「五年前，我聽到了一個關於北京大學女學生，在上海提藍橋監獄裡用自己的鮮血書寫了大量勇烈的充滿人道激情的血書，最後被監獄秘密槍決的故事。這個女學生的名字叫林昭。那時，我第一次聽到這個名字。」
2004年面世的紀錄片《尋找林昭的靈魂》，全片的第一個鏡頭，就是大鬍子導演胡杰站在一台簡陋的DV攝影機前，一字一句地說出上面這段話。他的聲音渾厚，神色肅穆，讓人不由得整理呼吸，正襟危坐起來。
緊接著，林昭梳著兩條麻花辮的黑白照片出現在畫面上，畫外音仍然是胡杰低沉的獨白。「1957年的反右運動之後，整個中國大陸都停止了思想，並生活在謊言與恐怖之中，是這個女孩開始進行了獨立思考，在獄中，當她被剝奪了筆和紙的情況下。她用發卡當筆，刺破自己的手指，在牆上、在襯衫上書寫血的文章與詩歌……這個故事使我最後作出一個決定：放棄我的工作，去遠方尋找林昭飄逝的靈魂。」
沒有鋪墊，也沒有伏筆，導演劈頭走進畫面里，在第一句話就講出一個慘烈故事和它的結局，然後誠懇地對你說，我甘於付出代價去尋找，把這個故事還能找到的細節都一一重現，慢慢講給你聽。對觀眾來說，這樣的開場白並不容易消化。尤其是，當我們知道它並非虛構，而是一段真實、殘酷而且恥辱的歷史。尤其是，這段歷史還沒有結束。在導演講出林昭這個名字之前，我們甚至對她和她理應被頌揚千古的故事一無所知，這又更加重了恥辱的感覺。
《尋找林昭的靈魂》在當時的中國大陸引起震動。紀錄片不能公開發行，但在當時管制還並不嚴密的網際網路上迅速流傳開來，並且得到了主串流媒體的報導。林昭，1957年北京大學中文系女學生，這個湮沒了半世紀的名字，第一次以正面的姿態走進五十年後的現實，震撼了千萬個心靈。她在蘇州城外的墓地，清冷多年，也終於熱鬧起來，常有新鮮花束相伴。
在海內外媒體上，導演胡杰贏得了一致的讚譽，人們感念他以一己之力打撈歷史的無私努力，不少海外的紀錄片節向他伸出橄欖枝；但在中國大陸的紀錄片圈子內，在專業導演和影評人者之中，他卻引起了不小的爭議。很多人感到了一種「冒犯」。有人反感他強烈的道德立場，說他把林昭「捧成了英雄」，卻忽略了歷史的「複雜性」；有人指責他的影像語言太過陳舊，落入政治正確的俗套，沒有新意；也有人直接詰問，你拍林昭？你是誰？憑什麼？
這種備受同胞質疑和指責的情況一直伴隨著之後胡杰的紀錄片道路。幾年後一位1986年出生的中國年輕詩人曾這樣評論胡杰的紀錄片：「對於政治題材，我一貫的態度是，不屑一顧。沒有新意，沒有趣味，沒有難度，而且總是有一個團的怨婦齊聲控訴。最可笑的是導演，發現廁所是臭的，就以為掌握了重大消息。」可以看做是這一類批評的典型。
在一個尚沒有轉型，當然也談不上轉型正義的國家，如何記錄那些仍然在繼續的黑暗歷史？胡杰本人，並不參與爭論。他只是悶著頭做。有太多歷史要打撈，而太少的人去做了。從1999年開始「尋找林昭」之後，他真的辭去了待遇優厚的公職，和整個中國的獨立紀錄片圈子都漸漸疏遠，一個人，馬不停蹄地，走上了一條孤獨至極的旅程。
這15個年頭裡，胡杰製作完成了至少10部有關歷史題材的紀錄片，分別是《為革命畫畫：戶縣農民畫》（2004，與艾曉明合作）、《民間文革博物館》（2005，與艾曉明合作）、《我雖死去》（2006）、《糧食關紀念碑》（2008）、《國營東風農場》（2009）、《我的母親王佩英》（2010）、《星火》（2013）、《格拉古之書》（2014）。除了這些以外，已在他的工作計劃里，或已經拍攝了幾年、尚未完成的片目，還有長長的一串。
這些紀錄片所聚焦的歷史，都是1949年之後毛時代的中國──由不間斷的政治和人道災難串聯起的三十年。胡杰說，是林昭啟發了他的尋找，他想知道，這個他從小曾深信的「社會主義中國」，究竟是怎樣實踐出來的；而在那漫長而殘酷的黑暗年代裡，又有多少個光彩奪目的林昭，至今還被掩埋在歷史的塵埃深處。他說，他想救他們。
「如果我們回到了歷史，把他們這種無影無蹤的犧牲、壯烈的犧牲重新拾起來的時候，讓它重新被看到的時候，我就覺得，他們沒有白死。是他們，讓我們這個民族有了真正精神上的光輝。並不是說中國人都是像豬一樣，給一點好吃的，吃了就只會呼呼睡的。我只有一次生命，死了就死了，但是我沒死的時候，如果能把那麼多偉大的、壯烈的、淹沒在歷史裡的生命打撈出來，這多有價值啊。這是我，一個最普通的人對這個祖國的愛。我愛這個國家，我就會用作品來回答這個國家所承受的苦難。」
在最近的一次採訪中，他這樣對我形容，自己這麼多年堅持「尋找」的動力。
胡杰生活得清貧，靠家人支持和偶爾的短工項目維持日常開銷，紀錄片製作過程中的採訪、拍攝、剪輯，全都自己完成，從沒有請過助理。妻子工作之餘會幫忙聽打場記（《尋找林昭的靈魂》中採訪了80多位老者，每人4﹣5小時的訪談資料，都是由胡杰的妻子在下班回家的時間裡一字一句聽打出來）。但上路，走西北、東北、西南、華南，都是一個人，坐最便宜的交通工具，扛最簡單的設備。連筆記型電腦都直到2014年才置備了第一台。遇到秘密警察騷擾是家常便飯，嚴重時無功而返，甚至設備、影像資料的安全都受到威脅。但他從來不覺得這種困苦有什麼問題，一心一意地在這條險途跋涉，從不聲張。
