魯王朱以海在舟山的政權最終被滿清消滅，不得不在鄭成功的卵翼下度過餘生。不過，《明史》上說鄭成功把朱以海推到海里淹死則純屬造謠。
國斷舟山
自1649年九月駐蹕舟山，魯監國朝廷的戰略便由恢復福建改為經營浙江。
當時，張名振部駐紮舟山，周瑞部屯於溫州三盤，彼此互成犄角之勢，並與寧波四明山寨義軍遙相呼應，對清廷在江浙地區的統治構成重大威脅。
興起於關外的滿洲八旗長於陸戰，自遼東起兵以來取得了薩爾滸、大小凌河、松錦等一系列勝利，卻因不諳海上作戰，只能一度望洋興嘆。
以魯監國為首的浙東抗清勢力的存在，對清廷不啻如鯁在喉，必欲除之而後快。
順治五年（1648）以來，江西、廣東、山西、陝西等地爆發的大規模反清復明運動令清政府焦頭爛額。清廷為此曾一度考慮利用叛徒對復明陣營進行招降，但收效甚微。
經過一番精心策劃，清廷最終決定採取「掃除外圍、搗其腹心」的策略，先對四明山寨抗清武裝展開掃蕩。
1650年九月，清方調集兵馬進入四明山區鎮壓抗清義師，在清方重兵圍剿與政治招撫之下，四明山義軍或被剿滅，或被招降，難以再成氣候。
清軍平定四明山抗清武裝，解決了後顧之憂，又通過一系列針對性的軍事訓練，大大提高了海上作戰能力，開始著手部署進攻舟山，企圖一舉摧毀魯監國朝廷。
1651年，清廷核准了浙江、福建地方軍政官員提交的作戰方案。八月中旬，清方由浙閩總督陳錦、平南將軍金礪等統領的四路大軍雲集定關，大戰一觸即發。
面對來勢洶洶的清軍，魯監國召集文武群臣商議，決定派擅長海戰的盪胡侯阮進率水師在海上迎擊清軍；同時趁清軍主力雲集定關，採取圍魏救趙的戰術，由魯監國本人和張名振率師進軍長江口，以求打亂清軍的進攻部署。
但後來的事實證明，這一方案低估清軍海戰實力，分散了明軍水師兵力，鑄成大錯。
1651年八月二十日，清陳錦、金礪等將帥率軍登船。次日晨，清軍趁大霧瀰漫，蜂擁渡海，明軍獲悉後，立刻集合戰船，由阮進統兵迎戰。
當日，雙方舟師相遇於橫水洋，炮火相加，展開了一場激烈的廝殺。經過整整一日的鏖戰，海戰以明軍失利告終，水師主將阮進傷重被俘，次日不治身亡。
清軍海戰獲勝後，立刻登陸舟山島攻城，遭到明軍頑強抵抗。魯監國、張名振得知舟山危急的報告後，火速回援，但在海上遇到清軍舟師的阻擊。
明清雙方激戰至九月初二日，清軍採取豎梯挖城的戰術，突破明軍防禦，蜂擁入城。
明方留守將領劉世勛等力戰而死。魯監國朝廷大學士張肯堂、兵部尚書李向中、禮部尚書吳鍾巒等大臣均自殺殉國。舟山之役在南明史上書寫了可歌可泣的悲壯一頁。
舟山失陷使浙東抗清勢力失去了一個重要的根據地，魯監國不得不再次開始他的苦難漂流。海上漂泊無定的悽苦生活令部分將領對前途失去信心，先後赴福建閩安向清方投降。
魯監國在張名振等護送下，幾經輾轉來到鄭成功部駐守的福建海壇島。鑑於魯監國朝廷在浙江沿海已無法立足，在失去自身地盤的情況下，進入鄭成功的勢力範圍實屬迫不得已。
閩海搖波
鄭成功為東南最大的海商兼軍事集團首領鄭芝龍的長子，鄭芝龍因擁立唐王之功，成為隆武朝廷的實際掌權人。
1646年九月，清軍入閩，鄭芝龍身為朝廷重臣，不僅不思抵抗，反而屈膝降清。鄭芝龍降清使父子二人在政治上分道揚鑣。從此，鄭成功在叔父鄭鴻逵支持下堅定地走上抗清道路。
經過數年苦心經營，鄭成功憑藉其堅韌不拔的意志、卓越的軍事和組織才能以及獨特的人格魅力，成為南明史上最重要的軍事統帥之一，其麾下水陸軍隊逐漸發展為東南沿海最強大的抗清武裝，開創了中國歷史上少見的以海權對抗陸權的成功案例。
1652年正月，鄭成功同意魯監國及其部眾進駐廈門，隨行的有定西侯張名振、兵部侍郎張煌言等文武官員數十人。
由於鄭成功是隆武朝廷的堅定支持者，因而始終不承認魯監國政權，只將魯監國視作普通的明朝宗室，保護他的人身安全並在生活上給予優待，但並不將其視作復明大業的正統象徵。
不久，魯監國被移往金門居住，開始了寄人籬下的寓公生活，在這座閩南小島度過了人生的最後十年。
朱以海最終得到鄭成功的庇護
早在1646年十一月，於廣東肇慶成立的永曆朝廷便被各地復明勢力奉為正朔。因此，魯監國朝廷始終面臨正統性缺失的尷尬境地。
在南明歷史上，為爭正統的內鬥不絕史書，先有唐魯紛爭，後有紹武爭立，極大牽扯了復明勢力的精力。
為避免同室操戈的鬧劇再次上演，加之舟山失陷後朝廷已無立足之地，魯監國顧全大局，於1652年三月派使者上表永曆朝廷，表示放棄監國名義（以下稱朱以海），屬下部眾全力擁戴永曆帝。
此後，原魯監國系統的抗清武裝由張名振、張煌言領導，與鄭成功部密切配合，繼續堅持在東南沿海抗清。
天下大勢
1650年，奄有西南、養精蓄銳數年之久的大西軍聯合永曆朝廷出滇抗清，再次掀起全國性抗清高潮。大西軍名將李定國轉戰湘桂，兩蹶名王、天下震動，打破了滿洲八旗不可戰勝的神話。
清定南王孔有德、敬謹親王尼堪先後殞命沙場。自努爾哈赤興兵伐明以來，清軍還未曾遭遇如此慘敗。順治帝哀嘆：「我朝用兵，從無此失。」
鄭成功以金廈為根據地，圍漳州、取海澄、破安平，在福建沿海攻城略地，屢敗清軍，頗有斬獲。清軍懾於鄭成功部強大水師，只能徒嘆奈何。
張名振、張煌言率舟師三入長江，從吳淞口至鎮江，沿江布防的清軍見其勢大，不敢攔截。明軍得以縱橫飛渡，並於金山寺遙祭孝陵，極大鼓舞了江南復明勢力。各地此起彼伏的反清運動使清廷遭遇了自入關以來最嚴峻的挑戰。
眼看南明可望再造乾坤，復明勢力內部同室操戈的悲劇又一次上演。
實力最為雄厚的大西軍發生內訌，妒賢嫉能又跋扈自雄的首領孫可望先是企圖陷害李定國，導致孫李二人分道揚鑣，大西軍無法進一步擴大戰果，錯失了奪取戰略主動權的最佳窗口期。
孫可望嫉賢妒能，李定國痛失好局
孫可望後又圖謀篡位，引發復明陣營的內戰，眾叛親離的他最終可恥地叛逃清廷，清方得以掌握大西軍虛實，整個形勢急轉直下。
清廷在渡過難關之後，迅速發起反擊，集結重兵進攻雲貴，永曆朝廷覆亡，永曆君臣一度逃入緬甸，後被清軍俘虜，明統至此告絕。
鄭成功、張煌言於1659年聯合發起長江之役，奏響了南明抗清高潮最後的絕唱，可惜先勝後敗，功虧一簣，克復金陵的宏願化為泡影。
鄭成功眼見在大陸復明無望，遂渡海驅逐荷蘭殖民者，收復台灣，以此作為鄭氏集團新的根據地。
國有孤忠
朱以海在閒居金門的十年內，眼看抗清局勢由盛轉衰，內心苦楚可想而知。
1662年四月，永曆帝被吳三桂絞殺於昆明；五月，鄭成功在台灣去世；六月，李定國病逝於暹羅國景線。短短兩三個月，南明三位重要人物相繼離世，隨著大廈傾覆，中興大業終成鏡花水月。
張煌言原打算擁立朱以海為帝，繼續扛起復明旗幟，但鄭成功之子、東南實力派鄭經對此意興闌珊，擁戴魯王之事最終不了了之。
1662年十一月十三日，長期患有哮喘病的朱以海突發急症去世，享年四十四歲，結束了顛沛流離的苦難一生。
朱以海去世後，張煌言對前途完全絕望，復明旗幟既已倒下，繼續與清軍作戰便失去了意義。作為原魯監國系統最後一位軍事主帥（張名振於1654年去世），他親自下令解散軍隊，只留下幾個親信隱居於距離舟山不遠的孤島懸山花岙。
饒是如此，依然未能躲過清方的眼線，於1664年七月被俘並押往杭州。張煌言嚴詞拒絕了清方的招降，九月初七日在杭州弼教坊英勇就義。
一腔熱血，盡化塵與土，南明抗清英烈，至此終成絕響。張煌言同他生前的偶像岳飛、于謙一起被列為西湖三傑，為後人所敬仰。
西湖畔的張煌言祠，與岳王廟、于謙祠並稱三忠祠
身後疑雲
清朝入關後不久，為顯示王朝正統性，在戎馬倥傯之餘，設史館編修《明史》，歷經順治、康熙、雍正、乾隆四朝，全書於乾隆四年（1739）終告完成。
《明史》凡三百二十三卷，凝聚了徐幹學、朱尊彝、萬斯同等史學名家的心血，在二十四史中，總體質量屬於上乘。
但出於種種原因，《明史》依然有不少瑕疵甚至謬誤，其中就包括朱以海的死因。
有關朱以海的結局，《明史卷一百十六列傳》記載：「順治三年六月，大兵克紹興。以海遁入海。久之，居金門，......十一年，成功使人沉之海中。」即說朱以海於1654年被鄭成功沉入海中殺害。
由於鄭成功在東南沿海堅持抗清，生前為清廷的勁敵。清方出於某種目的，有對其刻意抹黑之嫌，國姓爺為此背了二百餘年的黑鍋。
直至1959年朱以海墓在金門被發現，通過對墓志銘的釋讀，確定其去世日期為1662年十一月，而此時鄭成功已去世數月。
加之清初史家查繼佐在私修史書《罪惟錄》中對魯王薨逝金門的記載，可知《明史》對朱以海結局的記載嚴重失實。撥開重重迷霧，歷史真相終於大白於天下。
南明諸帝中，相比昏庸顢頇的弘光和膽小懦弱的永曆，勇敢頑強的魯王顯然更具人君之相。無論經歷怎樣的挫折、磨難和慘敗，他都不曾動搖心志。這一優秀品質，使得不少能人志士願意緊緊相隨。
倘若朱以海不是疏宗，而是血統更接近崇禎的明朝親王，其克成大統的可能性無疑會大大增加，復明運動或許會取得更大的成就。
作為復明運動的一面旗幟，朱以海在特定歷史環境中起到了最大的作用。可謂是：何以成敗論英雄，浩浩乾坤立豐碑。
