清朝康熙年間硃筆批改過的萬斯同編寫的《明史稿》，《明史》底稿之一。（公有領域）
方孝孺，明朝著名文學家，曾拜大儒宋濂為師，為同輩人所推崇，即便是一些長輩學者，也自嘆不如。明太祖時，召見了方孝孺，見其舉止端莊，學識淵博，十分欣賞，便命其為陝西漢中府教授。後太祖的兒子蜀王朱椿聽說他很賢能，就聘為世子師。建文帝即位後，召方孝孺入京委以重任，並處處聽從他的建議。可以說，建文帝對他有知遇之恩。
靖難之役中，方孝孺曾多次給建文帝出主意，力圖消滅燕王朱棣的力量。朱棣經過四年的征戰，最終承天命，進入明朝都城南京。建文帝的舊臣，除了少數自盡、離開京城或不歸降外，眾多大臣都歸附了朱棣，方孝孺就是少數的拒絕歸降者。當時方孝孺已經是名聞天下的第一大儒，其學識品德為四海所稱頌。朱棣起兵時，輔佐他的道衍就曾對他說，「城破之日方孝孺是決不會投降的，但萬萬不能殺他，否則天下讀書種子將會滅絕。」朱棣點頭答應了。
明成祖朱棣著袞龍袍全身像（公有領域）
朱棣進入南京後，先是以禮相待，下令啟用方孝孺，並請其撰寫登基詔書，方孝孺不肯，披麻帶孝上殿，且哭且罵，激怒了朱棣。朱棣隨即下令，將他與其他一些不歸順的建文帝舊臣一併處死，還滅了族。《明史》載：「丁丑，殺齊泰、黃子澄、方孝孺，並夷其族」。齊泰、黃子澄是建文帝時力主削藩的始作俑者。而關於「夷其族」，流傳至今的一種說法是方孝孺被滅了十族，包括他的門生。
《方正學先生遜志齋集》之方孝孺像（公有領域）
對於方孝孺的行為，一種看法認為他是忠君，死得其所；一種認為是愚忠，因為建文帝軟弱無謀，無一可用，亦無一成功；一死已足可以謝故主，不必激怒燕王，使得家族被滅。而且一朝天子一朝臣，天象已變，前朝臣子不從新君，那就只能有不太好的歸宿了。
一個問題是：方孝孺真的被滅了十族嗎？「四庫」版《明史本紀》中如此敘述道：「丁丑，召方孝孺草登基詔，孝孺投筆，且哭且罵。帝大怒，泰、子澄亦抗辯不屈。遂與孝孺同磔於市，皆夷其族」。
無論是原本《明史》還是四庫本的《明史》，都沒有朱棣夷方孝儒十族的記載。明代焦竑著的《玉堂叢語》裡寫的是方孝孺「不屈死」。關於朱棣威脅滅方孝孺十族的對話也不曾見到。《明史》還載，方孝孺與其弟方孝友一同被殺，其後，方孝孺的妻子鄭氏與四個兒子中的兩子方中憲、方中愈上吊自殺，兩個女兒亦跳入秦淮河自盡，這也不是被朱棣「夷族」。
而《明史》中雖提及了方孝孺本族的人被殺的信息，但沒有提到方孝孺母族、妻族等人被殺的任何消息。值得注意的是，《明史》中還有方孝孺第十族——門人和朋友的信息：「永樂中，藏孝孺文者罪至死。門人王稌潛錄為《侯城集》，故後得行於世。」
此外，生活在明成化年間宋端儀撰寫的《立齋閒錄》、《革除錄》等關於建文忠臣的書中，也只是有「夷其族」卻沒有「滅十族」的說法。《立齋閒錄》還在「夷其族」後邊列出了被「抄扎人口八百四十七人」的名單，基本都是方家父系這一系的，並未見有母系和妻系的人名被列出。顯然，也沒有理由表明，宋端儀要刻意隱瞞方家母系和妻系的被害者姓名。特別需要注意的是，這些人是被「抄扎」，即查抄沒收，並沒有說是被殺死。同樣，關於建文帝的野史也都沒有關於方孝孺被誅十族的記載。
而在明成祖朱棣之子明仁宗朱高熾繼位後，即為方孝孺等建文舊臣平反正名，方家找到了其堂兄方孝復，並將其赦免。萬曆十三年三月，萬曆皇帝還釋放了因方孝孺連坐的戍邊後裔，這些分別被流放到浙、贛、閩、粵、蜀等地的人數有一千三百餘人。這說明方孝孺及部分族人雖然被殺，但並沒有達到「滅族」的程度，極有可能很多是被查抄、流放，否則無法解釋明仁宗和萬曆年間的赦免。
那麼，「滅十族」的說法究竟如何出現的？近代有人考證，最早記載方孝孺被誅十族的書籍是在明正德年間祝枝山所寫的《野史》中，而其信息來源是年幼時聽長輩們聊天時的記憶，因此不足為憑。而清朝初年，民間史學家談遷的《國榷》中也未見「滅十族」的說法。直到清朝一統天下後，這種說法出現在谷應泰的《明史紀事本末》、趙翼的《廿二史札記》等書中，並逐漸廣為流傳。
另《方何宗譜》卷首記載：方孝孺位列翰林侍講。父親遭殺後，幼子聖公由浙江台州遷往安徽歙縣，生四子，長子通公後遷至安徽廬江，改姓何。何氏後發展成為一個大族，在明清時都有做官之人。
多方證據顯示，方孝孺被「滅十族」應是誇大的說辭，朱棣在這一點上也確實被冤枉了幾百年。
