有分析認為，受中國產餃子致人中毒事件影響，當地檢疫部門延遲了通關手續。日方準備儘早使大米通關，包括向中共政府提出要求。
日方有關人士稱，此前日本大米通關只需約三周時間。這批大米到港後已經過了一個多月，期間還包括一周的春節長假，但仍未有可以通關的跡象。
日中兩國政府於去年12月達成協議，日本將再對華出口150噸大米。最初的50噸已於1月初運抵天津和上海，並於當月下旬開始銷售。該日方人士擔心，如果通關時間被延長，「最早在3月內商店就可能斷貨」。
毒餃子事件發生後，中國檢疫部門加強了對出口食品的檢疫力度。以冷凍、加工食品為主，部分商品的對日出口一度出現了暫停。
日本水產公司曾表示，該公司在山東省的合資企業等生產的冷凍食品從2月22日起就未能出口。雖然檢疫部門對工廠進行現場檢查後於28日恢復了商品出口，但由於擔心「其它省也可能採取相同的措施」，公司依然在搜集有關信息。加藤吉公司擔心「如果出口手續繼續被拖延，就不得不考慮將部分商品轉回國內生產」。
日本貿易振興機構（JETRO）日前發布貿易統計結果稱，2007年對華貿易總額（不含香港）達到2366.4億美元，首次超過對美貿易額上升至首位。日本對華貿易連續九年刷新曆史記錄。由於在日本相繼出現食品安全問題，JETRO指出，「日本對中國的食品依賴程度較高，如果不儘快消除消費者的不安情緒，恐怕會使2008年進口額漲勢受阻」。
由於中日警方在「毒餃子」事件的原因上不同調，兩國原定進行的食品安全磋商將延期舉行，中國品檢總局局長李長江訪日時間將推遲到兩會以後，有分析指，儘管中日高層均強調毒餃案無礙中日關係，但調查結果不同調卻可能引發外交對立危機。
