南水北調東線一期工程於2013年11月15日—12月10日正式通水。該工程總投資500多億元，從江蘇省揚州市江都區取長江水，通過大運河將水輸送到山東，供水範圍涉及江蘇、安徽、山東3省71個縣(市、區)，直接受益人口約1億人。
然而，供水範圍內的多位地方政府人士表示，水價問題是南水北調東線一期工程亟待解決的難題。儘管水價並未最後敲定，但初步測算出來的高水價已經在江蘇、山東引起了很大反響，讓地方政府感到頭疼。
多個城市不需要「南水北調」？
據了解，南水北調東線一期工程每年抽江水量為36.01億立方米，據測算，江蘇、山東、安徽3省多年平均供水量分別為19.25億立方米、13.53億立方米、3.23億立方米。
根據國家發改委初步測算，南水北調江蘇、山東境內平均水價(俗稱「工程水源費」)，均高於當地的水源費。山東省南水北調工程建設管理局副局長羅輝表示，要將江水送達用戶，還需要建設配套工程和進入城市供水管網工程，並計入相應的供水成本費用。因此終端用戶的成本會很高。
南水北調高水價問題已經在一定程度上影響了調水城市的調水量。據悉，在山東上報水利部的2014年調水計劃中，僅有濟南、棗莊、青島、濰坊、淄博5個城市上報了調水計劃，總計7750萬立方米，而按照原定規劃，這5個城市承諾多年平均調水總量應為5.12億立方米。此外，濟寧、菏澤、濱州、東營等8個城市原定的多年平均計劃調水量總計9.55億立方米左右，但目前均無調水安排。
對此，羅輝向記者解釋了原因所在：一是配套工程的投資及征地問題主要由地方政府負責，而地方受制於財力，建設進度滿足不了消納幹線工程水的能力;二是東線工程2002年底開工後，山東連續10多年處於平水年或豐水年，用水需求不很迫切;三是由於調入水比當地水的價格高，消化起來需要動用很多政策資源，因此，南水北調的水有可能會被視為後備戰略水源。即便如此，南水北調的高水價還需要做大量的消化工作。由此不難理解，在2013年山東正式調入的3400萬立方米長江水中，為何只有1002萬立方米成功地抵達淄博市民的家庭了。
據江蘇省南水北調辦公室副主任張勁松透露，江蘇的揚州、淮安、宿遷等7城市已經按原定計劃上報了2014年度調水量，但很可能有一部分會調入調蓄水庫，因而並不等於新增供水量全部會到達終端用戶，另外，從實際情況來看，江蘇每年的水情豐枯不一，因而也不是每年都需要19.25億立方米的新增供水。
南水北調東線江蘇水源公司調度信息中心主任吳學春告訴《中國經濟周刊》，相比江蘇、山東而言，安徽的經濟比較弱，同時用水量較少，而且南水北調的一部分水源也來自淮河，所以安徽使用這部分南水北調的水無需交費。
不管用不用水，江蘇、山東每年或交10多億基本水費
南水北調工程水源費按「兩部制」方式劃分為基本水價和計量水價兩部分，基本水價用於運行管理費用和工程基本維護費、工程建設投資還貸等，不管用不用水都需要付費;而計量水價則按補償基本水價以外的抽水電費、材料費等其他成本、費用的原則核定，計量水價按實際使用繳納。南水北調的工程水源費將由南水北調的營運管理單位收取。
張勁松告訴《中國經濟周刊》，國家發改委根據江蘇新增供水量，初步測算南水北調江蘇段平均水價為0.41元/立方米，其中基本水價0.18元/立方米、計量水價0.23元/立方米。那麼江蘇每年必須繳的南水北調的基本水費為3.465億元，計量水費按實際使用上繳。
這個價格比江蘇目前的水資源費要高。根據江蘇省水利廳發布的《江蘇省水資源公報》，2012年農田灌溉、工業、居民生活分別占該省用水消耗總量的72.9%、5.1%、4.9%，其中農業水資源費暫免徵收，工業用水、居民生活用水的水資源費為0.2元/立方米。從水源結構來看也是如此。據資料顯示，江蘇2012年地表水的水資源費徵收標準為0.2元/立方米，地下水的水資源費最低徵收標準為0.48元/立方米，整體平均下來要低於0.41元/立方米。
南水北調東線一期工程是江蘇省既有的「江水北調工程」擴大規模並向北延伸的升級版，此前江水北調每年抽的水是免水源費的。不過，張勁松表示，不必對「0.41元/立方米」過於敏感。由於江蘇農業耗水超過該省總供水量的七成，如果完全按0.41元/立方米徵收，會增加農民的負擔。為避免這種情況，江蘇方面有兩個設想，一是將此費用攤到整個江水北調工程供水總量中去;二是更進一步攤薄，將之納入到江蘇全省的用水總量中去。如此，可能每立方米水的工程水源費就幾分錢。當然，截至目前，上述設想尚在研究中。
山東省也同樣遇到南水北調水價比當地水貴的情況。
