周恩來問：什麼?我沒有講「三反分子」，你們強加於我，我要抗議。說著，周恩來轉向聯絡站代表，你們證明，我說了「三反分子」啦?你們提打倒陳毅，不能強加於我。
使陳毅真正陷入困境的就是這個1967年的5月。批陳聯絡站多次提出要批鬥陳毅，但是周恩來認為時機未到。經過多次爭論後，周恩來同造反派達成協議：第一，批陳會要待安排好了再開;第二，先在外交部開小會，然後到外語學院等單位接受批判，大中小會結合。
4月30日，被印度尼西亞驅逐的中國臨時代辦姚登山回國。周恩來親自到機場迎接。姚登山既讓造反派有了一個可以取代陳毅的人選，也被周恩來看成是陳毅的備用胎。一旦陳毅真的倒台，姚可以成為周恩來在外交部的代理人。後來形勢逆轉，姚登山被周恩來一腳踢開，則是後話。
姚登山一回國，就受到周恩來的垂青。在周恩來的運作下，姚站在中間，左挽江青，右攙毛照了一張相。如此殊榮在中共歷史上堪稱空前絕後。周恩來兩次提出讓姚登山參加抓部黨委的工作，參加「三結合」的臨時業務領導小組。但是姚登山以工作不熟悉為由，沒有參加。姚登山在外交部積極執行周恩來交代的任務。姚登山更是在8月26日保護陳毅時立下汗馬功勞，但是此事後來被渲染成周恩來一人的功勞。
毛澤東對陳毅是什麼態度?王力說，毛澤東說這輩子他就要保兩個人，一個是朱德，一個就是陳毅。毛澤東還說：「群眾喊打倒陳毅的口號就讓他們喊，沒有什麼了不起。人家要打倒，就打倒一下嘛!」「現在在我們國家裡，群眾提打倒這個，明天打倒那個，沒有什麼了不起。」毛還舉例子說群眾喊打倒朱德、打倒陳雲、打倒陳毅的口號，沒有什麼了不起。可是這個指示，竟然沒有向周恩來傳達。
1967年8月12日，毛澤東在上海接見阿爾巴尼亞專家時表示他贊成「打倒陳毅」的口號。毛澤東說：「我對陳毅也沒辦法，就是要紅衛兵給他點壓力……將來保陳毅也要靠紅衛兵。」毛澤東的這個說法是模稜兩可，陳毅難道要由紅衛兵來決定其命運?
毛要假手群眾批判陳毅，周恩來要保陳毅，但是又不能對毛髮動起來的群眾潑冷水。周恩來處於兩難。對於周恩來來說，一直不同意「打倒陳毅」的口號。毛澤東又公開認可了外交部造反派組織攀險峰對陳毅提出的口號「一批二保」。這對周恩來來說，意味著毛澤東同意周恩來的看法。更重要的是根據時任陳毅秘書杜易的回憶，毛澤東在1967年五一節期間兩次私下對陳毅說「我是保你的」。周恩來顯然會從陳毅處得知此事。
而此時期的周恩來，正是在文革中遭遇到第一次「伏擊」。1967年的5月至8月份，北京一些激進的造反派、紅衛兵提出要「動一動」總理，「燒一燒」。針對周恩來的大字報還上了街。
關於周恩來同陳毅的關係，毛澤東說：「整陳老總的也就是整總理的。把陳毅打倒了，你周恩來也就差不多了。」對於這一點，連造反派也供認不諱。一個造反派骨幹曾赤裸裸地揚言：「不打倒陳毅，就不能打倒周恩來!」
「720事件」後，整個中國局勢急速左轉，在此大背景之下，周恩來也不得不同意陳毅到群眾大會上接受批鬥。1967年8月一共開了八次批判陳毅的大、中、小會。外交部開了三次小會。周恩來對批陳小會抓的很緊。什麼時間，怎麼開，哪些人發言，發言內容均須事先經過周恩來審定批准。可以說凡是造反派的「批陳」大會，周恩來都「事必躬親」，每場必到(筆者註：除了27日晚上的除外。)。
8月7日，王力發表了一通關於外交部的談話，主題內容就是肯定揪陳是正確的，說外交部奪權不徹底。王力在其回憶錄中對此多加辯白，但是無可否認的是此講話大大加劇了外交部的衝突。陳毅接連受到群眾批鬥。8月11日與27日，陳毅也兩次承認了自己的「罪行。」王力還說，毛主席和總理要我過問外交部，在主席那裡說的。王力在這次談話中還對姚登山解釋了他和周恩來之間的不同。姚登山問王力，「不是總理不同意『打倒陳毅』的口號嗎?」王力回答說「總理身份不同嘛。」
顯然，由於毛澤東公開說的和私下對王力講的不同。雖然周恩來可以從陳毅處得知毛澤東的底，但是周恩來不可能公開亮出。以至有些造反派認為中央文革(特別是王力講話之後)和周恩來之間是有分歧的。周恩來對此非常在意。一方面，周恩來對於來自造反派、紅衛兵的攻擊表示：對我搞全面材料也行，向我提抗議也行，刷大字報也行，我不怕打倒，幹了幾十年還怕這個?除非我自己摔跤，走向反面。另一方面，對於造反派等質疑的周恩來同中央文革是否保持一致，周恩來多次聲明，他和中央文革之間是親密無間的。
8月22日，火燒英國代辦發生之後，周恩來緊急接見外事口各造反派組織代表，對此事及奪外交部大權提出嚴厲批評。周恩來說：「你們目無中央，是無政府主義。我們沒有料到你們會來這一手(指奪外交部權)，事前不打招呼，事後也不報告。你們現在拿監督小組的名義發電報給國外，完全是非法的，不算數的。外交大權是毛主席、黨中央授權國務院來管，如果你們說國務院沒有這個權力，你們要直接行使這個權力，我今天就去報告毛主席。我在你們心裡沒有威信。中央文革與我之間，你們沒有任何空子可鑽。」周恩來又說：「你不要從王力同志講話里撈稻草，一根稻草也撈不到。你們把外交部所有副部長的辦公室都封了，也不給中央打報告，我找誰辦事?部黨委幾個人你們都點了名，說某某是三反分子，你們都有通令，完全目無中央。」
8月27日，李富春代表周恩來出席「徹底批判陳毅大會」。李富春說：「你們提出陳毅必須向毛主席低頭認罪，提出陳毅不投降，就堅決打倒他，我都贊成。但是你們有的同志提出『打倒陳毅』，我看還不是，你們勒令陳十天交出檢查，我支持你們的革命行動。剛才陳伯達特地打電話告訴我，要我說一句：總理和中央文革是一致的，現在有的人想挑撥是辦不到的。」
8月19日，外交部發生造反派封部黨委奪權事件。毛澤東在21日終於明確表態：「最近，我們的外交部熱鬧了，他們要把陳毅、姬鵬飛、喬冠華打倒，哪誰當外交部長、副部長啊?……」接下來，毛澤東直言不諱地說：「對陳毅，我也不高興他，但我一個外交部長也難呀!所以，我主張對他『炮轟』，不『打倒』。」筆者認為這也是上述8月22日周恩來同造反派談話口氣非常硬氣的原因之一。8月27日，周恩來變得益發強硬。周恩來怒斥造反派：你們誰要攔截陳毅同志的汽車，我馬上挺身而出!你們誰要衝擊會場，我就站在人民大會堂門口，讓你們從我的身上踏過去!
火燒英國代辦，使得外交部的局勢逆轉。外交部的運動開始轉向。特別毛澤東在1967年的8月底開始右轉，要批判極左思潮，要搞大聯合。外交部開始抓壞人和清理「「五·一六」」。1967年10月，毛澤東批示：造反派不聽周總理的話，還叫什麼造反派?矛頭對準周總理，就是對準我、林彪。周恩來10月18日作出查封外交部聯絡站核心組的指示。但是陳毅的形勢卻不樂觀。
批極左，全國出現了一股為被錯誤批判的人和事翻案的現象。外交部也不例外。1968年初，外交部出現了三張批判「打到陳毅」的大字報。其中最著名的是「91人大字報。」此時恰恰是「反擊右傾翻案」時期。從2月到4月期間，周恩來獨此給予嚴厲批評。周恩來說：九十一人大字報是老保翻天，反攻倒算。無論周恩來是否是假戲真做，周恩來自1967年9月就提到要謹防「二月逆流和右傾翻案。」1968年4月1日，周恩來再次談到此大字報時講：翻案風有各種形式，極「左」也可以為「二月逆流翻案」。因為極「左」是同右合作的，是保護右的。現在反右是主要方面，要反右傾保守主義，右傾分裂主義。要擊退為「二月逆流」翻案風。
二、在事過境遷之後拋棄陳毅
八屆十二中全會在1968年10月份召開。陳毅作為「二月逆流」的代表再次被批。在這次會上，批判「二月逆流」的調子和規模都大大超過以前。為了批判方便，周恩來特意把幾位老帥和副總理安排到各個分組裡去接受批判。周恩來也點名批判並揭發了陳毅：「中央文革曾保過聶，但他對中央文革反而不滿。也保了陳毅、徐向前，都不滿，竟說：『不要你們保』。好像保了他們，他們就不光榮了，他們自以為一貫正確。陳毅同志在一次歡迎外賓時，紅衛兵也去了，他大罵紅衛兵『你們來幹什麼!我的檢查是逼出來的，是假的。』」
在十月三十一日八屆十二中全會閉幕會議上，毛澤東特意點了陳毅的名字。毛澤東說：「對這些老同志(指參加『二月逆流』的人)，還是選他們當『九大』代表;陳毅同志說他沒有資格，我看你有資格，代表左中右的那個右，你有右的方面的資格。」在那個突出政治的年代，作為右的代表無疑於反革命。這對陳毅實際上一種侮辱，事實上也是這麼做的。
在「九大」期間，陳毅在華東小組繼續受到嚴厲批評，並把陳毅從井岡山到「二月逆流」的各種「反黨罪行」來了個徹底清算。個別和陳毅熟識的老幹部也跟著圍攻陳毅，說陳毅「一貫反對毛主席。」經過這翻折騰，素有「大炮」脾氣的陳毅也被整的沒有脾氣了。甚至連初出茅廬的王洪文都可以直指陳毅的鼻子罵：「今天，我們要把這本《陳毅反動言論小集》當面送給陳毅同志，希望你能和大家一起，徹底清算自己!」陳毅連聲應承：「應該清算……應該清算……我陳毅在文化大革命中犯有嚴重錯誤，承蒙上海黨選我當『九大』代表，我很慚愧，我一定要……」直到大會秘書處的吳法憲把徐景賢、王洪文叫到辦公室去，傳達周恩來指示，批陳要「適可而止」，並說「下一次會議是否就不開了?」吳法憲同時還說：「這次『九大』，要選舉新的中央委員會，毛主席指示：要保證這些卷進『二月逆流』的老同志選上。」
「九大」並沒有正式宣布罷免陳毅的外交部長的職務，卻安排他請病假，由姬鵬飛任代理外長。陳毅可以說正式「失業」了，後來又根據中央的統一安排，下放到石家莊。
作為中央委員，陳毅參加了1970年的廬山會議。沒有想到，本想這次抓住機會，表示自己立場堅、也可以趁機一報私仇的陳毅，再次翻了船，結果整出個「二陳合流」。
此時的形勢已經不同於1967年。由於林彪帶頭攻擊了文革干將張春橋等人，毛澤東大發震怒。對於文革，毛澤東不能容忍任何人否定。自然對於自己的得力大將，毛澤東是一護到底。但是事前，沒有人會認為在林彪和張春橋之間，毛澤東會選擇張春橋。但是此時的毛澤東已經認定攻擊張春橋就是攻擊文革，攻擊文革就是攻擊毛本人。此等情況下，周恩來成為可以說是毛澤東要借用的唯一的主要力量。陳毅自然也就不再是周恩來的「門戶」。
歷次會議陳毅都被安排在華東組。在八屆十二中全會和「九大」上，陳毅被批得「體無完膚」。這次，陳毅提出換個組，於是周恩來把其放到了華北組。8月24日，陳毅發言。陳毅說：以前我錯了，這回我非跟上不可。陳伯達發言之後，陳毅第一個表示支持，說完全同意陳伯達的發言。陳毅還說：毛主席是天才，是經過幾十年鍛鍊出來的天才。……我犯過三次大錯誤，是犯錯誤的人，我願站在林副主席這一方面參加戰鬥。別以為我靠邊站就不能保衛毛主席，不論在什麼地方，就是有人在牆旮旯里反對毛主席，我陳毅也要把他揪出來!有人質疑陳毅是否有資格講話。陳毅說：我怎麼沒有資格講話?我沒有保衛毛主席的資格了?陳毅又做了第二次發言。
結果，受到攻擊的張春橋等人在江青的帶領下找毛告了狀。毛澤東在8月25日下午召集中央常委和各大組組長會議，下令中斷討論和學習林副主席的講話。風雲突變!
8月26日，周恩來和康生同吳法憲、李作鵬、邱會作談話。康生說：「你們要交代，這個『軍事俱樂部』是怎麼形成的?你們長時間串通一氣，還有陳毅這個反革命分子……」吳法憲當場反駁：「陳毅是中央委員，他什麼時候成為反革命分子了?」周恩來當時沒有表態，當吳法憲講話之後，才說：「康老的話錯了。」未曾想到的是，8月28日，當林彪為吳法憲等人開脫時，說不同意康生講的陳毅跳出來的說法，陳毅同吳法憲等人也沒有聯繫。周恩來則說：陳毅是跟著陳伯達來的，發言表示同意陳伯達的意見。這個說法是「兩陳合流」的說法源頭!後來扣到了康生的頭上。
1970年9月6日下午，歷時十五天的中國共產黨中央委員會九屆二中全會宣告閉幕。徐景賢回憶說：毛澤東作了長篇發言。毛澤東在講話中，有一句話使全場為之驚愕，他說，這次廬山會議是『二陳合流』。
九屆二中全會後，在傳達陳伯達的罪狀中提到：陳伯達同「二月逆流」某些人勾結起來翻文化大革命的案。對此，陳毅的夫人張茜非常生氣。陳毅自己說：這次廬山會議上，我講了對主席的敬佩，認為毛主席領導中國革命有天才這樣一段話，就把我搞成「二陳合流」，真是莫名其妙，冤枉也。
「林彪事件」之後，11月4日，毛澤東接見參加成都地區座談會的同志。當葉劍英走進會場的時候，毛澤東對與會人員說：你們不要再講『二月逆流』。」毛澤東同時編造謊言：「『二月逆流』是什麼性質?是老帥們對付林彪、陳伯達、王關戚的。那個王關戚，『「五·一六」』，要打倒一切，包括總理、老帥，老帥就氣嘛，發點牢騷。他們是在黨的會議上，公開的，大鬧懷仁堂嘛!」同時毛澤東叫葉劍英把此話轉告給陳毅。但是葉劍英並沒有轉達。在場的周恩來也沒有傳達。
1972年1月2日，周恩來去醫院看望陳毅，絲毫沒有向陳毅透露出一點信息。
直到次年1月6日，毛澤東再次對周恩來、葉劍英說：「『二月逆流』經過時間的考驗，根本沒有這個事，不要再講『二月逆流』了。請你們去向陳毅同志傳達一下。」周、葉當場核對了記錄後才去告訴陳毅。但是此時陳毅已經毫無反應。張茜退出並病房後，十分生氣的說：「為什麼不早來?這時候已經聽不見了，傳達有什麼用!」
陳毅去世後，毛澤東卻藉機做了場「政治秀」，表達了對受到迫害的老幹部的一絲慰問之情。但是陳毅的悼詞修改之處，卻折射出其應有的內含。
根據當事人劉岩的說法，周恩來對其所擬的悼詞草稿修改的主要部分是刪去一短句，增加一長句。他用紅筆勾出的一短句的全文是「一貫忠於人民忠於黨，為中國人民解放事業和社會主義事業作出了重大的貢獻」。增寫的一長句是：「有功亦有過，但他功大於過，特別是皖南事變前後，他堅決執行毛主席關於新四軍應渡江深入敵後作戰以求發展的指示，在鞏固和擴大新四軍方面，做出了極大的貢獻。」毛澤東在審閱周的報告時批了兩處文字，一處批在報告的首頁上：「基本可用。刪去兩段。」一處批在悼詞稿的第二頁上，即周總理用紅筆勾出的一短句和增寫的一長句旁邊：「前面已作了結論，後兩段均可不要。功過的評論，不宜在追悼會上作。」並用紅鉛筆將不要的兩段話划去。
