經查良釗院長介紹，王明貞與俞啟忠相識，來往幾個月後從朋友變成戀人，並在1948年結為夫妻。俞啟忠比王明貞小7歲。這段姐弟戀當時在親朋好友中很是著名。
他們婚後，國共內戰愈演愈烈。1949年9月，王明貞帶著俞啟忠再次赴美，到密西根州的聖母大學物理系做研究。
滯留美國
王明貞在聖母大學從事的研究項目，是美國海軍部資助的。因為中美成敵對國家，1952年年底，王明貞辭去聖母大學的工作，想回國效力。但是，美國政府禁止學理、工、農、醫的中國學子回國，王明貞夫婦向美國移民局提交的回國申請遭拒絕。
為了生計，她不得不到美國加州南部的一所學校教書，俞啟忠則在當地一家小旅館做管理員兼財務。
1953年朝鮮停戰後，中美通過談判，達成部分中國學子回國的協議。1955年5月，王明貞夫婦和七十多名中國學生一起，從舊金山啟程回國。
秦城囚徒
回國後，王明貞被分配到清華大學物理系。在美國，她的研究方向是「布朗運動」和「噪音理論」。回國後，當時的中國不可能為她提供和美國相當的研究條件，她只好中斷研究，轉向教書育人，主要教統計物理和熱力學，有時也講授量子力學和電動力學，除了教學生，還培訓教師。
直到1966年5月「文革」爆發，她的正常工作、生活秩序被迫中斷，整天開會，無法上課。1968年3月14日，王明貞夫婦突然被抓捕。
從1970年初到1972年底，王明貞被審訊過很多次。審訊後，辦案人員總要她寫書面交待。有一次，她被要求寫1955年回國的經過及交往情況。她用了12天，寫了100多頁，挖空心思把能想到的都交待出來了。
她一度產生各種可怕的幻想，比如，幻想她會不會被當成頑固不化分子，會不會被拉到萬人大會上批鬥，會不會被處死。
1973年11月9日，王明貞在被不明不白關押5年零8個月後，獲准出獄。1975年4月5日，她的丈夫俞啟忠被不明不白關押7年多後，也獲釋出獄。
有一次，王明貞問警局的一個辦案人員，他們到底為什麼被捕，回答竟然是：事出有因，查無實據。那麼，謎底究竟是什麼？
俞家三哥引禍水？
其實很簡單：俞啟忠的三哥俞啟威，上世紀30年代曾是李雲鶴的同居戀人。
李雲鶴，就是在十年「文革」中紅得發紫的中央文革小組副組長、毛澤東的妻子江青。
江青17歲時，在濟南嫁給富家子弟裴明倫；18歲時，在青島跟富家子弟俞啟威同居；22歲時，在上海嫁給風流影評人唐納。之後，她跟俞啟威舊情復燃，一起私奔，唐納自殺未成，江青回唐納身邊。之後，她又跟唐納鬧翻，唐納再自殺未成，江青登報跟唐納分手，又跟導演章泯同居，致使章泯妻離子散。24歲時，江青在延安嫁給毛澤東。
俞啟威後來改名黃敬，1949年中共當政後，當過天津市長、市委書記，第一機械工業部部長。1958年1月，他被毛澤東一通訓斥後精神崩潰，之後精神失常，2月10日跳樓自殺。
到了「文革」時期，江青擔心她在30年代的醜聞被揭露出來，影響作為中共第一夫人的政治地位，於是將所有了解她醜事的人統統抓起來，意在封口。俞啟忠不是俞啟威的弟弟嗎？王明貞不是俞啟威的弟媳嗎？江青擔心：或許這兩個人也知道她的醜事。這就是王明貞夫婦被關進秦城監獄的真正原因。
作為中國上世紀40年代罕有的留美物理學女博士，如果王明貞一直在美國工作下去，可能成為國際知名的物理學家。如果中國有一個正常科研環境，她也可能成為中國最著名的女物理學家。但是，從1955年回國到1966年「文革」爆發，滿打滿算，她在清華11年。這期間，中共還發動過多次政治運動，使她不能夠專心教學。
1973年出獄後，王明貞沒有再從事物理教學與科研；1976年12月，她正式退休。從1966年至1976年，她在物理學專業上荒廢了10年。一個優秀物理人才，就因為江青的猜忌和中共無休止的鬥爭，不僅被非法監禁5年零8個月，而且在專業上再也沒有任何建樹。中共毀了多少英才？從王明貞的不測之禍可見一斑。
