第二，生態與環境組顧問侯學煜與組員陳昌篤教授不贊同馬世駿的讓步，認為三峽工程對生態環境的影響是弊大於利，三峽工程不能修建。侯學煜特別指出了三峽地區是歷史上滑坡和崩塌等地質災害的多發區。但是建垻蓄水後因水的浸泡軟化作用和浮力作用，將使滑坡穩定性減弱，促使老滑坡的復活，尤其該地山區暴雨來臨時，在地面又無植被保護的情況下，更容易觸發滑坡、崩塌[18]。侯學煜的態度比馬世駿更為堅決；
第三，生態與環境組的報告中的一些重要結論，與其他專業組互相矛盾。比如生態與環境組指出，根據遙感資料所測定的三峽地區後備宜農面積僅為二十九點五萬畝。如果還是按照一點五畝安置一位農村移民，可安置的農村移民人口不足二十萬。生態與環境組在報告中只是陳述了自身的研究結果，並沒有直接指出移民專業組報告的錯誤。根據移民專業組的報告，三峽庫區有足夠的土地資源，可以就地安置三峽工程113萬移民。在水庫淹沒涉及的十九個縣市中，有可以開墾的荒坡地二千多萬畝，其中三百六十一個安置鄉中即有開墾的荒山草坡三百八十九萬畝。只要每個農村移民開墾一點五畝荒坡地，便得以解決農村移民的生產生活問題，因此移民都可以在本縣內安置，且農村移民大部分可以不出鄉安置。這樣的與其他專業組之間的矛盾如何處理？
按照國務院三峽工程審查委員會的安排，周光召與國家環保局局長曲格平、國家林業部部長高德占一起負責審查生態與環境組的專業報告。為什麼要讓一位物理學家去審查生態與環境組的報告？這是因為周光召是科學院院長和黨組書記，而生態與環境組的大部分專家學者都來自科學院，就是發生矛盾的馬世駿和侯學煜也都來自科學院。
至1991年5月，十個預審組都完成了預審工作，形成了預審意見。對生態與環境組的審查，一切都風平浪靜。生態與環境組的顧問侯學煜院士沒有鬧，組長馬世駿也沒有鬧，其他專家也沒有提出疑問。關於生態與環境問題的結論為：三峽工程建設必將對生態與環境問題產生廣泛和深遠的影響。審委會認為：建設三峽工程總的來說有利於生態與環境的改善；對可能產生的不利影響，只要高度重視、認真對待，可以減少到最低程度。鑑於生態與環境問題的隱蔽性和長期性，要不斷加強科學研究，建立三峽生態與環境監測網絡，對三峽工程建設前後庫區及長江中、上游的生態與環境，實行全過程跟蹤監測和管理[19]。
1991年7月9日至12日，審查委員會召開第二次會議，聽取了十個預審組的預審意見。國務院三峽工程審查委員會一致認為三峽工程的前期工作規模之大，時間之長，研究和論證程度之深，在國內外是少見的。它是成千上萬的專家和工程技術人員長期不辭辛苦、埋頭實幹的結晶，也是發揚民主，聽取不同意見，反覆論證的結果。審查委員會一致認為，在論證基礎上編制的可行性研究報告，其研究深度已經滿足可行性研究階段的要求，可以作為國家決策的依據。1991年8月3日，國務院三峽工程審查委員會召開最後一次全體會議，一致通過了對長江三峽工程可行性研究報告的審查意見，認為三峽工程建設是必要的，技術是可行的，經濟是合理的。建議國務院及早決策興建三峽工程，提請全國人大審議。周光召在審查意見上簽了字。
國務院三峽工程審查委員會只是對三峽工程論證的14個專業組的報告分十個預審組進行審查，而沒有對三峽工程論證14個專業組的報告進行綜合審查，有意忽略各個專業組報告之間的矛盾之處，比如生態與環境組和移民組在可安置農村移民土地資源數據上的巨大差別，又比如防洪組強調防洪是最主要目標，而泥沙組主張蓄清排渾運行模式。什麼是蓄清排渾？洪水來的時候是渾水，不能攔蓄，那就沒有防洪效益。如果攔蓄，發揮防洪效益，就不能排渾，水庫淤積問題無法解決。三峽工程審查委員會根本不去涉及這些整個工程論證中14個專業組之間的互相矛盾之處，彷佛這些矛盾都不存在。
同樣，國務院三峽工程審查委員會也沒有直接干預生態與環境組的「三峽工程對生態環境的影響是弊大於利，但是一些弊病是可以通過人為措施加以限制的」，與工程論證領導小組要求之間的距離，只當這樣的差距並不存在。國務院三峽工程審查委員會並沒有直接要求參與生態與環境組工作的專家們去修改他們已經簽字的結論。在國務院三峽工程審查委員會的意見「三峽工程建設是必要的，技術是可行的，經濟是合理的」，根本不提對生態環境的影響如何。
有人會問：很有個性的侯學煜、馬世駿為什麼不在國務院三峽工程審查委員會的會議上發表意見？就在周光召擔任國務院三峽工程審查委員會委員，負責審查生態與環境專業組的報告最後時間，侯學煜與馬世駿先後去世。1991年4月16日侯學煜在北京的一家醫院去逝。侯學煜先生是全國政協常委，享受副部長級的醫療待遇，許多人以為醫療待遇越高，因病死亡的概率越低。可是，侯學煜的早逝恰恰與他享受的副部長級醫療待遇有關。1991年5月30日馬世駿於河北省豐潤縣死於一場至今尚未解釋清楚的車禍，據說馬世駿在河北省遷安縣主持了「全國生態農業林業縣建設經驗交流會」後坐車途徑豐潤縣時與一輛載重卡車發生相撞而亡。問題沒有解決，但是提出問題的人都已經走了。
1991年8月3日，三峽工程審查委員會審查委員會召開最後一次全體會議，一致通過了對長江三峽工程可行性研究報告的審查意見，提出問題的侯學煜和馬世駿已經去世兩、三個月了。
五、成立生態與環境II組，將三峽工程對生態環境的影響從弊大於利改為利大於弊
1991年8月3日，三峽工程審查委員會審查委員會召開最後一次全體會議，完成了審查的任務，一切似乎都已經塵埃落地。
1991年8月31日下午國務委員宋健主持會議，研究並落實國務院三峽工程審查委員會報告中提出的補報三峽水利樞紐環境影響報告問題，全國政協副主席錢正英和林業部、水利部、能源部、環保局、中科院、長江水利委員會、三峽辦等有關部門的負責同志及有關專家參加會議，長江水利委員會主任魏庭錚做了匯報[20]。
1991年8月3日，三峽工程審查委員會一致通過了對長江三峽工程可行性研究報告的審查意見，認為三峽工程建設是必要的，技術是可行的，經濟是合理的。建議國務院及早決策興建三峽工程，提請全國人大審議。會議並沒有提到審查工作尚未結束，還有工作需要補做，還有結論尚未完成。待補做的工作完成後，才做出最終結論，然後才能給國務院一個準信。三峽工程審查委員會並沒有這樣做，而是建議國務院批准建設三峽工程，上報全國人大審批。
那麼為什麼宋健要在8月31日下午召開會議，再次研究三峽工程對環境影響評價的問題？這是因為中央領導，包括全國政協副主席錢正英，對生態與環境組的「三峽工程對生態環境的影響是弊大於利，但是一些弊病是可以通過人為措施加以限制」結論不滿意，要求做出更改。至於以什麼理由更改？如何更改？這是下面人的事情，是宋健、錢正英、周光召、曲格平、高德占、魏庭錚等人要辦的。
如前面已經提到，1986年中共中央、國務院決定對三峽工程重新論證，三峽工程論證領導小組成立了14個專業組，其中一個是生態與環境組。1988年底生態與環境組完成了《長江三峽工程生態與環境影響及對策的論證報告》，1989年經三峽工程論證領導小組第七次（擴大）會議通過。長江水利委員會在此基礎上編寫了《長江三峽水利樞紐環境影響報告書》。之後國務院三峽工程審查委員會組織的對生態與環境預審專家組及審查委員會都已經審定了工程論證階段的評價成果。但是考慮到長江水利委員會編寫的《長江三峽水利樞紐環境影響報告書》在編寫過程中，報告書的大綱沒有經過國家環保局的批准，並且考慮到三峽工程的生態與環境評價具有極大的國際和國內影響，應該按照有關法規和程序，補編環境影響評價報告並進行正式審批。
會議經過討論，議定以下意見：
要按照法規程序，儘快組織補編和審查環境評價報告。請長江水利委員會於今年9月份將環境評價大綱報國家環保局，由國家環保局組成審查委員會並於9月前後審批。長江水利委員會根據批准的環境評價大綱，修改、補充現有的報告書，於今年年底報送國家環保局，國家環保局組織審查委員會於2月5日前完成審查工作。1992年2月中旬將審查意見報送黨中央和國務院。
報告書的修改、補充工作由長江水利委員會和中國科學院聯合組織有關單位進行，並共同署名。審查委員會成員必須是這方面的權威和專家，要民主、科學、嚴謹、負責地做好審查工作。有關部門、單位的專家和幹部要高度重視和支持這些工作，報告書通過審查後，可出版英文單行本。
與三峽工程有關的生態與環境問題的評價及治理費用，列入三峽工程投資，或者計入三峽工程運行成本[21]。
會議紀要只是提到，國務委員宋健主持會議，全國政協副主席錢正英、長江水利委員會主任魏庭錚出席了會議，林業部、水利部、能源部、環保局、中科院、、三峽辦等有關部門的負責同志也出席了會議。會議決定，報告書的修改、補充工作由長江水利委員會和中國科學院聯合組織有關單位進行，並共同署名。因此筆者推定，中國科學院院長周光召也出席了會議，或者周光召派某位副院長代表他出席了會議。周光召對會議的內容和所做的決定完全知情。
