，近現代新疆諸大事無一不和蘇聯（俄國）有關，尤其是盛世才的上台，更與蘇聯大有干係，蘇聯為了支持盛世才獨霸新疆，甚至還出動機械化部隊和空軍直接幫助盛世才打敗馬仲英。蘇聯如此明目張胆地支援盛世才，目的不外乎要在新疆扶植一個極端親蘇的政權，以確立自己在新疆的勢力範圍，同時也為自己建立一個有效的戰略緩衝地帶。因此二戰後期盛世才突然從親蘇轉向親蔣後，自然引起蘇聯的不安，尤其是盛世才的412事件後，公開關押驅逐共產黨人，更讓史達林大為光火。根據目前掌握的資料，在伊犁鞏哈暴動後，蘇聯內務人民委員部大批人員迅速趕往阿拉木圖，由蘇聯內務人民委員（即內務部部長）貝里亞親自坐鎮指揮，許多在蘇聯成長、學習的少數民族共產黨人被派進新疆，如在盛世才時期返回蘇聯的前白俄鮑里諾夫、列斯肯，流亡蘇聯的伊犁地區宗教人士艾里汗·吐里等，進入蘇聯接受先進思想的進步青年阿巴索夫和阿合買提江、受蘇聯訓練的軍事指揮人員伊斯哈克伯克、達力克汗等。伊犁革命組織就是這時候由蘇聯駐伊犁領事館牽線，聯繫當地民族宗教勢力和進步人士建立起來的。
鞏哈暴動初始，游擊隊利用國民黨勢力在伊黎河谷空虛的契機，陸續取得了一系列戰鬥勝利，曾經一度占領尼勒克。國民黨當局派遣接替盛世才擔任新疆臨時主席的朱紹良匆匆調集大批軍隊前往鎮壓，當鞏哈暴動吸引國民黨軍主力東進的時候，伊犁解放組織秘密得到蘇聯軍火、人員的援助，1944年11月7日夜（這天也是蘇聯十月革命紀念日）突然在伊寧發動起義。從蘇聯派遣回來的原二台公路養路段段長列斯肯（俄羅斯族）帶領一個經過精心訓練的游擊隊在果子溝切斷了進入伊犁的唯一公路——迪（迪化，今天的烏魯木齊）伊（伊犁）公路（這條公路也是目前通向伊犁的咽喉要道，60年代，為了保證戰爭時期需要，我國在新疆天山腹地花費大量人力、物力修建了天山公路，就是為了保證一旦312國道被敵人占領，我們還有一個備用公路而修建的）。當天，伊犁解放組織領導人阿巴索夫（三區革命領導人，也是三區革命的核心人物，1946年代表三區參加了國民黨的國大會議，與周恩來、董必武進行過接觸，1949年堅決擁護中華人民共和國的成立，同年在接受毛主席邀請赴北京參加政協會議時因為飛機失事去世，年僅28歲）和蘇聯軍事顧問彼得·羅曼諾維奇·阿列克山德洛夫率領60人的武裝（根據一些在伊寧的國民黨官員事後回憶，這批人員還身著蘇軍制服，佩帶蘇軍軍銜）從霍城越界潛入伊犁市區。他們首先切斷了伊黎河大橋的交通，國民黨伊寧當局派遣一個排的兵力試圖重新奪回大橋，未出城即遭武裝人員伏擊。入夜，鞏哈游擊隊主力繞道趕到伊寧城，開始四處進攻國民黨守軍，起義很快取得了勝利，大批漢族人和國民黨軍隊被迫撤退到惠遠老城和艾林巴克（飛機場），起義部隊（內中包括有從蘇聯趕來的身穿軍裝的蘇聯正規軍和數十架蘇軍飛機以及大批從蘇聯運來的火炮）在蘇聯軍事總顧問科茲洛夫的統一指揮下，到12月31日終於將這裡的國民黨守軍殲滅，守將陳伯良、高煒在惠遠城破時互相射擊自殺身亡。伊犁郊縣漢族官民紛紛逃亡，鞏留、新源、特克斯等地數百人向焉耆撤退，至玉爾都斯山被追及，生抵焉耆者只餘三十多人；昭蘇官民企圖翻越冰達阪退往阿克蘇，正值寒冬，最後抵達者只有十餘人。整個伊犁地區只有艾林巴克孤軍死守。
艾林巴克，在維語中為「髒園子」，位於伊寧東北，是全城最高處，北為飛機場，南是亂墳崗，原來是沙俄軍隊營房，當時是國民黨中央航空分校教導總隊。伊寧起義後，城內軍民退守此地約8000人。從1944年11月9日，起義部隊開始圍攻艾林巴克，久攻不克。1945年元月10日，國民黨第45師和預備第7師援兵試圖救援艾林巴克，其中第45師一個團冒嚴寒跨越天山抵達伊寧東郊，遭到大批裝備精良、受過正規訓練的起義部隊圍殲。艾林巴克守軍見救援不成，遂決定冒險突圍，突圍後殘餘2000軍民又被起義人員騎兵追擊，絕望中守將杜德孚（預備第7師副師長）、曹日靈（預備第7師參謀長）自殺，最後這批死守艾林巴克的軍民僅有800多人被俘（而被俘者也只有500多人，包括34名婦女被關押進監獄，其餘人皆「失蹤」。伊寧被起義軍攻克後，大批極端民族主義者手持大刀木棒，四處搜殺漢人和華僑，到事態被臨時政府制止的時候，噎有大批漢人被殺，其中東北籍漢人幾乎無一人倖免，伊寧救濟院的殘廢漢人都被拖到河邊用木棒擊斃。幾十年後，還有一些極端分子威脅與之發生衝突的漢族人：「難道你忘記伊黎河水的顏色了嗎？」這裡說的伊黎河的顏色就是指當時虐殺俘虜和漢人將河水都染紅了。），伊犁全境得以解放。
伊犁全境尚未完全解放時，伊犁解放組織在1944年11月12日匆匆忙忙成立了「東突厥斯坦共和國」，艾力汗·吐烈成為臨時政府主席，阿奇木伯克為副主席。這時期把持政權的是伊斯蘭教上層宗教人士和地主、舊封建統治時期的上層人士。所以臨時政府規定的國旗是綠地、中間是黃色星月標誌的帶有明顯伊斯蘭教標誌的旗幟。
臨時政府成立後，將各游擊隊統一起來，成立了游擊隊總司令部，總司令是阿列克山德洛夫，1945年1月中旬，國民黨軍隊援軍趕來救援艾林巴克守軍，在果子溝和游擊隊發生激戰，同時國民黨軍隊謝義鋒一部在付出極大代價後翻越雪山抵達伊犁外郊。阿列克山德洛夫驚慌失措企圖從霍城逃回蘇聯，結果被伊犁臨時政府撤去職務，代之以鮑里諾夫，同時蘇聯紅軍正規軍一個騎兵團和部分炮兵也迅速入境投入戰鬥，終於將國民黨援軍擊潰。
1945年2月，伊犁臨時政府決定將游擊隊總司令部改組為民族軍總指揮部。發布兵役法，規定20—22歲「公民」要應徵入伍，服役三年，在目前總動員時期，23—44歲「公民」也要入伍。
1945年4月8日，在伊寧市西公園（後來的史達林公園，好像現在叫人民公園）廣場上，隆重舉行民族軍成立大會，這標誌民族軍的正式成立。在大會上，臨時政府主席艾力汗·吐烈發表了帶有泛伊斯蘭主義、泛突厥主義、民族分裂主義內容的煽動性講話，並給民族軍各部隊授予標有伊斯蘭星月徽、寫有「為東突厥斯坦的獨立前進」文字的軍旗和寫有經文的白色伊斯蘭教教旗。授旗後還進行了閱兵式。
這時期的民族軍主要組成部分是：
1、1944年8月成立的烏拉斯台游擊隊，也就是後來的鞏哈游擊隊，這是伊犁起義的主力，人員最多。
2、阿巴索夫和阿列克山德洛夫在蘇聯編組訓練後秘密潛入的游擊隊，人員雖然少，但是裝備精良，戰鬥力很強。
3、列斯肯率領的蘆草溝游擊隊，這個游擊隊主要是俄羅斯族人。
4、鮑里諾夫和伊斯哈克伯克從蘇聯帶回來的一個營騎兵（從各蘇軍邊防部隊抽調的人員）。
民族軍的軍銜分為士兵、尉官、校官和將官四級，肩章和軍服都仿照蘇軍式樣。肩章為藍、紅、白三色，以區分騎兵、步兵和炮兵；帽徽為鐵製，中間一內圈為天藍色，中心是一個橘紅色月牙和五角星。伊犁臨時政府聘請了一批蘇聯軍事教官，在霍兒果斯舉辦軍官培訓班，每期三個月。
民族軍總司令部下設後勤處、政治處、軍事法院、軍事檢察院、偵察處、作戰處、人事處、總務處等機關。鮑里諾夫為民族軍總指揮、瓦爾沙諾菲·米哈伊洛維奇·莫日阿洛夫為總參謀長，阿巴索夫為政治部主任，艾尼（鞏哈游擊隊指揮員）為軍事法院院長。總兵力大約15000人，各部隊有：
特克斯騎兵第一團
特克斯騎兵第二團
新二台騎兵第三團
蒙古族騎兵營（來自博爾塔拉的土爾扈特蒙古族）
錫伯族獨立騎兵連
騎兵補充團（鞏留）
回族獨立騎兵營
綏定步兵第一團
伊犁步兵第二團
伊犁預備第四團
直屬炮兵營
直屬警衛營。步兵編制：每團2個營，每營3個連，每連3個排，每排4個班，全團大約2500人。騎兵團編制：每團4個騎兵連和1個機槍連。每團約1000人。
團設參謀部、政治處、後勤處。有團長、軍務副團長、政治副團長、宗教副團長各一。1945年2月開始，伊犁局勢噎穩定下來，革命開始向北疆和南疆發展。7月在民族軍和當地游擊隊的夾擊下，塔城國民黨守軍、政府人員和漢族群眾1400多人逃入蘇聯，塔城解放。民族軍將塔城游擊隊改編為額敏騎兵第4團和塔城騎兵第6團，並將原來的二台騎兵第3團和上述兩個團合併成立了獨立騎兵旅，該旅人員大約2400人，列斯肯為旅長。
此時北疆的阿山地區局勢更加混亂，烏斯滿和達列力汗兩次大規模進攻承化，但是並未能占領。8月7日，蒙古人民共和國大約50多人的部隊和達列力汗的游擊隊會合，第三次進攻承化，在國民黨軍隊的抵抗下，仍然未能奪取承化，9月，民族軍獨立騎兵旅趕來，9月6日再次包圍承化，國民黨守將高伯玉率守軍和百姓3000餘人棄城北逃，希望能進入蒙古避難，但在中蒙邊境奧爾尕提達阪遭到蒙方阻攔；9日，民族軍趕到，捕獲高伯玉在內的國民黨官兵1130人。9月20日，在阿山的游擊隊被改編為民族軍阿山哈薩克族騎兵團，達列
