同治元年，陝西的回民人口增加，力量也在加強，於是想要建立一個獨立的伊斯蘭國的念頭開始萌生。一些回民首領如白彥虎、馬化龍等暗中發動回民，「傳帖殺人」。想要借太平天國動亂陝西清軍調走之際殺光陝西漢人。在黃河以西建立一個純粹的穆斯林國家。起事前，他們秘請鐵匠打制刀具，並且殺掉鐵匠以防泄秘。盡購街上的竹竿以充刀杆。然後出其不意開始暴亂。漢人措手不及，而且也無力抵抗，渭河兩岸的全縣村莊，30萬漢人全被殺光。只有臨潼知縣得知情況後，緊急關城才保住了一些漢人。
當時西安城裡的陝西巡撫提出的政策是安撫回民。對城裡回民未殺一人；緊閉城門以防城外回民進城殺人。也阻城內回民出城殺人。再派陝西團練使張芾前去安撫。想不到回民起事的大首領任武殺了張芾。另一位首領白彥虎殺人最凶，立志掘掉黃帝陵，幸被漢人首領董福祥擊退。
當時穆斯林武裝分子達30萬人，號稱「陝回十八營」。幾個月內在關中平原殺漢人五百萬。一年時間關中悉數漢人縣長被回民殺害，大量漢人被殺，只有一些縣城內和逃入驪山的漢人倖免。
陝甘回亂對漢族的大屠殺很嚴重。「重災區」在陝西省。漢人被殺約700萬人。
1863年。左宗棠臨危受命，被任命為陝甘總督。率湘軍進行鎮壓。陝西回民在被清軍鎮壓退到甘肅後。對甘肅漢人又進行了大屠殺。
甘肅回民也加入暴亂隊伍。但最殘暴的是陝西回民，殺人最狠。包括白彥虎。據說他就是以殺人狠當上領袖的。不分男女老幼。全部用刀砍死。用火燒死。進行種族滅絕大屠殺。不是為謀財。不是為謀地。單純為殺人而殺人。當時甘肅地靖遠民謠：「同治五年三月間。殺氣瀰漫天。十餘萬人一朝盡。問誰不心酸。」
甘肅中部地區的漢民幾乎全部被殺。據《中國人口史》一書的統計,回亂前咸豐十一年(1861年)甘肅人口甘肅（即甘肅省、青海省、寧夏區全部）1945.9萬人,戰後光緒六年(1880年)人口僅存495.5萬人,人口損失1455.5萬人...損失比例為74.5%。在甘肅。回民一次殺10萬以上漢人的大屠殺有很多次。許多縣的漢人被殺絕。
陝西甘肅兩省共計被殺漢人達2000萬。這麼多的漢人不敵當時不及200萬人口的回民，值得我們深思。
漢民之所以有這麼大地損失，一是因為漢人的傳統是不私藏兵器。所以遇到問題沒武器可用。而當時的回族一般都有。二是回族有騎兵，漢人沒有。騎兵對步兵，勝負是明擺的。三是回族聚集之後（估計人數最少有幾十萬）。首先不是攻擊城市。而是以上百倍的兵力集中掃蕩各個孤立的村莊。村莊人口少。所以被整村整村滅絕。而中國當時農村的特點是農村人口占全省人口的90%。另外一點是屠殺來得突然。各個農村來不及組織聯合以及防禦。很短的時間內，陝西就被殺了幾百萬農村人口。
左宗棠大帥率湘軍抵達後，剛開始對參與暴亂的回民格殺勿論。陝西回民首領馬化龍糧盡援絕，赴左帥營中請降，表示願以一人「抵罪」。馬化龍及其子馬耀邦向清軍交出各種火炮56門、各種槍千餘杆。並寫信向王家疃莊的回民勸降。左宗棠惱恨馬化龍反覆無常，殘殺無辜。死在他手裡的百姓有十數萬。實屬罪大惡極。同治十年（1871年）正月十三日。馬化龍與親屬及反清首領共1800餘人被清廷處死。清廷將其頭顱遍示全國各地達10年之久。其子孫幾被剪滅殆盡。陝西上百萬回人要麼被殺，要麼被遷走，要麼吃豬肉改回漢族。另一匪首白彥虎逃往新疆，後來又投靠浩罕侵略者阿古柏。後來左宗棠收復新疆，白彥虎又逃到中亞，也就是今天東干人的祖先。而後來民國中馬家軍的祖輩馬占鰲、馬海宴、馬千齡當年就是甘肅河洲暴動的回民，只是左宗棠接納了他們投降，馬家軍由此起家。
