廣深港高鐵路線圖
廣深港高速鐵路香港段(高鐵)工程延誤終演變成政治風波，根據分別負責監督及興建高鐵的港府和香港鐵路公司(港鐵)向立法會提交的文件顯示，港鐵涉嫌兩度未有及時知會港府工程出現延誤，而港府其實最遲於去年底已知道工程未能如期竣工，但最終同意不在立法會公布事實。另外，港鐵又首次承認，近七百億港元的高鐵工程至少會超支34億元。
立法會議員普遍認為，運輸及房屋局不公布事實是不可以接受，反映當局不尊重立法會和公眾，而議員李卓人更質疑港府與港鐵合謀欺瞞立法會，有嚴重誠信問題，教唆運房局局長張炳威隱瞞的港鐵行政總裁韋達誠固然要辭職，運房局亦難脫政治責任。而香港理工大學土木及結構工程學系副教授熊永達3日在電台叩應節目中形容，港鐵已成獨立王國，必須整頓，而一直參與高鐵工程監督會議的路政署，其「監督相當薄弱」。
香港傳媒在過去一年已數度揭發高鐵工程延誤，港鐵一直否認，直至上月中才承認，原訂2015年通車的高鐵，須延至17年通車，運房局局長表示「感到驚訝和意外」。但根據港府及港鐵分別提交予立法會鐵路事宜小組委員會的文件顯示，早於2010年5月，跨境段隧道會滯後半年，路政署要求港鐵補救。到去年2月，港鐵通報，隧道建造工程遇上重大延誤。
其後，港鐵未有及時就工程改動知會監工的路政署長，第一次是在2013年6月因應工程延誤而把2015年的全面通車改為「局部開通」，只開放半數月台和行車線，但卻延至9月才向港府「簡介」這個放寬方案;第二次是港鐵在去年底及今年1月確定，預計高鐵要延至2016年才竣工，但港鐵未有在1月和2月的會議上向路政署匯報。
在兩次延遲通報事件期間，運房局已知施工進度有問題，並擬於13年11月22日的立法會鐵路事宜小組委員會會議上公布，高鐵可能要延至2015年後才通車。但根據港府紀錄，港鐵行政總裁韋達誠在會議前夕致電張炳良，表示不同意向鐵路小組通報須要延遲通車，並強調高鐵可在2015年年底投入服務。張即晚指示運房局和路政署官員與港鐵舉行緊急會議。港鐵在會上解釋，若不維持2015年完工目標，將無法向承建商施壓要求他們趕工。運房局雖有質疑，並促請港鐵不要高估自己的能力，又表明不同意局部開通方案，但最終同意不在立法會上公布高鐵會延遲通車。
及至11月22日的會議，運房局副局長邱誠武交代，指「高鐵香港段主體工程可以在2015年內完成」，完成後再做六至九個月的測試。令外界相信港鐵有方法追回落後的工程進度。直至4月15日，港鐵在香港遇上二百年一遇的黑雨後公布，高鐵無法如期通車，並在公布前三天通知運房局長。
港鐵在文件中解釋，高鐵工程延誤的原因包括西九龍總站地底有岩石;元朗隧道段亦因溶洞等問題而需要修改臨時工程設計及施工方案，加上3月的黑雨浸壞鑽挖機，加劇延誤情況;以及需要移除南昌站三百支因其他工程而打下的工字形樁柱。港鐵強調，已採取應對措施成功追回部分進度，但亦因此令工程團隊「傾向太自信地可追補工期延誤」。
另外，整項高鐵造價669億元，其中，港鐵獲批650億元工程，但根據港鐵提交的文件，今年1月時估算，高鐵工程費用為684億元，比撥款多34億元。但一般相信，有關費用日後會再增加，超支數額估計由一百多億至三百多億不等。港鐵此前一直表示工程費用在核准撥款額內，即否認超支。
高鐵的建造本身已甚具爭議，從路線到造價均受質疑，但港府強調，為免被高鐵化的中國邊緣化，匆匆將工程上馬，以致有些工程前期勘查工作未盡完善，施工期間遇上挑戰，工程最終出現延誤。
