1976年粉碎四人幫後，如何清算四人幫，如何評價毛澤東在文革中的所作所作，以及其與四人幫的關係，林彪問題如何評價等等，成為擺在中共面前天大的難題。最終，在鄧小平的拍板下問題得以定性，林彪的問題要重新審理，揭批四人幫必須聯繫林彪;起訴書中不能涉及毛澤東、周恩來的錯誤。在中紀委審查完畢後，兩案移交最高法院、解放軍軍事法院審理，這是中共黨內鬥爭第一次以法律形式定讞。本文摘自文史作者舒雲個人博客。
庭審四人幫現場
鄧小平復出後，以中共中央副主席、國務院副總理、中國人民解放軍總參謀長的身份，聽取各方面的匯報。中央組織部部長胡耀邦向鄧小平匯報平反冤假錯案的進度。鄧小平說：「清查『四人幫』幫派體系!」「林彪反黨集團的問題也該重新審理了，在揭批『四人幫』中必須聯繫林彪!」
1978年6月2日，鄧小平在全軍政治工作議上講話：「要把『四人幫』揭深批透，非聯繫揭批林彪不可!」「林彪、『四人幫』早就勾結在一起陰謀篡黨奪權。揭批『四人幫』，聯繫揭批林彪，正是弄清他們在『文化大革命』中的罪行。」「林彪對軍隊毒害很大，過去沒有怎麼批，被『四人幫』包庇下來。他們不批林，假批孔，把矛頭指向周總理、葉劍英副主席。揭批『四人幫』聯繫批林彪，這是順理成章的事，不存在算歷史舊帳的問題。」
鄧小平會見義大利記者奧琳埃娜·法拉奇時說：「必須承認毛主席晚年犯了錯誤，而這種錯誤屬於好人犯錯誤。而這一點必須說清楚。」1978年秋，鄧小平與陳雲談話，說：「有些事是毛澤東同志的錯誤，但關鍵問題在林彪、江青這些人起了壞作用。」「林彪、江青反革命集團揭批要劃一個段落。有些問題要用法律的問題來解決。」「林彪、江青一夥的問題弄清楚之後，黨內解決不了，就交給人民。這是公正的……」
1979年1月4日，中共中在紀律檢查委員會成立。中共十一屆三中全會決定把林彪、江青反革命集團案，交由中央紀律檢察委員會審理。陳雲召開中紀委會議，認定林彪、「四人幫」觸犯了中華人民共和國法律，黨內審查基本結束，交由司法部門處理。這是中共歷史上首次採取法律形式解決黨內矛盾。
1979年7月28日，中央「兩案」審理領導小組召開第一次會議，組長胡耀邦傳達中央指示。8月經鄧小平提議，全國「兩案」會議在京西賓館召開。鄧小平說：林彪案同「四人幫」案這兩個案子要合起來通盤考慮，處理上避免畸輕畸重。確定由解放軍總政治部成立「兩案」領導小組，負責審理林彪反革命集團案，最初決定審理十幾名。
中華人民共和國刑事訴訟法規定：「公安機關偵查案件，偵查結束後，應寫出起訴意見書，」「連同案卷材料，證據，一同移送同級人民檢察院審查決定。」為了趕時間，公檢法在中央領導下，平行作業。
1979年9月3日，中央政治局在人民大會堂聽取「兩案」審理情況的匯報。華國鋒、鄧小平、胡耀邦等指出：不要一個人一個人的判，黃吳李邱、陳伯達可以算一案，王張江姚作一案。把它作為篡黨奪權、陰謀顛覆政府的集團案來處理。按集團案把起訴書寫出來，審判時注意把他們的禍國殃民的主要罪行寫出來就行了，其它小的罪行不一定寫那麼細。
1979年9月11日，中央「兩案」審理領導小組辦公室通知總政治部，組織專人起草起訴書。根據中央公布的林彪三批罪行材料，老幹部的揭發，中紀委二辦的審查材料等，先列舉八條罪行提綱：一、打擊迫害黨政軍領導幹部;二、反軍亂軍，破壞國防建設;三、挑動武鬥，支持打砸搶，迫害群眾;四、破壞社會主義建設;五、陰謀篡奪國家主席職位;六、陰謀發動武裝政變，謀害毛主席;七、陰謀另立中央，分裂黨和國家;八、逃跑蘇聯，叛黨叛國。因第三、四條證據不足，減為六條。
1979年10月17日，根據中央「兩案」領導小組指示，林彪案主犯中增加了原空軍副參謀長王飛。10月25日，起訴書第三稿把第二條「反黨亂軍、破壞國防建設」分為兩條：「篡奪軍委、總參、總後、海軍、空軍領導權」和「製造分裂、搗亂軍隊、破壞軍隊建設」。為增加氣勢，出庭12人，包括江騰蛟、胡萍、王維國、陳勵耘、周建平、李偉信等。
20天中起訴書五次大修改，從出庭108人，遞減到80人、60人、40人、20人，最後經中紀委副書記、「兩案」領導小組副組長王鶴壽建議，彭真同意，最後特別法庭審十人，其餘由地方法院和軍事法院審判。
總政治部審判林彪案進入司法程序，總政保衛部成立預審組，取證組，起訴組。起訴書14稿，林彪案罪行由8條到10條，再到5條：一、誣陷迫害軍隊領導人，篡奪軍權;二、誣陷迫害老一輩革命家、陰謀篡奪國家領導權;三、陰謀發動武裝政變;四另立中央;五、外逃叛國。
1980年3月30日，全軍「兩案」審判工作會議召開，要求4月底以前寫好起訴書。法庭擬用中華人民共和國最高法院特別軍事法庭。
1980年夏，中央成立彭真為首的「兩案」審判指導委員會。「兩案」起訴書修改了20稿，從60條，減到55條，50條，48條。
1980年8月，全國人民代表大會常務委員會宣布：對林彪、「四人幫」進行審判。原訂6、7月審判，一推再推，9月4日，中央書記處制訂新的審判方案。
1980年9月8日下午3時，人民大會堂福建廳，華國鋒、鄧小平、李先念、胡耀邦及趙紫陽聽取匯報。9月8日，彭真向中央政治局報告：十名主犯確定，一案是黃吳李邱加江騰蛟，一案是王張江姚加陳伯達。列入起訴書的罪行都不涉及毛、周和中央其他領導同志的過錯。彭真主張「一案起訴，分庭審理」。黃吳李邱江由軍人組成的第二審判庭，這幾個人一定要審，判刑可以輕一點，他們同江青不一樣，歷史上還做過一點好事，打過仗。時間上一定要抓緊，9、10月開庭。彭真說：自上次中央書記處會議之後，一直比較猶豫，但在前不久研究了這一稿起訴書時突然下了決心，公開審判好，罪行證據都公布。通過這一的工作，證據完全能站得住腳。鄧小平第一句話說：「這個起訴書可以用了。」「起訴書的內容不能涉及毛主席、周總理的錯誤，這一點要特別慎重。」成立特別法庭，一審終審。
鄧小平說：「一案起訴，兩庭審理，可能簡單一點。」
審判委員會同時匯報了未寫進起訴書的13件大事：
對劉少奇同志的定案問題;
文藝黑線專政;
上海一月奪權;
二月逆流;
七二○事件;
文攻武衛問題;
楊、余、傅事件;
軍委辦事組代替軍委常委問題;
中央文革小組代替中央書記處問題;
誣衊周總理所謂「十一次路線鬥爭代表」的問題;
1976年誣陷迫害鄧小平同志的一些問題;
天安門事件問題;
向維特克泄密問題。
1980年11月20日，北京正義路中華人民共和國最高法院特別法庭開庭。經過42次法庭調查、辨論，有49名證人和被害人出庭作證，對各種證據873件進行了審查。如江騰蛟謀害毛主席、策動反革命政變，法庭調查出示書證、物證13件，宣讀證詞23件，7名證人出庭作證。
特別法院判決書經過26稿修改，以少數服從多數通過。1981年1月23日16時，特別法庭舉行判決書籤字儀式，歷時77天的「兩案」審判結束。