又如，在國慶節安排黨和國家領導人在天安門城樓上排列位置的問題上，周恩來也是煞費苦心。雖然劉少奇在黨內的地位已經從第二位降至第八位，但仍然是國家主席。周覺得「十一」既然是國慶日，國家主帝就應該排在顯要的位置上，但這樣一來，就不能按照八屆十一中全會確定的中央常委的排列次序，在中央文革那裡肯定通不過。經過再三考慮，他最後擬定了這樣一個方案：毛澤東居中，右邊按照常委的順序排列，左邊則按照國家領導職務排列，這樣便把劉少奇安排在毛的身邊。江青那邊對這一方案雖很不滿意，但也拿不出更好的辦法來，只好同意。
在保劉、鄧的問題上，周恩來當時並不是孤軍作戰，在中央常委中，陶鑄也持同樣的態度，而且表現得更加率直和大膽。比如，陶鑄在審查國慶節新聞照片時，發現其中缺少鄧小平的鏡頭。他認為鄧雖然犯了路線錯誤，但仍是八屆十一中全會選出來的中央政治局常委。為了補救這一點，陶鑄決定讓新華社對新聞照片做了技術處理，將一幀照片中陳毅的頭像抹去，而把鄧在另一張照片上的頭像移過來見報發表，這就是後來鬧成軒然大波的「換頭術」事件的由來，成了陶鑄作為「中國最大的保皇派」的罪名之一。
周恩來之所以在這段期間曾多次出面保劉少奇，應該說，主要還不是出於對劉個人的格外關照，而是他清楚批劉調子的升級是一種政治信號，意味著運動規模的擴大和亂局的加劇，這是他所不願意看到的。不過，來自中央文革方面的警告，他也不能置之不理，而是小心行事，儘量揣摩毛澤東的意圖，拿毛來作擋箭牌，利用毛在表面上與江青之間對劉少奇的態度存在的某些差別，從中做點文章。這就是周比陶鑄更加老到圓滑之處。
比如，還在中央工作會議期間，周恩來得知哈爾濱工業大學紅衛兵準備到天安門去貼「打倒劉少奇」的大字報後，便連夜接見他們，進行勸阻。他表示：少奇同志是政治局常委，是國家元首，不是普通的黨員，也不是普通的領導，就是撤換也不需要這樣發動群眾製造輿論。並有意點出：你們往天安門貼少奇同志的大字報，外國人就會認為是中央默認的，就會使中央處於被動地位，連主席也會被動。
十一月八日，被毛澤東稱為「全國第一張馬列主義大字報」的作者聶元梓等人又貼出炮打鄧小平的大字報，稱鄧是「黨內第二號走資本主義道路的當權派」，在國內外引起轟動。就在第二天，周恩來在會見來訪的越南黨政領導人黎筍等的談話中回答了這個問題，承認劉、鄧兩人「犯了路線錯誤」，同時表示：犯路線錯誤並不是反黨，我們還是採取團結教育的方針，希望他們改正錯誤，我們幫助他們改。此外，周恩來還藉機回應了中央文革攻擊他搞「折衷主義」的指責，說：中央決定讓我去解決清華大學的工作組問題，我去了不提劉少奇同志，也不提王光美同志，我當時應該這樣做，這是黨的決定，在這方面我們要守紀律，任何時候我們都不向群眾解釋，讓群眾責備我。可是另外也有好處。我這個人總是有一點妥協性，不可能每一句話都說得那麼尖銳、明確。「有則改之，無則加勉」。這番話既巧妙地對這件事進行了解釋，又不失分寸地承認了自己的弱點，給了江青面子，從而暫時化解了這場風波。
工交座談會上的轉向
工交座談會本來是根據周恩來的布置召開的，研究工交系統如何「抓革命、促生產」的問題，以扭轉工業生產節節下降的局面。但是，當觸犯了急於把文革這把火燒向工礦企業的毛澤東後，周馬上隨風轉舵，為了自保，並沒有出來承擔責任，聽任為他背黑鍋的陶鑄中箭落馬。
中央工作會議後，文化大革命的烈火已成燎原之勢，迅速燒向工礦企業和農村。這種局面正是毛澤東暗中期待的。更確切地說，是他有意造成的，是他在黨內遭遇重重阻力，進退維谷的情況下，希望藉此找到一條擺脫困境的出路來。當然，天機下可泄漏，毛並沒有把這張底牌公開亮出來，只是在暗中向中央文革的少數人打了招呼，要他們為此作準備。與此同時，善於玩弄權謀的毛卻在表面上敷衍渴望運動早日結束的黨內各級領導幹部，開出同意運動大體在明年過年前後結束的空頭支票。
在這個問題上，周恩來起初也不大清楚毛澤東的底牌，一直寄希望文革運動會很快結束，不過，他已經預感到局勢的嚴峻，毛在政治上可能還會有更大的動作。他在中央工作會讓上的講話中就不無憂慮地表示：會後還會出現新高潮，遇到新衝擊。在這一點上，他和黨內許多人的心情是相通的，曾對協助他在國務院抓經濟工作的余秋里、谷牧兩人說：「你們可得幫我把住經濟工作這個關啊!經濟基礎不亂，局面還能維持。經濟基礎一亂，局面就沒法收拾了。所以，經濟工作一定要緊緊抓住，生產絕不能停。生產停了，國家怎麼辦?不種田了，沒有糧食吃，人民怎麼能活下去?還鬧什麼革命?」不過應該說，周恩來比一般人更識「時務」。他已經看出文革的勢頭銳不可當，因此並不想硬頂，而是採取順守之道，伺機因勢利導，用他自己的話來說，當時的形勢是「方興末艾，欲罷不能，大勢所趨，因勢利導」。為此，他利用毛澤東在會議期間曾經過問各地「抓革命、促生產」的情況，在中央工作會議結束，就主持討論《人民日報》社論稿《再論抓革命、促生產》，強調經濟建設不能中斷的重要性，防止把文革的禍水引向生產領域。他並利用接見群眾組織的機會，反覆重申兩條：第一，工礦企業和農村不能停產鬧革命;第二，工礦企業不許成立跨行業的群眾組織。可是，隨後發生的上海「安亭事件」，把周恩來所堅守的這兩條也給衝掉了。
十一月九日，上海工人中的造反派王洪文等人在由中央文革派出的北京大專院校紅衛兵第三司令部駐滬聯絡站的支持下，在上海文化廣場召開批判控訴上海市委執行資產階級反動路線大會，宣布成立全市性的工人造反組織「上海工人革命造反總司令部」(簡稱「工總司」)。中共上海市委經過研究，認為這樣做違反中央有關工人要堅守崗位，不許成立跨行業組織等規定精神，決定採取「不贊成、不支持、不參加」的方針。工總司因沒有得到市委的承認，就在會後組織了請願遊行，並衝進上海火車站，強行登車赴京告狀。後來這列火車奉命停在上海附近的安亭車站。於是，王洪文等率眾鬧事，臥軌攔車，造成南北交通動脈滬寧線中斷三十小時。周恩來得到上海市委關於「安亭事件」的報告後，深知茲事體大，牽一髮而動全身，馬上和陶鑄一道趕到中央文革駐地，進行緊急磋商，決定以陳伯達名義致電中共華東局，要他們堅決頂住，不能承認「工總司」是合法組織，不能承認臥軌攔車是革命行動，同時做說服工作，勸他們回廠抓革命，促生產。隨後，中央文革決定派張春橋回上海處理這一事件。然而，張春橋這時已經通過江青摸到了毛澤東期待：工人起來造反，以衝破黨內阻力的意圖，因而根本不理睬周恩來、陶鑄和陳伯達一起商量出來的意見。在此之前，他在接見北京航空學院的造反派代表時就已經閃爍其辭地透露了毛的這一意圖，說：「搞工廠是個方向問題，我們打算下一步應該這樣走。」隨後，張以中央欽差大臣的身份，在處理「安亭事件」中貫徹毛的意圖，簽字同意了承認「工總司」是合法組織和赴京上告是革命行動等五項要求。
張春橋之所以敢這樣做，並非是自作主張，或是像後來所宣傳的那樣「先斬後奏」，而是在事先繞過中央包括自己的頂頭上司、中央文革小組組長陳伯達，直接請示了毛澤東本人。這一點，他自己在十一月十三日下午簽字前同工人的座談中轉彎抹角地露了出來，說：「安亭事件向主席報告了」，「上海工人起來了，這是好事，這是中央希望的。」很顯然，在文革那種人人自危的年代中，如果沒有事先得到毛的首肯的話，張春橋是無論如何也不敢在如此重大的問題上擅作主張的。
張春橋的這一舉動，引起了包括周恩來在內的從中央到上海地方各級領導人的強烈反應：在隨後召開的中央政治同常委碰頭會上，當時被蒙在鼓裡的周和陶鑄嚴厲批評了上海「工總司」臥軌攔車造成滬寧鐵路全線中斷的做法，指出張春橋「擅自」簽字是錯誤的，要堅持中央的既定方針，採取補救措施。性情剛烈的陶鑄表示了強硬的態度，說：「就是要把它壓下去!」上海市委第一書記陳丕顯在電話中質問中央文革小組組長陳伯達：「一個中央文革成員，究竟有沒有權不同華東局和上海市委商量，就在群眾組織反華東局和上海市委的五條上簽字，還要不要國家的法律?黨中央的指示還算不算數?」弄得同樣不知情的陳伯達有苦難言。
這時，一直在幕後充當導演的毛澤東出面講話了，親自主持召開中央政治局常委擴大會議，明確表態支持張春橋對「安亭事件」的處理，說：可以先斬後奏，總是先有事實，後有政策。毛並拿憲法中「結社自由」的條文，批評陶鑄和陳丕顯對上海工人所持的態度。「就這樣，毛一言九鼎，壓住了各方強烈的反對意見，就連一向敢於放炮的陶鑄也不再吭聲。整個形勢隨之逆轉。自周恩來以下的中央、地方各級領導人下得不吞下這一苦果。
與此相反，毛澤東卻從」安亭事件「中受到很大的鼓舞，認為」革命工人起來了「，這正是衝破目前運動阻力的好途徑，由此形成了在文化大革命運動中」全面開展階級鬥爭「的新設想：先從學校和機關搞起，再到工廠、農村去，把工人和農民像紅衛兵那樣組織起來，為此，毛澤東認為九月間中央下發的關於工礦企業和農村開展文革運動的兩個文件已經過時，需要重新作出規定，要陳伯達一班文革秀才們儘快搞出來。」
在此之前，由於第四季度全國經濟形勢明顯惡化，已經出現了生產節節下降，建設瀕臨停滯的局面，為此周恩來把佘秋里和谷牧找去，布置他們抓緊準備召開計劃會議，力求把一九六七年的計劃安排得早些、好些，並組織一個小班子，研究一下工交系統如何「抓革命、促生產」的問題。正好就在這時，陳伯達已經奉命搞出關於工交系統開展文革運動新規定的文件初稿。為了防止中央文革起草的這個文件過於放任群眾起來造反，從而失去對運動的約束力，周建議將這一文件提到正在召開的工交座談會上去討論。不料，這引起了一場軒然大波。中央文革的稿子在工交座談會上遭到激烈反對。參加會議的部長們鬨堂而起，大加批駁，認為工廠搞大民主，勢必影響生產，在工人中成立五花八門的造反組織，不是打架就是停產，主張取消已經建立起來的全市性工人造反組織，並要求在文件上寫上「下能讓學生和工人結合起來造反」。還有的故意說反話，表示如果允許生產受影響，那怕是允許有個「馬鞍形」，就可以放手去鬧革命，等等，把陳伯達起草的稿子批得體無完膚，會議又另外搞出了一個修改稿，強調工礦企業不能停產鬧革命，運動只能在業餘時間進行，學生不能到工廠去串連等。本來，這些意見正是周恩來自文革發動以後所一直堅持的主張。不過，善於在政治上觀風的周已經從「安亭事件」的處理上看出了毛澤東的態度，因而開始有所退卻，謹言慎行，凡事不輕易表態。可是，他的感情和看法畢竟和他的部屬們是相通的，因此當看到他們站出來慷慨陳詞時，不能不受到某種感染。在這種情況下，他在十一月十九日到工交座談會講話時，當場並沒有制止會上的過激言論，相反還鼓勵大家要抱著「我不入苦海誰入苦海」的態度，挺身而出，為了保衛黨和國家的利益，個人被衝垮了也要毫無抱怨。
但是，三天之後，周恩來與陶鑄、李富春一道向毛澤東匯報工交座談會的情況後，態度有了明顯的變化。關於這次匯報的情況，目前並沒有原始的檔案材料，多是引述輾轉傳達的內容，而且說法不一，前後牴牾。不過，座談會上表現出來的情緒和提出的主張正好與毛想把文革這把火引向工礦企業的意圖背道而馳，令毛大為惱火，則是可以肯定的。再加上這時中央文革的王力在私下已經向周打了招呼，告以毛對陶鑄的種種不滿，批評陶鑄提出的工礦企業開展文化大革命要依靠各級黨組織和老工人的觀點是錯誤的。很顯然，工交座談會觸怒了毛，陶鑄也在政治上凶多吉少，一場風暴即將來臨。
在這種情況下，善於在政治浪濤中弄潮的周恩來立即隨風轉舵，採行順守之道，有意和工交座談會一上的論調保持距離，同時盡力說服掩護他的部屬退卻。十一月二十四日，他再一次到工交座談會上講話時，不再提「為了保衛黨和國家的利益，個人被衝垮了也要毫無抱怨」一類話了，而是強調說：「浪潮來了，要站在浪潮的頭裡，因勢利導叫形勢搞下去，才能領導，背著浪頭會被浪頭衝掉」，既然已經「擋不住，不如疏導」。並語重心長地表示：「這個懲罰是我們過去造成的。我們不來承受誰承受?我們不來入地獄誰入地獄?我們不來入虎穴誰入虎穴?」周氏的這一番話可謂五味俱全，意在言外，把他的為人處世之道和在政治上隱忍退避的順守哲學表現得淋灘盡致。
後來的事態發展果然不出周恩來所料。根據毛澤東的決定，十二月四日，中共中央政治局召開擴大會議，名為聽取工交座談會的匯報，實則展開圍攻批判。林彪親自出馬，坐鎮會議，連劉少奇、鄧小平這樣早已靠邊站的人都被叫來與會。會上，中央文革的成員輪番上陣，集中向陶鑄、谷牧等人開火，指責他們以生產壓革命，「代表了一小撮走資派的情緒」。會議接連開了三天，最後由林彪作結論，說這次工交會議是完全錯誤的，思想很不對頭，需要來一個一百八十度的大轉彎，如果完全從生產收穫的多少來評議文化大革命的成敗，那是大錯特錯的!大概是奉毛之命，林彪還專門敲打了周恩來一下，針對他不久前說過的運動形勢是「方興未艾，欲罷不能，勢不可擋」，指出現在不應該是擋不擋的問題，而是主動迎接的問題，不是剎車的問題，而是要擴大的問題，要讓這場革命席捲全國每一個領域。
會議的氣氛十分緊張，被稱之為「萬噸水壓機」。在政治高壓下，與會者紛紛作了檢討。首當其衝的陶鑄在發言中有意識地出面承擔了「堵」、「壓」工廠、農村開展文革運動的「主要責任」，表示：這次會議把我這個蓋子揭開，中央拿我這樣一個例子來批判，來教育各地，我看很好。實際上，陶鑄是在代周恩來受過，頂下了本來應該由周出來承擔的責任。關於周本人在會中的表現，當事人谷牧這樣回憶道：
令人尋味的是，林彪主持的這三個半天會，周總理雖然參加，但在會議進行中很少說話。直到林彪作了長篇批判講話後，他才講了一番話，主要是談過程，說他們(指我們這些人)有一個最大的擔心，就是怕運動影響國民經濟建設，反過來再影響運動的進展，我多次找他們談過話，但他們還是轉不過彎來，所以在這個文件中，又出現了這方面的觀點。總理的這些話是在為我們開脫責任。
既然自己主管的事情闖了這麼大的「禍」，周恩來就不能不對毛澤東行所交代。會後，他把工交座談會的匯報提綱送給毛看，不過並沒有站出來為此承擔責任，也沒有給陶鑄等人開脫，聽由他頂下全部的責任，相反還注意撇清和其中的干係。他在給毛的書面報告中，以超身事外的口吻寫道：「這是谷牧同志在十二月四日政治局會議上的書面報告。它集中地代表了這次座談會上的共同認識，也暴露了工交戰線上對兩條路線鬥爭的錯誤立場和看法，因而受到常委幾位同志特別是文革小組同志的嚴厲批評，使他們開始有了覺悟。最後，林彪同志做了結論，認為座談會是失敗的。但在政治局會議上暴露出來受到批判又是好事，問題的關鍵在於領導。要看個人回去後能否通過實踐和鬥爭，得到教益，搞好革命。」
毛澤東對周恩來這種不關痛癢的表態並不感興趣，也不想追究他的責仟，他這時所感興趣的是儘快將陳伯達起草的中央關於工礦企業開展文革運動的新規定發下去。不過，完全清楚周在其中所扮演角色的毛澤東也下想輕易放過他去，隨後指定他主持中央政治局擴大會議「批評幫助」陶鑄。
陶鑄原來是中南局第一書記，在五月政治局擴大會議後上調中央，接替彭真擔任中央書記處常務書記，在八屆十一中全會上又被破格拔擢，進入中央常委，成為黨內第四號人物。當初，毛澤東看重陶鑄是因為他在歷史：他與劉少奇有過節，再加上為人耿直，敢於放炮，又是林彪的老部下，正好可以用來作為他於中對付劉少奇的一門大炮。但是，陶鑄到中央後的表現，卻讓毛澤東大失所望。他在政治上處處跟著周恩來走，有意識地和中央文革保持距離。更讓毛不滿意的是，陶鑄非但沒有成為一門向劉、鄧開火的大炮，相反還總是和他本人的意圖頂牛，在運動中屢屢充當「保皇」和「滅火」的角色。再加上江青也不斷告狀，說他為人霸道，在很多事情上欺負她，根本不把中央文革放在眼裡。在這種情況下，毛澤東對陶鑄日益反感，認為他已經成為運動的絆腳石，遂決定批陶，為下一步運動掃清障礙。
順便一提的是，陶鑄當時對文革的女掌柜江青確實不大買帳，甚至敢於當面頂撞她，當然是在忍無可忍的情況下。這在文革那個年代的中共領導層中是很少有的。陶鑄曾對他的妻子談起過這一點：
「你不知道，江青對我們，經常像孫子那樣訓斥，總是命合的口吻，真是讓人受不了!」
周恩來當然明白毛澤東讓他主持批陶會議的目的，不光是殺雞給猴看，而且也是在政治上對他的考察。同時，他心裡也很清楚陶鑄是在代己受過。的確，陶鑄到中央來的時間不長，卻一直視周恩來為自己的師長和領導，處處尊重，遇事請教，成為周的得力助手。在許多問題上，兩人觀點一致，配合默契，運動中的不少事情都是他們兩人共同商量後，由陶鑄出面辦的。而且陶鑄一直處在運動的第一線，為周擋住了不少棘手的事情，分擔了來自各方的壓力。從內心說，周恩來是很感激陶鑄對他的支持的，也願意身邊有這樣一個人能為自己分憂解難。所以當社會上出現炮轟陶鑄的浪潮後，他一直明確採取保的態度，舌焦唇燥地勸說造反派不要這樣搞。
比如，當北京醫學院紅衛兵因陶鑄曾出面保過衛生部黨委而包圍中南海，要求揪出「暴發戶」陶鑄時，周恩來曾幾次出面做工作，說：陶鑄同志是很老的同志，是中央委員，為什麼不能來中央工作?「把第四號人物揪出來」，這是什麼口號?你們是怎樣看待毛主席的學生和戰友的?你們這樣寫，我不同意，毛主席捫林彪同志也不會同意。
但是，當毛澤東決心要批陶鑄時，周恩來在「保持晚節」心態的驅使下，縱然有心想保陶鑄，也不敢違抗毛的意旨，只好讓陶鑄先「顧全大局」了。以周的閱歷和見識，並非不知道唇亡齒寒的道理，但他卻沒有對陶鑄援之以手，站出來為他緩頰，反而硬著頭皮充當了批陶會議的主持人，讓陶鑄為自己背黑鍋，聽任自己的左膀右臂中箭落馬。在這件事情上，充分顯露了周在政治上明行保身的為人，是欠了陶鑄帳的，而他本人也很快便嘗到了孤軍作戰的苦頭。
在這次批陶的會議上，中央文革的全班人馬出動，按照預先的布置，輪番上陣，向陶鑄開火。先由王力、關鋒、戚本禹打頭陣，然後張春橋、姚文元橫掃，最後主將出場，江青、陳伯達、康生進行重點批判，為陶鑄所犯錯誤的性質定調，給他戴上了兩頂帽子：「中國最大的保皇派」和「劉、鄧路線的代理人」。一個星期後，陶鑄即被江青，陳伯達在群眾大會上點名打倒。
