一篇社論惹的禍
從1956年底至1957年初，毛澤東與劉少奇、周恩來在關於國家經濟建設的諸多問題上有過嚴重分歧，鄧拓也在不知不覺中被扯進黨內高層領導之間的鬥爭。而鄧拓在關於「反冒進」的問題上並沒有站到毛澤東這一邊。
據鄧拓的夫人丁一嵐後來回憶：當時鄧拓是《人民日報》的總編輯，有一天，劉少奇要求《人民日報》發表社論，既不要左傾盲動，也不要右傾保守。當然，按照劉少奇的意思，主要是以反左反冒進為主。這篇文章作為社論必須要經過總編輯發稿的，鄧拓很明白，毛澤東是不同意發表這樣的文章的，所以夾在中間很為難。
當社論大樣送到毛澤東那裡時，毛澤東批了一句：我不看了！這意思也很明顯，就是不同意社論的觀點。因為以前發社論同意不同意，毛澤東看完以後都會發表意見。社論大樣被退回來後，鄧拓陷入冥思苦想，最後還是決定發表這篇社論。可是，他畢竟還是書生氣十足，原來社論是4號字，他改成了5號字，想著字小一點，這樣可以避免特別醒目，引人注意，其實這無濟於事。因為這件事，毛澤東對鄧拓很不滿意。
毛澤東講漢宣帝批評太子的故事
1957年4月10日，毛澤東在中南海召見了《人民日報》的編委，出席會議的包括總編輯鄧拓以及三位副總編輯胡績偉、王揖、袁水拍，還有一名編委王若水（後來也曾擔任副總編輯）。
鄧拓在會上作工作匯報，遭到毛澤東的多次插話批評，而且口氣很重。毛澤東說：「過去我說你是書生辦報，不對，應當說是死人辦報。」他還當面批評《人民日報》的幾個副總編輯為什麼不起來造鄧拓的反。甚至有意讓當時只有三十歲的王若水當總編輯。毛澤東甚至在會上劈頭蓋臉痛罵鄧拓，「我看你像漢元帝，優柔寡斷。你要是當了皇帝，非亡國不可！」
據王若水在他的《新發現的毛澤東》中記載，鄧拓提出辭職，表示早有此意，完全誠心誠意。毛打斷他：「我就不相信你那麼誠心誠意！你只知道汽車進、汽車出，養尊處優。」在此書中，王若水還列舉了這段歷史對毛澤東的批語加以詮釋。
據史書記載，漢宣帝（漢元帝的父親）對太子這一次講的話如此老大不高興和憂心忡忡，以至於從此對太子疏遠而喜歡好法律的次子劉欽，甚至一度有意改立劉欽為太子。然而劉示是在什麼情況下提出建議的呢？原來，他看到「宣帝所用多文法吏，以刑名繩下，大臣楊惲、蓋寬饒等坐刺嘰辭語為罪而誅」，因此說他父親「持刑太深」。
刑名之學屬於法家，顏師古引劉向《別錄》說，「申子學號刑名。刑名者，以名責實，尊君卑臣，崇上抑下」。劉示認為他父親「持刑太深」是因為採用了法家辦法，所以建議他用儒生。漢宣帝和太子的分歧是法家和儒家的分歧。在如何進行統治的問題上，儒家和法家是爭論很激烈的。毛澤東運用典故批評鄧拓，顯然是認為鄧拓身上有太多酸腐的文人氣。
毛澤東暗批鄧拓像魏忠賢
毛澤東此次對鄧拓的訓話已經是毫不掩飾地再二再三地逼著鄧拓辭職下台。可見，毛澤東早就對鄧拓極為不滿了。在1957年10月的八屆三中全會上，毛澤東再次批評1956年6月20日《人民日報》的那篇反冒進社論，批評「右傾保守」準備發動「大躍進」。他批評這篇社論是「攻其一點，不及其餘」。他說：「1956年，經濟文化上有了一個很大的躍進，可是有些同志低估了成績，誇大了缺點，說冒進了，吹起了一股風，把多快好省、農業綱要四十條、『促進會』幾個東西都吹掉了，影響了今年經濟的建設，特別是農業的進展，給群眾潑了冷水。」這次會上，毛澤東又不點名地批評了鄧拓。
但鄧拓的厄運並沒有過去，1958年，1月11日至22日，在南寧召開的中央工作會議上，毛澤東再一次舊事重提，以尖刻的語言，當著所有的與會者的面，在大庭廣眾之下，再次批評鄧拓。他又批評了兩年前那篇反冒進社論。他認為這篇社論有原則性錯誤。他說：「社論的提法同魏忠賢的辦法一樣：」東林雖有君子，然亦有小人。『這是魏忠賢的筆法，其實是說東林皆小人。引我的話，一來不冒犯我，二來是借刀殺人。把我的話掐頭去尾，只引反左的，這不對。「
無奈之下，鄧拓只能提出辭呈。1958年8月，中共中央批准他辭去人民日報社社長的職務，到北京市委當文教書記。
離開人民日報社後的鄧拓並沒有停止發表觀點。誠如丁一嵐所說的那樣：「他（鄧拓）終究還是一個文人，他離不開他所熱愛的寫作，他用雜文的形式，寫一些對現實有針對性的文章，這些雜文很多是批評當時不實事求是的作風、缺乏民主的作風和官僚主義作風的。像《一個雞蛋的家當》、《」推事「種種》等等都是借古喻今。這些文章在《北京晚報》周二、周五刊登，為他贏得了巨大的聲譽，也招來了最後的殺身之禍。」
60年代初，與毛澤東漸行漸遠的鄧拓應《北京晚報》之約，撰寫《燕山夜話》專欄雜文。不久，與吳晗、廖沫沙合作在《前線》雜誌撰寫《三家村札記》雜文。「文化大革命」開始，被打成所謂「三家村集團」，身心受到極大摧殘，並在文革爆發伊始走上自絕的道路。