在1989年的政治和社會危機中，分歧則不僅公開化，而且演變成尖銳對立和激烈衝突了。與此相關，鄧小平1989年6月9日在接見戒嚴部隊軍以上幹部時說過的一句話，是頗堪玩味的。他說，這場風波「遲早要來」，「是一定要來的，是不以人們的意志為轉移的」。
在以鄧小平和趙紫陽為代表的中共高層之間，到底存在著何種難以調和的分歧，以至或早或晚，必定導致他們的「分道揚鑣」?1992年，鄧小平在「南巡講話」中談到這個問題時說，「兩個人(案指胡耀邦和趙紫陽)都失敗了，而且不是在經濟上出問題，都是在反對資產階級自由化的問題上栽跟頭。這就不能讓了」。有文章曾對此評論稱，由此可見在鄧小平看來，「反自由化」茲事體大，來不得丁點含糊。象胡耀邦那樣反自由化「不力」，要罷官;如趙紫陽這般支持自由化，更要罪加一等。換言之，鄧堅持「兩個基本點」，主張「兩手都要硬」;而胡是「一手硬，一手軟」;趙紫陽呢，經濟改革這一手很硬，沒得說，但是他的「另一手」，卻把「反自由化」這把「刀子」給丟掉了。由此看來，1989年鄧、趙之間的那場衝突，直接的起因是雙方對「反自由化」這把「刀子」的態度截然相反。
1989年的六四事件讓中共左右兩派之間的矛盾達到頂峰。5月19日，反對武力鎮壓學生運動的趙紫陽出現在天安門廣場，發表講話，呼籲學生放棄絕食，承諾進行對話。這也是他最後一次出現在公開場合。六四之後，趙紫陽被指控「分裂黨」和「支持動亂」，免去所有官職，並被軟禁在北京富強胡同6號家中，直到2005年逝世。
1989年六四事件之後，趙紫陽在中國媒體基本遭到封殺，他的名字在公眾輿論中正式出現的情況屈指可數。在他病歿之後，「為黨和人民的事業做出過有益的貢獻，在1989年春夏之交的政治風波中犯了嚴重錯誤」是官方最後一次公開評價趙紫陽。
趙紫陽去世後，中共歷屆領導層均對這位前領導人諱莫如深，每年忌日民間人士為其舉辦悼念活動也會受到當局嚴格控制。中共2008年高調慶祝改革開放30周年，作為那個時代改革開放政策的重要參與者趙紫陽，卻完全遭到官方媒體遺忘。曾有報導援引趙紫陽的小兒子趙五軍說：「他名義上是黨的總書記，是軍隊的副主席，處理國家外交事務達10年之久，而現在你跟我說這個人完全不存在?他們知道他們是錯了，但他們不敢面對，因此他們不許人民討論這件事。」
中南海沉默掩分歧
今年1月17日是趙紫陽去世的十周年紀念，像往年一樣，中共官方沒有宣布任何對於這位前總書記的官方紀念。當日，中共黨的機關報《人民日報》下屬的《環球時報》就趙紫陽去世10周年發表社評稱，「對一些人和事，官方沉默也是態度」。對此，有傳言稱南海對如何趙紫陽評價分歧依然存在。
對此，有觀點認為，中共在重大政治問題上一旦遇到分歧，總是採取所謂「不爭論」政策，個人尤其是高層都會被要求不允許「說三道四」，豈不知這種遮、捂、蓋的政策對於消解分歧毫無幫助。以習近平為首的中共第五代領導集體上台後，在十八大三中全會上首次提出第五個現代化——國家治理體系和治理能力的現代化後，這種現代化，必然要求中共有勇氣和能力面對各種分歧尤其是政治分歧的存在。2014年8月8日在中國央視啟播的48級電視劇《歷史轉折中的鄧小平》中，出現了曾遭中共長期「封殺」的政治敏感人物胡耀邦、趙紫陽、華國鋒等，外界認為，該劇釋放當局某種信號，或許是中共現任領導人嘗試直面分歧的一種試探和努力。
早在2005年趙紫陽去世之初，中共內部關於如何對趙「蓋棺定論」就曾發生過極大的分歧。當時不少中共高幹或其家族罕有地不理會「黨」的指示，自發前往趙家在北京富強胡同住所所設靈堂弔唁，並送上花圈或花籃。在靈堂上，有一顯眼的花圈寫著「齊心率子女上挽」。當時，中共元老習仲勛的夫人、時任浙江省委書記習近平的母親齊心不避嫌，以其個人和「率子女」的名義向趙家送上了花籃。與習仲勛夫人齊心一同去弔唁並送花圈的還有李昭(胡耀邦夫人)全家、陸定一全體子女、原新聞出版署署長杜導正、原副總理田紀雲等等。
此前，在2004年趙紫陽病危後，廣東省前省委書記任仲夷也曾帶了10多名廣東的退休官員，上京與趙會面。2005年趙去世後，任仲夷還牽頭組織20多名老幹部，乘坐專機赴北京弔唁。趙紫陽次子趙二軍說，廣東也是當時唯一有專機接退休官員赴京弔唁的省份。趙二軍說，胡耀邦的子女不時會到趙家。趙紫陽任總書記期間擔任中辦主任、後來當上總理的溫家寶，雖然未曾參加弔唁或致送鮮花，但在趙紫陽去世後，溫的一名在廣東任職的前秘書曾對趙二軍表示「代表首長表示慰問」。
2007年，知名政論雜誌《炎黃春秋》刊登國務院前副總理田紀雲的文章「國務院大院的記憶」，其中有一段關於趙紫陽的正面描寫，讚賞「一貫倡導節儉，反對鋪張浪費，講排場」，成為極其罕見的一個例外。
雖然官方對趙紫陽蓋棺無定論，但中國民間對他卻普遍尊重和欽佩。曾經的秘書鮑彤對於趙紫陽有一個著名的評價：「黨內黨外，了解八十年代歷史的人，有真誠之心的人，不可能不敬重趙紫陽——發自內心的敬重，被壓在心底的敬重。」
至今，趙紫陽和去世一年多的妻子梁伯琪的骨灰至今還在北京富強胡同6號的趙紫陽的家裡，有報導稱，趙的子女前不久曾提出，希望父母的骨灰「入土為安」，也就是希望趙紫陽的骨灰能被安葬在中共最高領導人應該被安葬的八寶山公墓。中共中央辦公廳對趙紫陽子女這個要求的回覆是，「中央會在適當的時候考慮」。
