九二年鄧小平南巡後，楊尚昆和萬里曾提議趙紫陽復出任國家副主席。於是鄧小平讓楊尚昆請趙紫陽承認在六四風波中所犯錯誤，但趙紫陽不認錯。鄧小平擔心趙紫陽和楊尚昆及萬里為六四成功翻案。因此趙紫陽未而復出。
楊尚昆其實是趙紫陽最好的朋友。他多次為趙紫陽直言，關懷趙紫陽的親屬。他與萬里一起保住了趙紫陽的黨籍。因為幫助趙紫陽，楊尚昆受到了江澤民的冷落。
前國家元首楊尚昆離奇「病逝」
退休後的中共國國家主席楊尚昆之死，曾令全黨全民感到突兀，官方的報導是因「病」而逝，其家屬則質疑要求中央詳查，坊間更傳言在黨國元老派中有常青樹之稱的楊尚昆是死於非命。前不久，大陸中共高層一知情人士透露了事件的真相，楊尚昆是被江澤民所謀害。
一九九二年的下半年，對楊家將在軍中的影響一直憂心忡忡的江澤民，在搶救過來的鄧小平病榻前，先告楊尚昆的胞弟楊白冰在驚聞鄧小平中風住院後曾說，「現在是我們研究鄧小平同志身後事的時候了」，然後又哭訴「有他們兄弟在，我是要被殺頭的呀！」江澤民這一告一哭，就借鄧小平的手把楊白冰從中共中央政治局委員的既定名單中劃掉，除去了潛在的一大政敵，並進而全面掌握了軍權。數年後，楊尚昆在老軍頭的一次聚會中數落了江澤民的無能，稱江不配擔任黨總、國主、軍主，並提及要罷免他並不難，只愁還沒找到接替他的人選。其後不久，楊尚昆感冒住院，一月之後就突然「不治身亡」，而病因卻始終無法查清。
如今總算有了答案，據大陸中共高層一知情人透露，楊尚昆之死是江澤民懼怕他與胞弟楊白冰聯手策反軍隊推翻他的寶座，秘密派人暗地下了毒手。
