林彪(左)與李作鵬(網絡圖片)
1980年的「兩案」審理時，李作鵬一項罪名是「放跑了林彪的座機」。1980年特別法庭的副庭長伍修權說：「李作鵬的要害問題是他在『九一三事件』中放跑了林彪的座機。『九一三』前夕，周恩來察覺林彪活動反常，因為那飛機所在的北戴河機場歸海軍管，就親自打電話給李作鵬，命令那架飛機必須有周恩來本人和黃永勝、吳法憲、李作鵬『四個人一起下命令才能起飛』，實際上把放飛這架飛機的權力抓到他自己手上，未經他批准的命令都是無效的。周恩來的這個指示，本來是很清楚的，可是李作鵬卻篡改為四人中的『一個首長指示放飛』就可以了。當林彪爬上飛機就要發動起飛時，機場向李作鵬請示，他又不下令阻止，卻讓機場『直接報告請示周恩來』，下面的人怎麼能直接找到周請示呢?這完全是李作鵬為拖延時間放跑林彪而搞的鬼。」(伍修權《伍修權回憶錄》，中國青年出版社，2009年版，頁333-334)
9月12日晚，北戴河發生意外情況時，遠在北京的李作鵬對此一無所知。周恩來在晚11時給李作鵬打來電話，要求李作鵬查詢是否有一架空軍飛機停留在山海關機場。李作鵬當即打電話到機場，機場的調度值班主任李萬香證實確有空軍三叉戟飛機在當晚8時15分降落在該機場。李作鵬隨即向周恩來作了匯報。周恩來當即指示「第一、北戴河那位(李一聽就明白是指林彪)可能要動，要飛夜航，夜航很不安全，不宜飛夜航。第二、他要飛夜航，你就告訴山海關機場，待他到達機場後，請他給我來個電話。第三、空軍那架飛機的行動，要聽北京我的指示、黃總長的指示、吳副總長的指示和你的指示才能放飛。第四、我已告訴吳法憲到西郊機場去了，作必要準備。」李作鵬和夫人董其采核對後，還向周恩來復誦了一遍。復誦時用的是董其采的記錄稿，周恩來肯定地回答「那就這樣吧」。(頁693-694)
李作鵬在11時35分向山海關機場調度室主任李萬香傳達的周恩來的前三條命令，隨後李作鵬又補充一句：「四個首長中，其中任何一個首長指示均可放飛。」此後不久，李作鵬感到自己對「四個首長中，其中任何一個首長指示均可放飛」的話不夠準確。李作鵬認為，雖然周恩來或黃永勝完全可以決定是否放飛，但又想到周恩來電話指示的第四點，即吳法憲已受命到達西郊機場，空軍直接領導的中央首長專機師和指揮系統都在西郊機場，而且山海關機場那架飛機是屬於空軍專機師的，機組人員也是空軍的，如果吳法憲不知道總理「夜航很不安全，不宜飛夜航」的指示，他可以隨時直接調動飛機。這樣就不能保證總理指示的落實。
於是，李作鵬在9月13日0時6分再次致電山海關機場，李指示說：「空軍那架三叉戟飛機要經北京周總理、黃總長、吳副總長和我四人聯合指示才能放飛，如果其中一個首長指示放飛，不管是誰的指示要報告我，你們要切實負責。」0時20分山海關機場站長潘浩打電話給李作鵬，李作鵬再次重複了此前下達的命令。潘站長突然在電話中又請示：「如果飛機要強行起飛怎麼辦?」李作鵬認為此事不可能發生，且李作鵬並未被周恩來授權阻止飛機強行起飛，李回答說：「可以直接報告周總理。」機場的站長能否直接找到周恩來，李作鵬說：「當時，山海關機場是海軍航空兵第5師所管轄的戰備值班機場。機場作戰值班電話與海軍通信總站有專用線路，而通信總站與軍委一號台也有直通線路，因此山海關機場作戰值班電話具備和軍委一號台、和總理直接通話的條件。當晚，總理對我的電話指示第二條(『他要飛夜航，你就告訴山海關機場，待他到達機場後，請他給我來個電話』)就說明機場與總理的通話條件是具備的。」(頁694-696)
9月13日晚，李作鵬和秘書劉繼祥整理與山海關機場之間的通話記錄，李作鵬發現場站與李第二次通話的記錄有誤，經過校對修改，確認了通話記錄，並報周恩來。李作鵬回憶說：「我認為這個文件(指《山海關機場九月十二、十三日情況報告》)是在『九一三』事件中，反映山海關機場場站情況最真實、最全面、最準確，並經總理在第一時間圈閱同意，一字未改的最權威的文件。我十分清楚的記得，在這個文件中，就如實地記有：第一，總理電話指示的前三條，其中第三點指示中，沒有『四個人一起下命令才能起飛』的話;第二，我第一次(23點35分)向山海關機場傳達周總理指示時曾補充說到的：『四個首長中其中任何一個首長指示均可放飛』;第三，我與山海關場站值班員(0點06分)通電話時強調：『要四個首長聯合指示才能放飛，如果其中一個首長指示放飛，不管誰的指示要報告李政委。你們要負責任。』這關鍵的三個情況都有如實記載。我當時閱讀這個文件時就意識到自己前後說法不一致，但我沒有做任何修改，因為事實經過就是如此。」(頁701-702)
實事求是地說，李作鵬當時根本不知道北戴河發生的緊急情況，沒有放跑林彪座機的動機，林彪的座機是強行起飛，不僅中央沒有人同意放飛林彪座機，機場值班室也沒有任何人同意或指示放飛，同樣也沒有任何人能當場阻止該機的強行起飛。李作鵬向機場調度主任和站長完整地傳達了周恩來的指示，不存在隱瞞周恩來指示的動機。
李作鵬認為：「周恩來是領導處理此事件的總指揮，他的指示是否得當?他的措施是否有效?對於最後發生的不可挽回的後果，他應負什麼責任?退一步說，包括周恩來在內的所有當事人都不能力勸林彪不夜航，都不能阻止專車，都不能阻止專機強行起飛的話，怎麼把『致使林彪得以乘飛機叛逃」的罪名強加在我的頭上呢?』」「周總理的人品我歷來是敬佩的，但是，對這樣一件驚天大事的處理，是失誤的。他在掌握了大量情報的前提下，不是同林彪『叛逃』做堅決鬥爭，而是出於自保的需要，在猶豫和權衡個人利弊之間，錯過了最佳攔截時間和最佳方案，同時還找了一個墊背的，把我當作替罪羊。」(頁792)惟筆者認為，周恩來只不過是前台處理危機的指揮者，而毛澤東才是真正的幕後決策人，周恩來不過就是在前台一步步完成了毛澤東的部署罷了。
將「放跑林彪座機」的罪名放到李作鵬頭上，其實就是官方的一個瞞天過海之策。事實上，當時沒有任何一個中央領導人同意或指示「放飛」了林彪的座機。山海關機場的跑道燈沒有打開，機場調度室也沒有發出起飛指令，256號三叉戟飛機是在黑夜中強行起飛的。如果認真追究責任的話，8341部隊在汪東興、張耀祠的指揮下故意放棄了護衛林彪的責任，不僅聽任林彪一行在自己的眼皮子底下出走，甚至還要求林豆豆等人也一起上飛機，事後8341部隊竟然沒有受到任何責難，「中央」也沒有追究汪東興、張耀祠、張宏等人的責任，卻把「放跑林彪座機」的責任推給遠在北京並不了解情況的李作鵬。
林彪座機飛抵中蒙邊界時，吳法憲曾請示周恩來是否派殲擊機予以攔截，周恩來請示毛澤東後，毛說了一句：「林彪還是我們黨中央的副主席呀。『天要下雨，娘要嫁人』，不要阻攔，讓他飛吧!」由此可見，是毛澤東最終「放跑」了林彪的座機。也許有人會說，林彪那時已經飛上了天，毛澤東不放也不行了。但是，實際情況是，他們從一開始時就沒打算攔阻林彪一行，從汪東興、張耀祠等人的行為即可看出這一點，沒有得到「中央」的指示，他們豈能擅自行動，而「中央」者非毛莫屬。