趙紫陽在逝世前的幾個月，心中裝著放不下的心思。2004年下半年，他委託老友宗鳳鳴先生轉告姚監復，請他調查「六四」到底是不是一場有計劃的武裝政變。姚監復因而寫了一篇文章，叫「『六四』是否武裝政變需調查」，並提了十幾個問題，其中一個問題是，鄧小平之所以調動20多萬大軍，是否是因為擔心楊尚昆與趙紫陽聯手發動軍事政變，逼使楊尚昆與趙紫陽劃清界限、同意戒嚴，作為前線指揮鎮壓學生運動。
毫無疑問，在「六四」事件中，楊尚昆是一個關鍵人物。這不僅是因為他當時是國家主席，與軍委主席鄧小平和中共總書記趙紫陽三足鼎立，還因為他是軍委副主席，手中握有槍桿子。此外，他在七十年代末在廣東工作時與趙紫陽建立了不錯的關係，而他與鄧小平更從三十年代起就發展出生死與共的交情。更重要的是，在當時那些政治局高官中，楊尚昆是唯一一個可以直達鄧小平家客廳的人。
出於這樣的地位，「六四」前夕，當鄧小平和趙紫陽對「4.26」社論和是否戒嚴等問題談不攏的時候，他傾向誰，誰就會穩操勝券。這是毋庸置疑的。但是他傾向趙紫陽的可能性有多大呢？眾所周知，楊尚昆對戒嚴的立場，先是反對後是贊成。這是趙紫陽對他最不滿的地方。但是如果把趙紫陽的《改革歷程》、張良的《中國「六四」真相》和吳稼祥的「蟬、螳螂、黃雀的故事──談六四真相與天安門文件」聯繫起來看，就會發現，楊尚昆在「六四」中的真正作用，決不是出爾反爾、反覆無常那麼簡單。
當趙紫陽與鄧小平在5月17日因為一個主張戒嚴、一個反對戒嚴而分道揚鑣的時候，楊尚昆毫不猶豫地站在趙紫陽的對立面上。在這之前，趙紫陽一直認為，楊是反對戒嚴的，是贊成趙的立場的。這可以從趙紫陽的《改革歷程》一書中看出。趙在5月4日亞行講話提出要在民主與法制的基礎上解決學潮問題。之後，彭真、萬里和楊尚昆都對他的講話有正面反映，趙的感覺是，這幾個人當時都是站在他那一邊的。
關於戒嚴問題，趙紫陽寫道：「在我回國前，北京曾在常委碰頭會上提出過實行戒嚴的問題，當時受到楊尚昆的嚴厲批評，說首都戒嚴，如何向全世界交待？我感覺到在鄧決定實行戒嚴以前，楊對學潮的態度是比較溫和的」。但5月17日在鄧小平家中開會時，楊的態度變了。趙寫道，楊尚昆「說廖漢生主張戒嚴，是不是可以考慮戒嚴？本來尚昆一直是反對戒嚴的，這時他轉述廖漢生的主張，實際上他改變了主意」。趙對楊很失望，認為他起了不好的作用。
奇怪的是，楊尚昆轉述廖漢生的話，在《中國「六四」真相》5月17日在鄧小平家召開的常委會議記錄的詳細綜述中，完全沒有蹤影。楊尚昆的話顯然是向在座的鄧小平和其他常委的建議，可是在《真相》一書中，只有他對首都動盪局勢擔憂的長篇講話，並沒有關於戒嚴的任何的主張、建議和看法。
這當然不是趙紫陽記憶有錯，因為趙紫陽不可能對楊尚昆對戒嚴前後不一致的態度記憶有誤，也不可能對5月17日那一天他因不同意戒嚴而辭去總書記的會議而記憶有誤。既然他的記憶無誤，那就是《真相》有誤！吳稼祥在紀念「六四」12周年提到《真相》這本書時說，他看到了此書在出版前的校樣，最核心的那些文件後面都有一個註解：楊尚昆親人友人提供。後來這本書出版以後，「楊尚昆親人提供」的字樣都被刪掉了。但是黎安友（Andrew Nathan）在他撰寫的由明鏡出版社正式出版的《真相》前言中承認，「有些材料是楊的朋友之一提供的」。
這就是說，楊尚昆借廖漢生的口主張戒嚴的話，被楊尚昆親人或友人刪掉了。也就是說，《真相》試圖掩蓋一些真相！如果這個判斷不錯的話，那麼《真相》試圖掩蓋什麼真相呢？
一直以來，關於「六四」血案最流行的「真相」是，對北京實施戒嚴繼而屠城，拍板的是鄧小平，執行的是楊尚昆；楊尚昆對「六四」血案負有責任，但只是脅從責任。持這種看法的最權威人士，當屬前新華社香港分社社長許家屯。許家屯在《許家屯回憶與隨想錄》中說，楊尚昆原本是支持趙紫陽的，最後是迫於鄧小平的壓力才參與鎮壓學運的。
在「六四」血案中犯了脅從罪，想必也是楊尚昆希望後人給他的歷史定位。楊尚昆在1998年對蔣彥勇醫生作如是說：「六四是中共犯下的最嚴重的錯誤」，「我本人當時雖然只好服從老爺子的意向行事，也負有責任」。
但如果只是脅從責任，何必要掩飾呢？借廖漢生的口主張戒嚴是一件嚴重的事，如果只是脅從，是說不出這種話的。楊尚昆親人或友人或許意識到這一點，於是就幹了一件貌似聰明實則愚蠢的事，將楊尚昆的這段話從《中國「六四」真相》一書中刪掉了。當然，如果換作是鄧小平或李鵬的人掌握了這批材料，他們在公布前，也會把不利於鄧或李的證據湮滅掉。
但是他們湮滅不掉別人手中的證據。趙紫陽的《改革歷程》便恢復了5月17日會議的真相，並露出了《真相》一書的馬腳。此外，馬克•佩里（Mark Perry）1992年出版的《遮天蔽日—中情局的最後日子》(Eclipse— The Last Days of the CIA)也披露了不利於楊尚昆的證據。該書說，根據「六四」期間隱藏在北京飯店，燕京飯店等地的美國中央情報局人員發現的證據，楊尚昆派出二十七軍到北京鞏固他在政治局的地位，殘酷的屠殺是他個人刻意安排的結果。
還有，陳小雅的文章「趙紫陽與楊尚昆的『默契』」也提供了為何楊尚昆從反對戒嚴轉變到支持戒嚴的一個非常重要的證據。她說，一位自稱是戒嚴部隊領導的子弟曾透露，楊尚昆答應支持鄧的戒嚴決定，是有三個條件的。第一，讓他的弟弟楊白冰主持；第二，戒嚴部隊從各軍調人；第三，外圍布置飛彈部隊。這三個條件，實際上是三大舉動——主持、調人和布置都由他楊家將完成。這樣的作用哪裡只是脅從呢？
此外，吳稼祥的文章顯示，楊尚昆不僅極富野心，而且極富謀略。想想看，借調動軍隊進城、指揮戒嚴和屠城並最終平息動亂，是任何一個政委出身的人在軍內高層剪除職業軍人異己、培植勢力、鞏固軍權千載難逢的良機。以楊尚昆的野心和謀略，他不僅看到了這個機會，也身體力行抓住了這個機會。
但他的殺紅了眼計程車兵們完全失控了，屠城的結果極為慘烈。這可能是楊尚昆始料不及的。他更料不到的是，他最後竟然被鄧小平拋棄了，他的憑籍「六四」發達起來的楊家勢力，不過才三、四年的功夫，就灰飛煙滅了。楊尚昆顯然不甘心就此消聲、消亡。所以才先有了對蔣彥勇講的懺悔的話，後有了《中國「六四」真相》的出版。通過這兩大舉措，楊尚昆可能想達到以下幾個目的：
其一，把自己在「六四」中的作用定位於脅從，籍此減輕在「六四」血案中的責任。楊知道，屠城的責任是撇不清的，但把自己打扮成迫不得已執行鄧小平命令的人，責任卻可以減輕一些。這應當就是楊的人在《真相》中刪掉一些對他們不利證據的動機。
其二，自保。從鄧小平到李鵬，當年直接參與六四屠城決策的高層，近年來都不約而同地以各種方式推卸他們在「六四」中的作用。鄧小平的女兒說，六四屠城是中央集體決策的結果，不應把所有的罪過都算在鄧小平一人身上。而罪大惡極的李鵬也要出版日記為自己開脫責任，恨不能把他所有的罪過都推到鄧小平身上。這說明，擔心被清算是楊尚昆、李鵬還有鄧小平的後人共同的恐懼。
其三，報復鄧小平在「十四大」把楊家將連鍋端的一箭之仇。你鄧小平不仁在先，我楊尚昆不義在後。如果我楊尚昆的責任減輕了，你鄧小平的責任自然就加重了。
