「焚書坑儒」可以說是秦始皇被稱為「暴君」的重要罪行之一，一直以來關於「坑儒」中的儒生，到底是指儒士，還是術士，目前仍有爭論，更為要命的是，《史記》關於此段的記載，並未準確指出坑殺目標。因此，要搞清秦始皇坑殺的到底是什麼人，我們目前只能根據秦始皇「坑儒」的原因進行推測。
秦始皇「坑儒」的原因，術士逃走後非議朝政
秦始皇為何要「坑儒」，這件事情還得從秦始皇「焚書」事件講起。彼時，由於秦國推行中央集權統治，地方官員直接由中央朝廷派遣，而當時又沒有誕生出配套的官員選拔制度，因此便等於斷送了法家以外學子的上升通道，自然引起了大量知識分子的反對。
秦始皇為了解決這個問題，秦始皇設立了「博士」職位，以各學派聲望卓著計程車子充任，雖不具有實權，卻可以參議朝政。不過，此舉雖然一定程度上緩解了矛盾，但顯然無法令各學派士子滿意，因此雖有不少人充任博士，但態度卻極為怠慢，參議朝政時一言不發，卻又在私下對朝政議論紛紛。
秦始皇三十四年（前213年），秦始皇在咸陽宮擺酒設宴，七十餘位官吏、博士上前獻酒頌祝壽詞。在僕射周青臣上前歌頌了一番秦始皇的功德後，齊人淳于越上前，然而他非但沒有稱頌之意，反而對秦始皇的中央集權制再次展開抨擊，並重提分封制。
博士齊人淳于越進曰：「臣聞殷周之王千餘歲，封子弟功臣，自為枝輔。今陛下有海內，而子弟為匹夫，卒有田常、六卿之臣，無輔拂，何以相救哉？事不師古而能長久者，非所聞也。今青臣又面諛以重陛下之過，非忠臣。」《史記·秦始皇本紀》
秦始皇雖然對於淳于越的言論極為反感，但卻未當場斥責，而是交由朝臣廷議，結果丞相李斯上前不但對淳于越的言論予以了駁斥，同時提出了著名的「焚書」建議，即將除秦國史書之外的列國史書，以及除博士官保留的《詩經》、《書經》及諸子百家之書全部焚毀，醫藥、卜筮、農業等技術類書籍不在焚毀之列。李斯的這個建議其實就是以暴力手段達到思想的統一，從而防止這些知識分子隨意在街頭巷尾非議朝政，而面對這個提議，秦始皇最終表示了同意。
然而，就在秦始皇下令焚書的次年，頗受秦始皇重用的侯生、盧生兩位術士，不僅逃走了，而且在逃跑之餘，還說了一大堆非議秦始皇的話，結果再度觸怒秦始皇，「於是使御史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆阬之咸陽，使天下知之，以懲後。」（《秦始皇本紀》）
關於秦始皇下令坑殺犯禁者四百六十餘人的原因，《秦始皇本紀》中有著明確記載，「盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或為訞言以亂黔首」，也就是說促使秦始皇動了殺心的，並非術士的逃跑，而是他們再度對朝政尤其是自己本人的非議，這才誅殺犯禁者以儆效尤。
秦始皇坑殺的犯禁者，到底是儒生還是術士？
從以上記載不難看出，「坑儒」事件雖然是因侯生、盧生兩位術士的逃亡所引發的，不過這個「犯禁者」到底是指儒生還是術士，至今卻仍然存在著爭議。
一種觀點認為，秦始皇坑殺的就是方士。這種觀點認為，既然「坑儒」事件是因侯生、盧生的逃跑引發的，那麼秦始皇一怒之下，坑殺當時還在咸陽的所有術士，也就在情理之中了。畢竟，當時秦始皇為尋找長生不老藥，不僅花費了大量金銀錢財，且對這些術士極為禮遇，如今這些術士不僅逃跑，還敢非議朝政，自然會惹怒秦始皇，且《史記·儒林列傳》中明確有「坑術士」的記載。例如著名文化學者王立群便是持這種觀點。
第二種觀點則認為，秦始皇坑殺的乃是儒士。而這種觀點同樣分為兩派，其中一派認為術士的「術」乃是通假字，「術」通「述」，而古代學者遵從孔子的「信而好古，述而不作」的信條，學述（學術）而不自造作（創作），因此儒生也可以被稱為「述士」。另外一派則認為，犯禁者顯然是指那些違反了前一年「焚書」制度，私下抨擊朝政和私藏書籍者，而這些人主要便是以儒家學派為主的知識分子，因而雖然引發事件的是術士，但被誅殺的卻是儒生。
第三種觀點則認為，術士和儒生皆有。這種觀點認為，既然秦始皇誅殺的是「犯禁者」，那麼自然不會太過重視學派劃分，而是以其是否違反禁令為標準，因此不論認為坑殺術士還是坑殺儒生都太過絕對，因而認為秦始皇坑殺的既有儒生，也有術士。例如《大秦帝國》作者孫皓暉，便持這種觀點。
而在以上三種觀點中，個人認為第三種觀點最為合理，「坑儒」事件雖然是由術士引發，但其實「坑儒」事件可以看作是「焚書」事件的延續，且讓秦始皇做出坑殺決定的，仍然是違反「焚書」制度者，因此應該是既有術士，也有儒生。
