據公開資料顯示，受到方舟子攻擊的公眾人物包括：學者于建嶸、IT人李開復、作家韓寒、深圳大學傳播系副教授孫海峰、法律學者賀衛方、作家李承鵬、歌手王菲、呼吸道疾病專家鍾南山、雜交水稻之父袁隆平等。
據報導，2005年，當怒江建垻之爭正反雙方專家相持不下時，被稱為「科痞」、中科院物理院士何祚庥與方舟子、司馬南等應官方邀請前去當地考察。三人在怒江兩岸「訪貧問苦」兼觀光不到一周，就得出了「怒江建垻是當地脫貧的唯一選擇，不僅可行且刻不容緩」的「科學定論」，還順手給反對建垻的生態環保專家們扣上了「偽環保」、「偽反垻」的大帽子。
方舟子對於各種宗教信仰，以及算不上宗教信仰的都曾進行攻擊。他經常在論壇上宣揚科學無神論和批評基督教;他在1999年開始與何祚庥一起批判民間修煉團體法輪功;2011年2月5日，方舟子與歌手王菲在網絡上展開了一場對「一尊佛像」的辯論。
方舟子常常對打假的對象進行激烈的人身攻擊。法律學者蕭瀚稱之為「語言暴力」。雜文家鄢烈山稱方舟子「一點就炸」，行文用語粗暴，有「文革」紅衛兵、紅小兵的遺風。
2006年11月，何祚庥、郭正誼、司馬南、袁鍾成立了「科技打假基金籌備組」，面向社會募集捐款，用來資助方舟子打假(即「打假基金」)。
2012年初，羅永浩發表微博質疑由方舟子的律師發起，並以方舟子為主要受益人的「打假基金」和「安保基金」涉嫌詐捐和漏稅的行為，並向警局經偵科和民政局舉報。
2012年3月30日，曾向基金捐款5萬元的廣東孫先生發出給方舟子和彭劍律師的公開信，提出幾點請求，呼籲其使基金運作更公開透明。方舟子隨即回應，拒絕了其要求。
方舟子涉薄案被舉報要求查處
2012年，有大陸民眾製作了一份《2012年中國人渣排行榜》在網絡上瘋傳，這份榜單涉及面極廣，其中薄熙來名列榜首，王立軍、方濱興、方舟子、吳法天、司馬南、胡錫進、等人緊隨其後。
方舟子披著「打假鬥士」的外衣，實為中共高級五毛。2012年10月，大陸微博有千人聯署上書，呼籲政府調查懲處方舟子的消息在網絡瘋傳。
同時方舟子攻擊中共國家副主席習近平的「假文憑」事件引起外界的關注。儘管在薄熙來倒台後，方舟子迅速否認此事，但有網民在微博以圖文並茂的證據揭露方舟子撒謊造謠。
重慶市前市委書記薄熙來落馬後，中紀委對薄熙來為推廣、宣傳重慶模式大肆收買海內外輿論、雇用文人、學者包裝宣傳的做法進行調查。
如今，中南海通過各種渠道升級「反腐打虎」的力度，前中共政法委書記周永康已是「死棋」，薄黨、毛左見勢紛紛緊急轉向獻媚表忠。
