乾旱的影響已經擴散到中國的整個西南邊境，中國稱為瀾滄江的湄公河亦面對近年來的最低水位，多個水域深度不到1米，令湄公河下游流域超過6千萬依靠這條河流的居民大受影響。

其中盛產稻米的越南及泰國，自去年9月以來降雨量大減，估計水稻產量將減產三分之一。泰國有超過400萬人的生活受到影響。由於湄公河水位偏低，瀾滄江的西雙版納段，湄公河流經泰國境內清萊府的某些河段，緬甸北部湄公河段等，都出現船隻要停航的情況。低水位亦會影響漁業，特別是瀕危物種如湄公河的大鲶魚，因為鲶魚通常會在三、四月間游弋至湄公河上游產卵。

湄公河下游的國家包括泰國、寮國等把湄公河水位下降，歸咎中國在上游地區建造水電站，導致河流乾枯。不過，中國駐泰國大使館的官員反駁，整個湄公河流域普遍遭遇旱情，中國也是受災國，目前湄公河水位下降是泰北和寮國的乾旱所致。他們又指，中國已完成的四個水壩規模較小，蓄水量不會對下游造成影響。

長期研究湄公河生態環境的香港民間組織，全球化監察研究統籌主任李育成表示，湄公河的水位現時可說是近30年的新低，對下游的居民影響較嚴重，他認為主要是由於氣候變化所致。他説：水位可說是歷史新低，如果情況持續下去，可能導致某些分流乾涸，其實湄公河下游國家，跟中國一樣，出現旱災，我相信這明顯與氣候變化有直接關是，受到聖嬰現象的影響。

不過，李育成相信水壩工程對湄公河的生態環境有一定的影響，但由於中國發展水電工程的過程中，相關的信息欠缺透明度，難以科學化地評估所造成的影響。他説：以我們的觀察，很難排除兩者的關係，因為中共政府未能把相關的信息，特別是瀾滄江上四個水壩的水文信息向外透露，有說法指中國可能擔心涉及國家安全及國家機密，因此不願分享這些信息。

李育成表示現時中國於上游地區已建成的水壩工程有漫灣、大潮山、景洪及小灣，除了小灣目前是局部運作外，其餘三個已全面運作。他建議中共政府向湄公河流域一帶的國家，披露更多相關的資料，共同就水壩工程的影響進行研究。他説：水資源是上下游應共同享有，因此我們認為中共政府應該增加其透明度，向下游國家披露，特別是這四個大壩的水流下泄的流量、水位等資料。

李育成又透露，除了這四個水壩，中國正計劃在上游地區再建造另外11個水壩工程，除了其中一個處於中緬邊境的水壩較具爭議，暫時未能落實外，政府預計會在未來十年，陸續落成10個水壩工程。