根據鄧小平的指示，1980年8月國務院召開常務會議，研究三峽工程問題，決定：「關於三峽建設問題，由科委、建委負責，繼續組織水利、電力及其他方面的專家進行論證，提出意見。」1982年11月24日鄧小平在聽取國家計委關於在二十年內使工農業總產值翻兩番的匯報時再次表態說：「我贊成低垻方案，看準了就下決心，不要動搖。」[4]1983年3月長江流域規劃辦公室組織編制了《三峽水利樞紐可行性研究報告》，1983年5月，國務院委託姚依林、宋平組織審查，在京豐賓館邀請了350名專家，對150米方案進行審查。不出所料，審查順利地通過了。1984年4月國務院原則批准《三峽水利樞紐可行性研究報告》，確定三峽工程實施蓄水位為150米的低垻方案。三峽工程準備在1986年動工建設[5]。
中國政府的這個決定引起了全國乃至全世界人士的極大震動。特別是在1985年全國政協六屆三次代表大會上，以原交通部副部長彭德為代表的全國政協委員大鬧懷仁堂（政協大會舉行處），反對國務院的建設三峽工程的決定，要求實施民主和科學決策[6]。會後全國政協副主席、93歲高齡的孫越崎率領全國政協委員考察三峽38天。考察結束後孫越崎向中共中央提交了《三峽工程近期不能上》的調查報告[7]。海外輿論更是表達了對三峽工程清晰的反對意見。於此同時，擔任中共中央三峽工程籌備組組長的李鵬雖然堅決支持三峽工程上馬，但反對150米的低垻方案，要求把正常蓄水位提高到海拔180米。李鵬則是通過重慶市市委書記蕭秧之口傳遞了自己的意見[8]。
三、中共中央、國務院下發15號文件給全國人大布置任務，並決定成立國務院三峽工程審查委員會
1986年4月趙紫陽與李鵬分別率團考察三峽地區後，中共中央、國務院決定三峽工程暫不開工，並撤銷三峽省籌備組[9]。同年6月中共中央、國務院下發15號文件，即《關於長江三峽工程論證有關問題的通知》[10]，主要內容如下：
（1）由水利電力部廣泛組織各方面的專家進一步論證，進一步論證修改原來的三峽工程可行性報告。要注意吸收不同觀點的專家參加，發揚技術民主，充分展開討論，得出有科學依據的結論意見，分階段、分專題向中央書記處、國務院和人大常委會匯報，並及時向政協通報情況。在廣泛徵求意見，深入研究論證的基礎上，重新提出三峽工程的可行性報告。
（2）成立國務院三峽工程審查委員會，負責審查水利電力部提出的三峽工程可行性報告，提請中央和國務院批准，最後交全國人民代表大會審議。委員會由國家計劃委員會、經濟委員會、科學技術委員會、中國科學院、財政部、水利電力部、城鄉建設環境保護部、交通部負責同志以及有關方面人員組成，由李鵬同志任主任，宋平、宋健同志任副主任。
為加強這一工作的領導，中共中央指定李鵬、薄一波、王任重、程子華同志協調三峽工程的論證工作。
中共中央、國務院下發的15號文件，決定了三峽工程的決策過程：首先由水利電力部負責三峽工程的可行性報告。接著成立國務院三峽工程審查委員會，負責審查三峽工程可行性報告。再經中共中央和國務院批准之後，最後交全國人民代表大會審議批准。
中共中央、國務院簡單地下發一個文件，就可以給中華人民共和國最高權力機構全國人民代表大會布置具體任務，讓全國人民代表大會去審議和批准三峽工程。這個做法本身就違反了中華人民共和國憲法。這是中國共產黨凌駕於國家最高權力機構之上的違法行為，也是中國共產黨對「東西南北中，黨領導一切」基本認識的流露。全國人民代表中有三分之二代表是中共黨員。在人大代表投票表決三峽工程之前，江澤民擔心三峽工程在全國人大投票時不過半，於是和李鵬一起在1992年3月18日上午召開人大和政協「兩會」黨員負責幹部大會，江澤民主講2個小時，說他和黨中央都投了贊成票[11]。江澤民和李鵬召開的「兩會」黨員負責幹部大會，用中共共產黨的紀律要求人大代表支持黨中央的決定，直接干涉國家最高權力機構的決策。
按照中共中央、國務院15號文件，水利電力部組成三峽工程論證領導小組，部長錢正英任組長，副部長陸佑楣任副組長，水利電力部總工程師潘家錚任副組長兼技術總負責人。錢正英等一共邀請了412位專家參加論證，還聘請了李伯寧、劉國光等21位為論證領導小組的特邀顧問，但是沒有邀請最著名的不同觀點的專家如黃萬里和李銳參加[12]。
412位專家分別參加14個專題組的論證，這14個專題組是：
——地質地震；
——水文；
——防洪；
——泥沙；
——航運；
——電力系統；
——機電設備；
——移民；
——生態與環境；
——綜合規劃與水位；
——施工；
——投資估算；
——綜合經濟評價。
與1983年長江流域規劃辦公室組織編制的三峽工程可行性研究報告的一個最大不同之處就是，在1986年的工程論證中設置了生態與環境組，研究三峽工程對環境的影響，並要求在生態與環境組報告的基礎上編寫建設項目環境影響報告書（Environment Impact Assessment）。無論是做工程對環境的影響評估，還是按照國際慣例編寫環境影響報告書，這在中國都是第一次。參加生態與環境組工作的專家絕大部分專家、學者都來自中國科學院。中國科學院動物所馬世駿院士擔任組長，中國科學院植物所侯學煜院士擔任顧問，兩位先生都是二十世紀四十年代留美學生，在美國獲得博士學位後回中國工作，1980年同時成為科學院學部委員（後改稱院士，周光召也在此時成為院士）。
1988年底三峽工程可行性論證14個專業組完成論證工作。1989年2月底由戴晴主編、收集了三峽工程反對派意見的《長江長江》一書出版。1989年4月姚依林代表中共中央和國務院在中外記者會上表態，五年內不討論三峽工程[13]。1989年六四事件後，《長江長江》一書被下架、被焚燒、被化為紙漿。1989年7月新上任的中共總書記江澤民第一次國內出訪就到三峽垻址，表態支持三峽工程[14]，打破五年內不討論三峽工程的承諾。
圖4：1989年7月江澤民就任中共中央總書記不到一個月首次出京訪問即到三峽工程垻址、葛洲垻工程和荊江河段視察，圖片來源：網絡截圖
四、三峽工程論證報告的審查
1990年7月國務院聽取了三峽工程論證領導小組關於三峽工程的重新論證情況匯報，錢正英主持，潘家錚（與周光召同年成為科學院院士）在報會上，將三峽工程論證生態環境組的弊大於利的結論改為「三峽工程對生態環境的影響是廣泛而深遠的」。他首先指出：「大壩對生態與環境的有利影響主要在中游。」然後他說：「大壩對生態與環境的不利影響主要在庫區。」又把不利影響又分為（1）不可逆轉的影響；（2）影響嚴重或較大，但採取措施可以減輕的影響；（3）影響較小，採取有效措施後可減少危害的影響。最後潘家錚說：「我們認為，除水庫淹沒以外，影響生態環境的基本因素是建垻引起河流水文、水力情勢的變化。……三峽水庫對河流天然徑流量的調節有限，水庫各月平均下泄流量只在枯水季節比天然情況有變化，而且均在天然流量的變化範圍之內。……三峽工程對生態環境影響，不致成為工程決策的制約因素。[15]」XXX因素不致成為三峽工程決策的制約因素，這是三峽工程論證領導小組對14個專業組的要求，在結論中必須有這句話。但是錢正英、張光鬥、潘家錚等人不理解，即使三峽工程論證的14個專業組都認為這個專業因素不致成為三峽工程決策的制約因素，但是這14個專業組綜合起來，依然可能得出三峽工程不可行的結論。會議同意將重新提出的三峽工程可行性研究報告提交國務院三峽工程審查委員會審查。1990年7月13日江澤民、李鵬、姚依林等接見參加三峽工程論證匯報會的成員。
圖5：1990年7月13日江澤民、李鵬、姚依林等接見參加三峽工程論證匯報會的成員，圖片來源：李鵬三峽日記
1990年8月22日國務院辦公廳公布了成立調整之後的三峽工程審查委員會名單[16]，國務委員兼國家計委主任鄒家華任主任（後升任國務院副總理），國務委員兼財政部部長王丙干、國務委員兼國家科委主任宋健、國務委員陳俊生任副主任，委員有水利部部長楊振懷、周光召等共20人。國務院三峽工程審查委員會辦公室設在水利部，負責審查委員會的日常工作。辦公室主任：楊振懷（兼），副主任：陸佑楣（能源部副部長），副主任：張春園（常務，水利部副部長）。此時楊振懷已經接替錢正英任三峽工程領導小組組長，身兼三職，國務院三峽工程審查委員會委員、三峽工程審查委員會辦公室主任和三峽工程領導小組組長；陸佑楣身兼兩職，三峽工程審查委員會辦公室副主任、三峽工程領導小組副組長；張春園身兼兩職，三峽工程審查委員會辦公室副主任、三峽工程領導小組成員。
