1958年中央軍委擴大會議參會者合影（局部），前排左二為許世友、左五為楊成武
1950年代前期，張愛萍先後擔任七兵團司令員、浙江軍區司令員、第三野戰軍暨華東軍區參謀長等職。上面原來準備讓張兼副司令員，他自己推辭了。司令員陳毅基本上是掛名的，原副司令員粟裕出任副總參謀長後，反面角色之一調任副司令員。在張愛萍兼任浙東前線指揮部司令員兼政委期間，與其頂頭上司屢屢發生矛盾。大陳列島登陸作戰有三個方案：先攻上下大陳，先攻一江山島，先攻披山。張愛萍領導下的參謀人員根據對「諸軍兵種的合同作戰」的研究推敲，主張先攻一江山島，卻受到軍區首長的呵斥。最後，上面還是決定先打一江山島。
1954年11月30日，軍委電告華東軍區，12月20日攻占一江山島，以迫使美蔣不能把浙閩沿海島嶼包括在《共同防禦條約》範圍之內。12月9日，華東軍區報告，作戰行動準備完畢，請示按原定日期發起攻擊。11日，華東軍區接到上峰來電：不必太急於攻占一江山，可延至1955年1月，也可不必選擇一江山為目標。此間發生了什麼事？原來，「戰鬥即將發起之際，華東軍區的一個領導同志向總參報告，兵力不夠，時間倉促。」1955年1月17日晨，浙東前線指揮部司令員張愛萍父和參謀長王德從寧波出發，抵頭門山前沿指揮所，準備指揮部隊發起攻擊。他們再次接到華東軍區轉來總參謀部的緊急通知：「立即停止作戰行動。」這一次「還是華東軍區自己內部不同意見所致」。張愛萍當即打電話給副總參謀長陳賡，「陳賡迅速向總參謀長粟裕匯報。粟裕遂要陳賡速報彭德懷。此時的彭德懷正在中南海參加政治局會議，在得到報告的同時，即打斷會議，向毛澤東報告前方指揮員的判斷和決心。毛澤東沒有馬上表態，當即徵詢了劉少奇、周恩來、朱德的意見，然後對彭德懷說：授權你來下這個決心吧！」彭「當即表態『相信前線指揮員』，他說：我們都是打過仗的，按愛萍的意見辦，戰鬥照原計劃進行！」一江山島作戰結束，南京軍區（戰後華東軍區撤銷）黨委向軍委上報了《黨委常委對張愛萍同志的意見》的報告。報告裡說他驕傲自負，自以為是，獨斷專行，不好合作，看不起其他領導同志……
「文革」期間，獄中的張愛萍對自己的遭遇百思不得其解，他在看到九大選出的政治局名單後，「終於恍然大悟」。不算毛澤東，政治局24人，「江青、康生、陳伯達、張春橋、姚文元、謝富治；以及林彪、葉群、吳法憲、李作鵬、黃永勝、邱會作。每組6人，共12人。」「剩下12人的構成是，毛澤東身邊的汪東興；『文革』中支持造反組織的領導幹部典型紀登奎；三支兩軍的代表李德生；三個黨內元老中，朱德、董必武年事已高，劉伯承雙目失明；剩下的人中，有歷次黨代會都是政治局委員的；有的幾乎沒有文化，連《參考消息》都要秘書謄寫成大字才能看的；再有……真正有治國治軍才幹的，歷史上做出過傑出貢獻的，在黨內軍內享有威望的，同時身體尚可，能主持日常工作的，只有兩個人，周恩來和葉劍英。」沒有點名的3個政治局委員是李先念、許世友、陳錫聯，顯然，「幾乎沒有文化，連《參考消息》都要秘書謄寫成大字才能看的」那一位是許世友，當年的華東軍區副司令員也是許世友。書中除了在彭德懷表態「按愛萍的意見辦」後，提及作戰處長石一宸的回憶：許世友副司令員正在作戰室，他聽說軍委已批准了，大聲說：「堅決支持張參謀長的意見，不要再干擾張參謀長的行動。」通篇沒有說過許世友一句好話。
反面角色之二在撤銷防空軍時，就與張愛萍結了怨。張愛萍說：「我兩次登門徵求他們的意見，做說服工作，但人家都拒而不見。」在議案上會討論時，對方摔出話來：「吃我？歷來是老子的部隊吃掉人家！」張愛萍一聽，頓時就炸了。他拍著桌子喊道：「老子今天就是要吃掉你！」滿座譁然。會議再也無法開下去了。後來，1957年1月中央軍委擴大會議確定撤銷防空軍，將防空軍併入空軍，建立空防合一的新體制。歷來「吃掉人家」的防空軍司令員果然被張愛萍「吃掉」了。
1965年底，總參謀長羅瑞卿下台，這位冤家對頭升任代理總參謀長，成了副總參謀長張愛萍的頂頭上司。1967年1月，解放軍測繪學院（屬總參領導）造反組織抄了張愛萍家，並將其扣押。2月15日《關於批判張愛萍的請求》報告：「張愛萍反對『文化大革命』，反對毛主席，反對林副主席，問題性質十分嚴重，要求召開黨委擴大會議，對他進行追鬥和揭發批判。」「簽名。上面有林彪圈閱」。雖然張勝隱去了簽名者的姓氏，但誰能代表總參黨委簽名呢？張愛萍本人就是黨委副書記，簽名者只能是已於1966年12月被任命為總參黨委書記的代總長楊成武。12月18日，以楊成武為首的軍委辦事組向中央報告：「將張愛萍隔離審查」，因為「張愛萍問題專案小組審查張反黨罪行和歷史問題時，發現張愛萍有特務嫌疑和假黨員問題，他還和潘楊案件有直接牽連……軍委辦事組討論，同意總參黨委的建議，將張愛萍交由北京衛戍區看管，隔離審查」。林彪批示：呈主席批示。林彪28日。毛澤東圈閱。12月26日，張愛萍被宣布正式逮捕。
現存的1968年1月4日、6日的電話記錄上，記載了楊成武的話：「對張愛萍的問題應當明確是個特務問題」；「追特務要從張見彭入手，怎麼樣與彭認識，治癒後又怎樣出院的。」「張愛萍的審訊要一下能突進去」，使他「跑不了」，「要連續作戰，不讓他喘息。」根據楊的具體指示，專案組去上海先抓了彭（彭豐根大夫，曾在上海醫治過張愛萍的槍傷）的女兒、兒子，然後逼迫彭寫下把張愛萍介紹到日本特務機關——福民醫院，見了特務頭子頓宮寬的口供。3月5日，專案組向總參黨委和中央專案第二辦公室寫出報告（張愛萍專案組組長、總參黨委書記和中央專案第二辦公室主任，均為楊成武）：「張愛萍的日本特務分子問題基本可以定案。」但是彭被迫的偽證有個時間上的漏洞，「於是下一個陰謀出現了。專案組向上海市警局提出要求，將所謂彭豐根1933年出賣情報的事提前到1930年。他們對負責此項工作的人說：『從保衛毛主席革命路線的高度上看，這樣做也是有過先例的。』」沒想到19天後，楊成武本人也被逮捕，專案組大換班，「張愛萍的日本特務分子問題」最終沒能定案。
與羅瑞卿關係非常密切的楊成武，在批斗羅的時候上綱上線，嗓門特別高。輪到從大西北核子試爆場回到北京的張愛萍「表態」，他張口就說：「對中央的決定我沒有異議，但我就是看不慣有那麼一批投機分子，人家在台上的時候拼命巴結，出了問題就落井下石，從什麼時候起，我們共產黨內搞成這種風氣了！」後來他在回憶往事時對兒子說：「我從心裡鄙視那些政治投機者，都是些無恥小人！」「我最鄙視的就是這種兩面的風派式人物！」在紀念劉少奇的座談會上，張愛萍激憤地發言：「有些人，在『文革』中壞事做絕，又毫無悔改之意，到現在還在寫文章為自己塗脂抹粉，到處招搖撞騙！」在場的方毅喝彩：「愛萍同志講得好，就是要這樣講！大聲地講！公開地講！」關於原來專案組的人，張愛萍對張勝說：「這是不能原諒的！我絕對不會對這種人說一句原諒的話！這不是我和他個人的問題。不行！絕對不行！」
