長野縣輕井澤町的道祖神
1854年美國佩里將軍的艦隊在神奈川下田停泊期間，看到了當地人各種奇怪的風俗。在給美國國會提交的《佩里艦隊日本遠征記》中記錄了「下田公眾浴場」男女混浴的石版畫，指出日本民族是不知羞恥、放蕩的民族。混浴風俗引起艦隊士官們的嫌惡感，此後日本人混浴風俗在西方傳開。圖繪是大浴場男女裸體混浴的場面。錢湯(浴池)的男女大浴房之間，懸掛有遮掩男女兩界的隔板，隔板距地面留有一個稱作「石榴口」的大開口，蒸汽從大開口通過，瀰漫男女兩界。可是在霧氣騰騰渾濁的蒸汽環境中，不良裸人會穿越石榴口闖入彼界，渾水摸魚擾亂風紀。
日本人的性風俗曾經讓初登島國的西洋人驚嘆，傳教士曾經留下輕蔑鄙視的感想，「大街上婦人們不掩蓋自己的前胸，步行中會露出腿臀。男人們的前部僅掩蓋半面，堂而皇之地行走在街上。」「日本是我所見異教國中最淫靡之國。」「由於日本人的和服輕快寬大，裡面沒有內衣，平常就赤裸地套在身體上，很容易露出身體。」從西洋人文明的視角來看，日本是野蠻的未開化土族，需要接受文明世界的文化洗禮，才能成為文明的國家。
日本傳統的「性」自由化從明治維新以後，開始受到政府的全面干涉。為了給西洋人留下文明社會的良好印象，明治四年(1871)政府發布《裸體禁止令》，嚴厲取締裸體風俗。明治五年(1872)東京府實施《違式注違條例》，禁止室外裸體暴露和販賣淫穢物。條例公布後給警察帶來了繁重的任務，到處強制撤去店鋪和民家懸掛的、象徵男性器的「金精神」偶像。政府的反對意見認為：「如果說不能裸脫暴露肌體，那麼尊貴的釋迦牟尼的裸肌，又該如何解釋呢?」「日本人的裸體和性，沒有直接的聯繫，暴露身體並非企圖喚起性的興奮。」公開為本國裸露文化辯護。日本人無顧忌的裸露文化成為外國人好奇和輕蔑的對象，使日本人萌發出對裸體的羞恥心，裸體觀開始發生變化。從1869年至1875年，政府連續發布《混浴禁止令》，禁止年齡12歲以上的男女混浴。
日本傳統性的裸露文化，是愛知縣尾張小牧市田縣神社有1500年歷史的「豐年祭」。明治以降，「豐年祭」作為日本的傳統文化受到重視，每年三月十五日舉行祭奠。祭日最令人歡呼矚目的活動，是眾人抬著一尊裝載巨型木雕男根的神櫃巡遊，櫃內巨型男根長2.5米，直徑50~60厘米，以200~250年樹齡的高價木曾絲柏，精密雕刻製作而成。對巨型男根的祭奠，象徵五穀豐登、萬物育成、子孫繁榮的祈願。十餘名虔誠的男子將巨根神櫃擔在肩上，伴著洪亮的號子，在男女老少狂熱人群的簇擁下，堂皇巡遊在大街鬧市之間。明治初期，田縣神社「豐年祭」的巨型男根上配有雌性神偶，明治十八年(1885)因風俗管制的原因，雌性神偶人形和巨型男根分離，只留下巨型男根木雕。田縣神社附近的大縣神社還供奉母性象徵的守護神「玉姬命」，是戀愛、育子、安產的神。年輕情侶、中年夫婦、盼子盼孫的男女，在這裡祈禱許願。
日本是保留性崇拜風俗的國家，三大性守護神——「雙體道祖神」、「金精大明神」、「金魔羅神」，主導了日本性器崇拜的信仰。日本古代對男根崇拜超過對女陰的崇拜，多種多樣的男根性神偶像，是男女信徒們瘋狂的信仰物。
「雙體道祖神」是陰陽雙體外形相交的石神，多設置在路旁或十字路口鎮邪扶正，具有威震祛邪的魔力，能抵禦外來邪惡和疾病，保護旅人的安全。雙體道祖神對凡人寬宏慈祥，人們祈禱祂為民招福、除災、五穀豐登、結緣、夫婦和睦、安產、多產、子孫繁榮、疾病快愈。江戶末期，當歐美人登上這個封閉了250年的島國時，被許多奇異的現象迷惑。在道路、十字路口、田地間、橋欄杆上，經常能看到豎立塗布紅色的木刻柱或石雕的男根造型物。當時，這些「雙體道祖神」的石像，是為了告誡諸藩參勤交代路過的武士，阻止梅毒性病在江戶傳播而設立的守護神。
「金精大明神」起源於十六世紀初，神體是用金屬、石材、木材做成的男根，屬於男根信仰的神。金精男根神外表金色耀目，能保佑五穀豐登、結緣、安產、防治性病。江戶時代娼家的神棚上都供奉金精大明神，以求好運、生意興隆。「金精大明神」傳說是鐵挺陰莖、腎強陽壯的性神，信奉此神陽根無病者精力補足，陽根萎靡者充精壯勢。
「金魔羅神」是金山神社的神，分布在日本全國各地，是保佑結緣、安產、除厄運、醫治性病的神。每年一月二十八日山梨縣北巨摩郡雙葉町金剛地，舉行例年一度的祭典。金魔羅神擁有一副巨大的男根，祭日中，信奉者用麵粉做成男根女陰形狀的大餅，在儀式中進行陰陽交合祈禱神靈保佑。
日本人性器崇拜的起源和古代農耕稻作的背景有關。七世紀後半葉，大和朝廷每年陰曆二月四日舉辦「祈稔祭」，祈禱五穀豐登。當時一些農家男女在稻田間特意安排交合性事，他們相信在稻田間的性事會感應稻穀孕穗，促進大地的生產能力，祈禱豐收多產的祭典因此和性關係發生了關聯。農家到了插秧的季節，會請來漂亮的處女，面向田神舉行插秧開奠儀式。姑娘唱著田神情愛的民歌，農家哼著男女交歡的小調，祈禱五穀豐登。祈禱五穀豐登的祭典逐漸成為一種娛樂形式在民間信仰中展開。
愛知縣西尾市熱池的八幡社，每年一月三日舉行御田植祭。祭日裡，信奉者三人身穿紅色和服，臀股後部懸掛一具用大蘿蔔雕刻的男根，隨著鼓點跳躍旋轉，緩緩向神社方向移動。到達神社後，神職寺人宣讀祝詞三唱萬歲，全體合唱田植歌。信奉者身上佩戴的蘿蔔男根，據說是祭典儀式中最神聖的崇拜物。男根埋在田地里，可防禦蝗蟲毀壞稻穀;男根祭放在家中，可防雷擊損害房屋;男根做成菜餚食下，可治瘧疾不患夏病。
日本人在女陰崇拜的「神視觀」中，也流傳很多象徵女性器誇示的文化，在各地都有女陰崇拜的民俗遺蹟，如青森「石戶緣結石」、山形湯殿山「母陰神體岩」、福島「女形石」、松川「女泣石」、櫪木「撫石」、那須「御前岩」、館林「山王大權現」、奧多摩「姬石觀音」、鎌倉「政子石」、修善寺「玉門石」、三重穴川「自然女陰石」、奈良水穀神社「女陰石」、九州小倉「遷岩樣陰石」、宮崎「天岩戶洞窟」，等等。神戶附近的一間神社，在巨大的石壇上聳立一尊1.3米高的男根，旁邊豎立一具大型處女的陰門。日光湯元湖的金精岬男根祭壇，宇治山田的伊勢神宮男根女陰祭壇，橫須賀波止場的男根神社，鎌倉寺院的男根基礎石等地的性神形物，都留下許多撲朔迷離的神秘傳說。各地神社祭典的金精大明神祭壇下，擺放著很多信者的供牌，上面寫著「腰下萬病靈驗」、「長生不老」、「孕婦有效」、「母子健康平安」的祈願。在神社的祭壇箱內，還堆放很多木刻的男根，信者帶回家中擺在祭壇上。據說其神力可以治癒性病，解除陽痿陰冷的痛苦。
在日本人性崇拜的世界觀里，性器作為一種信仰，能給人的精神境界增添強大的內續力;性器作為一種性愛介質，能給性行為帶來無限至上的歡愉。性器在神秘之物、魅惑之物、神聖之物的精神感覺中，激發出人類潛在意識和空想，成為男女信徒神聖的偶像。明治時代，民間神道傳承的「性」信仰文化，被解釋成褊狹、愚昧、蠱惑人心的說教，被視為低俗文化和迷信思想而遭到否定，民間流傳的很多民俗祭事也被禁止和破壞。政府強行轉換國民的精神信仰，把天皇樹立為日本人精神世界的新「神」。日本人為造就國家「神」的意識形態，中斷了太古以來日本人《古記事》、《日本書紀》、《古語拾遺》、《宣命》信仰的神典。明治維新推行民間信仰政策的結果，使民眾失去了對本民族自古以來文化和神明信仰的傳承，一代新概念的天皇之神誕生。
