這種氛圍在1990年春天爆發成一場大規模學生運動——野百合學運。3月16日，幾千名大學生聚集在中正紀念堂廣場（後來稱"自由廣場"），他們席地而坐，手舉象徵純潔與理想的野百合花，要求廢除動員戡亂時期臨時條款、解散"萬年國會"、召開國是會議。所謂"萬年國會"，是1947年在大陸選出的國民大會代表和立法委員，因為國府遷台後長期不改選，許多人任職超過40年，甚至有人去世後由遺孀繼任，成了民主政治的笑話。
學生的訴求直接戳穿了國民黨威權體制的荒謬。對李登輝來說，這是一個關鍵時刻：如果強硬鎮壓，他也許能暫時穩住政權，但很可能陷入和黨外運動的長期對抗，甚至失去民心；如果妥協，則意味著要得罪黨內保守派，撕開制度大動手術。
李登輝選擇了後者。他在學運爆發的第六天，公開接見學生代表，並承諾會推動改革。這一舉動讓學運和平落幕，沒有出現流血衝突，成為台灣政治史上極為重要的轉折點。它不僅讓李登輝贏得社會聲望，也使他在外界眼中，真正從一個"被動繼任者"變成了"掌舵人"。
承諾必須兌現。1991年，台灣正式廢除了延續四十多年的《動員戡亂時期臨時條款》。這部法律曾是蔣介石、蔣經國維持"長期戰備"的法律武器，賦予總統超越憲法的權力，台灣因此被鎖死在"戰爭動員"狀態。廢除它，意味著台灣終於告別"非常時期"，走向正常的憲政秩序。
緊接著在1992年，台灣舉行了立法院全面改選。"萬年國會"從此走入歷史，幾十年來從未真正面對民意的立法機構第一次被選票取代。這個過程相當於把國民黨體制的"老骨架"徹底拆掉，讓台灣的民主制度有了真正的運行空間。
這一連串改革，奠定了李登輝在台灣現代史上的地位。如果說蔣經國的功勞是"解嚴"，打開了門，那麼李登輝做的就是把門徹底推開，把舊牆一塊塊拆掉。他不僅延續了蔣經國的方向，而且真正完成了制度轉型的關鍵環節。
當然，這些改革也讓他在黨內更加孤立。許多國民黨元老覺得他是在"掏空老國民黨"，逐漸把黨帶往不可預知的方向。但對台灣社會來說，李登輝已經和"民主化"緊密捆綁在一起。在這一任期，他從一個"臨時總統"真正變成了"民主先生"。
1996年：第一次總統直選
1996年，是台灣歷史上的大關口。這一年，台灣人第一次能用選票，親手選出自己的總統。對於經歷過長期威權統治的社會來說，這不僅是一場選舉，更像是一種"成年禮"。
選舉過程本身就充滿戲劇性。國民黨提名了現任總統李登輝，民進黨則派出彭明敏，另有新黨和無黨籍候選人參選。多方角逐下，台灣社會第一次感受到真正的多元競爭。但這場選舉並不僅僅是島內的民主實驗，而是被兩岸關係推上了國際舞台。
1995年，李登輝赴美康奈爾大學發表演講，強調"台灣經驗"，引起北京強烈不滿。大陸視之為"台獨信號"，隨即在1995年底到1996年初，對台灣周邊進行大規模飛彈試射和實彈演習，企圖用武力威嚇台灣選民。台海一度山雨欲來，民眾心中也瀰漫著緊張氣氛。
然而，效果卻和預期完全相反。解放軍的飛彈沒有嚇倒台灣人，反而激起了"票投李登輝"的團結心理。那一刻，很多台灣人第一次真切地體會到：我們必須靠自己守護手中的選票。更重要的是，美國直接派出兩個航母戰鬥群駛入台灣附近海域，對大陸形成震懾。台海危機在緊張之餘，也讓台灣民眾看到，美國在關鍵時刻會出手，這種安全感在政治心理上極其重要。
最終，李登輝高票當選，成為台灣第一位民選總統。他在勝選演說中強調："今天，台灣人民用選票告訴世界，我們要走自己的路。"這句話，既是對島內的宣告，也是對大陸的回應。
1996年的選舉意義，不僅僅在於一張張選票，更在於整個社會心態的轉變。幾十年來，台灣人第一次用實際行動證明：最高領導人不再是"指定"，而是"選出"；未來的權力更替，不必靠政變或接班人，而是靠公民投票。這在華人世界是前所未有的突破。
對於李登輝個人而言，1996年選舉讓他徹底擺脫了"繼任者"的影子。他不再只是蔣經國扶上來的接班人，而是擁有民意授權的領導人。從此，他的執政風格更加自信，甚至帶有一點強硬。他開始不滿足於僅僅是"民主化的完成者"，而要成為"台灣主體性的代言人"。這也為他第二任期的"去中國化"以及"兩國論"埋下了伏筆。
第二任期：爭議與兩國論
如果說第一任期的李登輝，是"改革者""民主化推手"，那麼1996年高票連任之後，他已經不滿足於做"制度的守護人"。有了民意授權，他開始塑造屬於自己的政治遺產：強調台灣的主體性，推動去中國化，乃至在兩岸關係上拋出震撼彈。
最著名的就是1999年提出的"特殊的國與國關係"，即後來常被稱為的"兩國論"。李登輝在接受德國之聲專訪時公開表示，兩岸關係不是"國共內戰的延續"，而是"國家對國家的關係，至少是特殊的國與國關係"。這句話在島內引發極大震動，支持者認為這是順應現實：畢竟自1949年以來，兩岸早已各自發展為不同的政治體制；反對者則批評他是在挑釁大陸，甚至為台海埋下更大的危機。北京方面則憤怒回應，指控他是"台獨教父"，中斷兩岸對話，並加緊對台軍事部署。
在島內，李登輝也沒有閒著。他推動教育和文化的本土化改革，強化台灣主體意識：課本改寫，不再以"中國史"為主幹，而是強調"台灣史"；官方用語逐漸減少"中華民國"的存在感，而更多出現"台灣"的字眼。對許多年輕人來說，這是第一次在課堂上聽到"我們是台灣人"，而不只是"我們是中國人"。這種認同的轉換，成為他最深遠的政治遺產之一。
與此同時，國民黨內部的矛盾也在惡化。李登輝為了掌握權力，不斷提拔本省籍幹部，邊緣化外省派元老，引發黨內分裂。部分不滿他的元老與年輕人組成"新黨"，公開和他唱反調。雖然他在黨內鬥爭中一度占上風，但國民黨的團結早已被他親手拆散。也因此，2000年大選時，國民黨分裂成李登輝支持的連戰、宋楚瑜的親民黨兩股力量，最後讓民進黨的陳水扁漁翁得利。
第二任期的李登輝，是個充滿矛盾的形象。一方面，他推動台灣完成民主轉型，強化了台灣社會的主體意識；另一方面，他的兩國論讓兩岸關係陷入長期緊繃，他在黨內的鬥爭手段也讓國民黨元氣大傷。支持者稱他是"台灣民主之父"，反對者罵他是"國民黨的掘墓人"。
回頭看，他在第二任期做的事情，幾乎決定了此後20年的台灣政治走向：島內政治認同往"台灣化"傾斜；兩岸關係因"兩國論"再難回到"一中各表"的軌道；國民黨從此失去執政的壟斷地位。
2000年：第一次政黨輪替
2000年的總統大選，是台灣政治史上的關鍵時刻。候選人有三組：國民黨的連戰、民進黨的陳水扁，以及脫黨參選的宋楚瑜。三強鼎立的格局，最後竟然讓陳水扁以不到40%的得票率當選。這意味著國民黨喪失了自1949年遷台以來長達半個世紀的執政權。
這場大選的背景，是國民黨內部的撕裂。宋楚瑜原本是省長，民望極高，按許多分析，他如果代表國民黨參選，幾乎穩勝。但由於與黨內元老不合，宋被拒之門外，憤而以無黨籍身份參選。結果，宋和連戰瓜分了大多數"泛藍選民"的票源，反而讓陳水扁得以漁翁得利。表面上，這是一次選舉格局的偶然；但深層次看，這是李登輝執政後遺症的集中爆發。
李登輝在國民黨內部扶植本省籍幹部、邊緣化外省派元老的路線，早就讓黨內矛盾激化。宋楚瑜的出走，只是壓垮駱駝的最後一根稻草。更敏感的是，坊間普遍流傳李登輝暗中對連戰"放冷風"，甚至有人指控他默許宋楚瑜分裂國民黨，以便讓陳水扁上台。理由也不難理解：李登輝早已不滿足於國民黨傳統的"中國黨"定位，而希望推動台灣本土化。在這個意義上，民進黨的勝利與他的政治理念並不矛盾。
無論傳言真假，結果就是國民黨失去了政權。黨內一片譁然，許多人認為這是李登輝"自毀長城"。事後，李登輝被迫辭去國民黨主席，最終徹底脫離國民黨。對藍營支持者來說，他成了"國民黨的掘墓人"；但對許多台灣社會大眾而言，他是那個讓台灣第一次完成政黨輪替的人。
