冀朝鼎回國後在「平準基金委員會」任職，這個基金會用美國提供的外匯來穩定國民政府貨幣。冀朝鼎任秘書長，陳光甫任主任。結果由於孔祥熙的推動和美國方面的認可，冀朝鼎最終主導了擁有一億美元基金的平準基金會。
1944年，孔祥熙任命冀朝鼎為中央銀行外匯管理委員會主任，並帶他參加了創立國際貨幣基金組織和世界銀行的會議。由於法幣與外匯具有密切的關聯，領導外匯核心部門的冀朝鼎，開始對國民政府的貨幣政策具有相當重要的發言權。他逐漸成為國民政府最重要、最信任的經濟學家。根據拉脫摩爾的回憶錄，蔣介石並非不了解冀朝鼎的馬克思主義背景。他解釋說，蔣介石設想，抗戰結束後中國將依賴美國，因此迫切需要了解資本主義的經濟專家。
1946年，內戰爆發。周恩來在撤回延安前通過鄧穎超給冀朝鼎留了一封書信。信上說：茲際時局嚴重，國運益艱，尤需兄大展才能之時，深望能做更多貢獻。冀朝鼎後來告訴廖訓振，這封信給他以很大的鼓勵和安慰。
陳立夫對於冀朝鼎在內戰期間的作為充滿憤怒。他在回憶錄中說，抗戰期間就知道冀朝鼎和共產黨有關係，但是孔祥熙和後來任行政院長的宋子文都很信任冀。廖訓振告訴記者，陳立夫負責的中統曾告知孔祥熙，冀朝鼎是共產黨。一天凌晨2點，孔祥熙把冀朝鼎叫到住處當面質問，冀朝鼎從容應答：「老伯，我跟隨您這麼多年，您看我像不像共產黨。」孔祥熙沉吟許久，說：「我看不像。」
陳立夫認為，宋子文一直國外，「中文程度差，平日均用英文。冀朝鼎這個人英文不錯，可能投其所好。孔、宋兩人都因冀很能幹，結果冀為共產黨在我方財政方針任設計工作。他專門替孔、宋出壞主意，都是損害國家和損害政府信用的壞主意」。他舉例說，抗戰結束後，宋子文主政的財政部提出以200元偽幣兌換1元法幣。結果國民政府盡收淪陷區的財富，卻盡失人心。
陳立夫認為，這些政策是「經過中央會議決定的，竟把我們趕出大陸了。因為那時老百姓對我們失望極了，心想換一個政府看看，或許還有希望，這種心理就幫助了共產黨成功。」
後來國民政府發行黃金儲蓄券，因財力緊張，宋子文就提出按六折還本。陳立夫一再反對，並提出用第二期增發來全額贖回第一期。「但蔣公太相信宋了，他總認為宋是財經專家。」宋說沒有其他辦法就沒有其他辦法，「從此乃使政府金融信用掃地」。後來國民政府又發行過美元儲蓄券，到期後應以美元贖回，宋子文卻不予兌現。根據陳立夫講述，「這都是冀朝鼎替宋出的壞主意」。
陳立夫將內戰時期國民政府控制通脹失利歸罪於冀朝鼎，但他沒有提到，冀朝鼎對國民政府金融政策的建議，正是因為切合了執政者的心態才得以施行。抗戰勝利後，民族資本家們紛紛要求拿回被日偽侵占的實業資產，但國民政府以大興國營事業之名，將接收的龐大敵偽資產改組為一系列全國性或區域性的工業壟斷組織，如中國紡織建設公司、中國石油公司等等。官僚資本以國營面目得以形成壟斷。宋子文控制的中國紡織建設公司，接收了112個紡織行業企業；孔祥熙則控制了中國糧食工業公司，幾乎完全壟斷了糧食市場和麵粉市場。
著名民族資本家榮德生上書國民政府：「日本紗廠接收後，全部改成國營，亦是與民爭利，以後民營紗廠恐更將不易為也。」
榮德生一語中的，「與民爭利」，切中要害。這樣，過去由江浙財閥支持的國民政府，一躍而控制國家全部資產的近90%。南京不僅通過戰爭整合了地方政府和軍隊，也終於有實力從經濟角度去統一割據。
到國民政府統治末期，冀朝鼎參與了號稱世界最大幣改的金圓券改革。按照設計，國民政府用金圓券強制收兌法幣、特別是金銀及外幣。「與民爭利」達到了瘋狂的地步。著名美國學者費正清後來分析說，當時最反共的城市上層中產階級，手中剩下的少許余財被束縛在金圓券上，平民百姓對國民黨事業的最後一點支持，也同金圓券一樣化為烏有。
不過直到今天，冀朝鼎提出的促使國民政府經濟通脹的建議有多少來自西柏坡，仍然不為外人所知。1963年冀朝鼎去世後，1930年代開始從事秘密工作的中共中央調查部部長羅青長，也出現在追悼會上。羅青長對冀朝鼎評價：冀朝鼎在40年代初受命回國，他建議國民黨政府發行金圓券，使其爆發了更為嚴重的經濟危機，導致經濟崩潰，加速了國民黨統治的覆滅。
