版社，1993年，184頁）
指示要求，死刑應經法院審訊和判決，但許多地方沒有法院。1950年10月，北京第一家區法院才成立。全國法院人員短缺，文化水平低。1950年7月，河北省法院幹部799人，大學畢業55人，占6.8%——估計主要是國民黨法官。中學畢業248，占31%。小學畢業496，占62%，占幹部的主流。（司法部統計處編印：《司法統計資料》，1950年7月）史良1952年向周恩來報告，全國法院28000幹部，國民黨舊司法人員約6000人。部分地區，舊法官中反動黨團、特務分子占64%，太原高達83%。這些人政治上不可靠，50%以上有貪污行為。（史良：《關於徹底改造和整頓各級人民法院的報告》，1952年8月）國民黨法官政治不可靠，貪腐。共產黨法官不懂法，而鎮反運動，已經轟轟烈烈地在全國鋪開了。
究竟打得準不準？上海檔案材料，記錄了若干案例。袁鳳英被定為反革命分子，具體罪名是「妓院惡霸」。她的「血債」是，以火燒紅的磚頭加醋，燙妓女下部致死。罪行看上去駭人，但案卷材料反映，實際是該妓女下身生毒瘡，袁用土法醫治，致死，並非有意虐死。開設妓院，在我國已有幾千年傳統，與反革命不粘邊。但她還有「污衊人民政府與人民解放軍」情節，被判死緩。
周招弟，戲院老闆，據說生性霸道。主要罪案是阻止無票的鄉民入院看戲，激起矛盾，被聯名舉報「查門票嚇死小孩」。另據說一名男子被周毆打，數月後去世。提籃橋區法院判處死刑，市法院改判無期徒刑。意見下達後，提籃橋區強烈不滿，稱其「民憤大」，最後軍管會以「惡霸」、「有血債」罪條判處周死刑。她的行為，其實都構不成犯罪，與反革命更無關。但她有一個「掃帚星」的綽號，被認為是「民憤大」。（袁凌：《反革命惡霸的諢名》）沒有人去細考，一個女人怎麼可能打死男人？查門票怎麼會嚇死小孩？相書上的「掃帚星」，是指不吉，克夫再嫁，與民憤或反革命有啥關係？
正規的法院沒有，基層如何組織審判？當時各縣成立了人民法庭。1950年10月，湖南攸縣成立人民法庭，下設10個分庭。審判長是警局長，法院院長成了副審判長，其他審判員系機關幹部或群眾。這些沒有法律知識，沒有審判經驗的人，在鎮反中，處決了212個反革命。後人總結說，人民法庭第十分庭，未經批准，宣判執行死刑24人。後檢查認定錯殺6人，可殺可不殺的13人。（劉宗良：《解放初期的攸縣鎮反運動》）中央指示，死刑要經省里批准，實踐中，區法庭未經宣判，執行死刑。
因為沒有標準，量刑極為混亂。上海輔仁中學校長楊於慎，因為「冒充民革黨員，抗拒登記」，在鎮反高潮中，被判處死緩，後改無期，又改為13年。最終判決下達的1952年8月，鎮反高潮已過，刑期縮水為5年。（袁凌：《檔案里的反革命：邊界何在？》）
安徽碭山縣將一般"不法"地主、地痞流氓乃至所謂「破鞋」也逮捕起來。桐城縣將16名擬處死刑犯，報地委審批。地委批示「繼續補查」，該局未看批文，竟主觀臆斷，已批死刑，將16人處決。霍山縣將未獲批准死刑的5名反革命犯處決。（《安徽省志·公安志》）
1951年5月，中共皖北區黨委執行中央的收縮方針，已核准的1000餘名死刑犯，凡未執行的，一律停止執行。那些沒被執行的，撿了條命。官方總結說，三年鎮反運動中，安徽共捕反革命分子11萬餘人，處死刑者，3.2萬餘人。（《安徽省志·公安志》）
為配合鎮反，詩人袁水拍寫了首歌詞「鎮壓反革命」。歌中唱道：「殺得對，抓得准，不殺不抓不安心。大家快起來，堅決徹底，乾乾淨淨，全部肅清，肅清那反革命。」「文革」中，他自己被掛上「反黨分子」的牌子，遊街示眾。他憤而自殺，被救回來了。
