在文革中發生過許多令人髮指的暴力迫害事件。如果目光僅僅停留在各種群眾組織舉行的規模宏大的批斗大會，顯然是不夠的。因為這些比起現在仍然不被外人所熟悉的中央專案組（亦稱中央專案審查小組或中央專案小組）所實施的法西斯行為，都只能算是小巫見大巫。中央專案組不僅令人談虎色變，而且其具體的操作更是罕為人知，中央專案組的結構和作為迄今難於見諸公開出版物。楊成武的回憶揭開冰山一角，領導楊成武搞專案的是周恩來。實際上，整個中央專案組的實際領導者就是周恩來，連康生、江青等都是其手下工作人員。整個專案組的材料最後審批以及在報告毛澤東之前都要經過周恩來之手，材料的真假不是關鍵問題，關鍵是能否迎合組織的要求。無論早期的彭德懷專案還是文革期間的劉少奇、賀龍等專案，都是依據中央專案組所提供的材料定性的。
中央專案組的發端與演變
中央專案組和中央文革小組不同，中央文革小組的活動和意見可以在媒體上顯著報導，而同樣是1966年5月在政治局會議上成立的中央專案組卻是秘密的，這個名字從未出現在媒體上。但是，在它存在的13年時間裡，它行使的權力不僅遠遠大於一度存在過的中央監察委員會和中央組織部，也遠遠大於中央的公、檢、法機構。它的成員在文化大革命中擁有的特權相當於列寧的"契卡"和希特勒的"蓋世太保"。如果說中央文革小組是文化大革命中煽起動亂的第一個環節，那麼，中央專案組則是最後一個環節，它負責為中央文革小組發起的行動作最後的定案。
中央專案組發端於專案審查委員會，而專案審查委員會來源於文革之初成立的一個處理彭（真）、羅（瑞卿）、陸（定一）、楊（尚昆）的臨時機構。在劉少奇主持的1966年的5月20號左右的中央政治局擴大會議上，根據毛澤東的指示，會議決定成立對彭（真）、陸（定一）、楊（尚昆）和田（家英）的審查小組（王力稱之為四個人談話委員會），羅瑞卿由軍委處理，同時決定由周恩來總負責並且直接擔任專案委員會下的彭真專案組的組長。中央的專案審查委員會和軍委的審查工作都是由周恩來做統一布置，例如召開專案會議等等。其他各個小組的情況是：陳伯達負責陸定一專案，康生負責楊尚昆專案，安子文負責田家英專案。陳伯達主管的陸定一專案後來轉給陶鑄繼而是謝富治捕手。田家英自殺後，在這個臨時小組基礎上成立了政治局常委領導下的專案審查委員會（實際是向毛澤東負責），下設彭（真）、羅（瑞卿）、陸（定一）、楊（尚昆）四個組，專案審查委員會的主任是鄧小平。上述兩位作者都認為，在八屆十一中全會後，鄧小平交班於康生，但是都認為，在整個文革期間〔除周恩來病重期間和去世之後〕，負責中央專案組的是周恩來，並且由周恩來直接對毛澤東負責。）隨著文革的深入，此專案機構不僅對所謂的"四大家族"——彭羅陸楊調查，而且對其他的眾多人員做調查。隨著鬥爭的深入開展，專案委員會更名為中央專案組，而且制度化，變成一個半永久性的機構。揪出、批鬥、逮捕、關押都是由中央專案組作出決定。
自1967年2月起，中央專案組的成員同中央文革碰頭會的成員相差無幾。中央專案組和中央文革小組不是一個組織，雖然名義上都是直屬於中央政治局常委領導、人員組成上基本上也是同一套班子，二者實際上都是直接對毛澤東個人負責。但是中央文革小組是公開的，而中央專案組是秘密的，而後者直接掌握超過國家公檢法的權力，負責決定整人、揪鬥、隔離、逮捕等等，超越於黨章和憲法，凌駕於黨組織和政法機構之上。最重要的是，中央專案組和中央文革小組從起源、發展至結束都是不同的。
文革期間，中央專案組同國務院一樣成為常設組織。中央專案組的具體工作是由謝富治和汪東興負責，但是康生、江青覺得需要加強專案組骨幹力量。在林彪主持的常委擴大會上，決定從部隊調人進入專案組工作，於是大量軍隊人員被調入，包含李德生等人。最後專案組工作人員多達數千人，其中一度有789位來自解放軍的官員，126位解放軍軍官擔任專案委員會下屬的專案小組正副組長。
在1967年的秋天，中央專案組極度擴張，調查的案子數量大大增加，由解放軍空軍司令員吳法憲負責的"羅瑞卿專案組"就已經分成了至少三個小組，處理所有與羅有牽連的案子。毛澤東和周恩來下令中央專案組分成兩個辦公室，就是後來俗稱的"一辦"和"二辦"。"一辦"由汪東興負責（即任主任），下屬多個專案組：例如彭真專案組、陸定一專案組、安子文專案組、胡耀邦專案組、李維漢專案組等，以及後來成立的劉少奇專案組、王光美專案組、"薄一波等六十一人叛徒"專案組、陶鑄專案組等，此專案組主要負責對中共中央和國家機關的負責人以及各省、市、自治區、直轄市的黨政負責人的專案審查。"二辦"和中央軍委掛鈎，由楊成武負責，楊成武倒台後由黃永勝負責，主要負責軍隊內部系統的高級將領的專案審查。例如彭德懷專案、羅瑞卿專案以及後來成立的賀龍專案等。
以賀龍專案組為例，稱其為主案祖，下面設17個分案組，計有：總參的"王尚榮專案組"、"雷英夫專案組"、總政的"金如柏專案組"、"李貞專案組"、裝甲兵的"許光達專案組"、通信兵的"陳鶴橋專案組"、"樊哲樣專案組"、工程兵的"譚友林專案組"、北京軍區的"廖漢生專案組"、成都軍區的"黃新廷專案組"、"郭林樣專案組"、武漢軍區的"楊秀山專案組"、新疆軍區的"張仲翰專案組"、空軍的"成鈞專案組"、"向黑續專案組"、國家體委的"榮高棠專案組"等。
1968年，"三辦"成立，主要負責公檢法系統領導幹部的專案，三辦的主任是謝富治。但是"三辦"開始成立的直接目的卻是調查"五一六反革命陰謀集團"。"三辦"後來也處理許多其他的案子，例如"抓叛徒專案組"。其中最出名的可能是"中國（馬列主義）共產黨案"，涉案的一個中國科學院經濟研究所研究員在拷打下招認存在一個由朱德領導的中共的秘密"影子"，與國民黨、與蘇共、與蒙古共產黨有聯繫。還有康生的姨妹兼情人蘇枚的"謀殺案（法醫的證據認為是自殺），此案導致99人遭迫害，其中9人入獄，23人被軟禁，3人被逼瘋，2人死於審訊者之手。
文革期間，為中央專案組服務，成為許多黨、政、軍機關的重點任務。1967年10月，中央專案組下又成立了一個專門的中央敵偽檔案清查組，而且在北京以外的18個城市由常設的分支專門就嫌疑人的政治歷史提供信息。1968年8月，謝富治下令清理公安部的全部檔案，為此解放軍抽調了700多人，花了18個月的時間才完成這項工作。
中央政治局曾一度考慮撤銷中央專案組，就像九大以後撤銷中央文革小組一樣，但是中央專案組變得太有用處而無法輕易撤銷。1970年，它又負責"審查"陳伯達的專案，一年後又有了林彪專案。1975年，中央曾經設想儘快結束專案，中央專案一辦、三辦和"五一六"專案組隨即撤銷。但是最終撤銷中央專案組還是在文化大革命之後（1978年12月的中共十一屆三中全會做出這一決定）。具有諷刺意味的是，它的最後一項任務是為毛以後的領導人處理"四人幫"專案。
周恩來是中央專案組的實際負責人
周恩來雖然不是中央專案組的正式成員，但卻主持其工作會議，參與其所有的立案調查活動，給予指示，批閱下面調查小組所提出的報告，並報告毛澤東。但是對外界來說，周恩來同中央專案組的關係並不明朗。但是在很多回憶錄中，仍然不免露出些蛛絲馬跡。李銳曾經這樣回憶：1967年8月間，北京專案組的幾個人，持中央辦公廳和公安部的介紹信來，要我交代同胡喬木、吳冷西和田家英的關係，特別是在廬山時的情況，並說專案組長是周恩來。曾任中共新疆維吾爾自治區委書記處書記、自治區人民委員會第一副主席的武光回憶說：專案組的人員告訴他，武光專案組是在周恩來和康生同志直接領導下工作的。
在八屆十一中全會後，鄧小平受到批判，無法繼續工作，鄧小平把工作移交給康生，但是王力在《王力反思錄》中引述戚本禹的話表明，專案組的會議是周恩來主持的。實際上，此專案委員會及以後的中央專案組，都是由周恩來主持其日常工作並直接向毛澤東負責。實際上，決定成立什麼專案組、由誰分管、選派專案組工作人員，均是在周恩來主持的中央文革碰頭會上，由周恩來親自提出，經大家討論同意，再由周恩來簽名報毛澤東、林彪批准。
例如在1967年10月8日，一張署名為"中國共產黨中央非常委員會"的傳單引起了中央高層的深切關注。傳單批評了毛澤東、林彪等，唯一對周恩來提出了表揚。周恩來接到此傳單後立即轉交給毛澤東。10月10日，毛澤東在人民大會堂召開中央常委擴大會議，研究傳單問題。毛澤東在會上決定由周恩來負責組織破案。當天晚上周恩來主持召開中央文革碰頭會，並指定陳伯達負責，謝富治和吳法憲參加。
由於中央專案組的極度擴張，從部隊抽調了一大批人員充實到專案組工作。所有的抽調人員在北京集合後，由周恩來帶領中央文革碰頭會的成員召集開會，說明任務的重要性，並布置工作。周恩來每隔半個月就在人民大會堂的東大廳主持召開一次專案組全體工作人員會議，由每個專案組依次匯報工作。
