黃巢從長安撤退以後，走藍田，出商洛，一個月後，也就是中和三年（883年）五月，到達蔡州。
黃巢派名將孟楷為先鋒，攻打蔡州。蔡州節度使秦宗權出兵與孟楷交戰，大敗而回。孟楷包圍了蔡州，秦宗權見打不過，便投降了。
蔡州東北方向，大約二百里外，就是陳州（治所在今河南省周口市淮陽區）。
陳州的刺史趙犨，是個有些遠見的人，在黃巢攻打長安的時候，他就說：「黃巢假如不死在長安，必定會回頭東來。陳州就在他的行軍路線上，況且黃巢與許州、陳州的人一貫有仇，我們要預想到最壞的情況。」
所以，趙犨早早就做好了準備，修整加高了城牆，深挖了壕溝，在城裡儲存了大量的糧食，並招募了很多勇士，由他的幾個弟弟分別統領。
孟楷認為自己軍威無敵，沒有把陳州放在眼裡。他的隊伍松松垮垮地來到陳州附近，碰見的陳州守軍也都一戰即退，因此，孟楷紮下營寨以後，基本上沒有布置夜間的防衛。
趙犨瞅準時機，突然發動襲擊，將孟楷部下一萬多人基本殲滅，並擒殺了孟楷本人。
消息傳到黃巢大營中，黃巢震驚且暴怒，因為孟楷是他最寵信的大將。黃巢發誓要為孟楷報仇，率領全部兵力，還加上秦宗權的人馬，將陳州城死死圍住，在城外挖了五道壕溝，以達到困死趙犨的目的。每天派出上百路士兵，分頭攻打城牆各處。
陳州軍民見黃巢如此猛攻，人人都感到悲觀。趙犨是陳州本地人，對軍民說：「我家世代在陳州為官，誓與此城共存亡。陳州男子，歷來號稱精武忠義，豈能投降賊軍？況且我們已經殺了孟楷，黃巢一心報復，如果他攻破陳州，恐怕全城老小，沒一個能活命。我們只能死命守城了，有異議的，立刻斬首。」
陳州軍民沒有了退路，只能拼死守城，黃巢軍一時攻不進來。
黃巢這次動了蠻勁，不打下陳州絕不離開。他在陳州北面設立了大營，其中有他的宮室，還有各部門的辦公機構，儼然一副要在這裡長期駐紮下去的樣子。
黃巢下的這個決心，對當地百姓造成了一場空前浩劫。
此時河南各地，歷經多次戰火，百姓早已是一貧如洗，家家戶戶都見不到糧食渣子，人餓得靠著牆都走不動了。黃巢十幾萬大軍，從民間搜集不到軍糧，如何能維持下去？黃巢軍自有辦法，不過這個辦法，是中華史上最血腥恐怖的一頁。
黃巢軍從陳州附近的十來個州，捉來百姓，送到一個他們號稱「舂磨寨」的地方，黃巢軍在這裡設立了數百個巨型的舂臼，上面有巨型石碓，把百姓活著扔進臼里，用石碓搗碎，然後連骨頭一塊吃。每天在這裡被製成人肉醬的百姓，有數千人。黃巢圍攻陳州將近三百天，吃人的總數相當駭人。
舂磨寨喜歡黃巢的人值得體驗
趙犨帶著兄弟們一邊堅守，一邊派人偷偷混出城去求救。來救援的節度使有三位，分別是周岌、時溥、朱全忠。但這三位看來並不積極，趙犨是中和三年（883年）六月被包圍的，這三位來救援的時候，已經是十二月了。
來了之後，也只有朱全忠與黃巢部下打過一小仗，占了點小便宜，然後，三位節度使都在外圍觀望，不敢靠近陳州。他們三人商量之後，決定聯名寫一封信給李克用，請他來解圍。
中和四年（884年）二月，李克用接到求救信，便帶領胡、漢兵總共五萬大軍，渡河前往河南。有了李克用這面大旗，很多節度使也派兵來跟隨他了。
三月，以李克用為主的各路大軍集結完畢，四月初，進攻陳州正北的太康縣。駐守太康的是尚讓，付出了一萬人的代價，還是沒有守住太康，只好退走了。李克用占據太康，接著又攻占了陳州正西的西華縣。
聽到兩處失利的消息，黃巢終於認清了現實，收起了那為孟楷報仇的瘋狂執拗，他開始把四下包圍陳州的部隊收攏起來，陳州的被圍終於結束了。
下一步黃巢去往哪裡？汴州是最合適的地方。
汴州是宣武節度使朱全忠的治所，因此，朱全忠急忙帶領本部回到汴州，加強防守。
五月初三，下了一場特別大的雨，平地上的水有三尺深，黃巢的大營被水淹了，物資損失極大，又聽說李克用快要來了，黃巢當機立斷，命令全軍向汴州進發。
路過尉氏縣的時候，黃巢軍把這座城屠殺一空。尚讓帶領五千精銳騎兵在前開路，已經到了繁台，這台就是今天開封市東南禹王台公園裡的古吹台，離汴州城已經非常近了。
朱全忠急忙派人去向李克用求救。五月初六，李克用從許州出發，初八日，終於在一個叫王滿渡的地方追上了黃巢主力部隊。
王滿渡是一個渡口的名字，在今天中牟縣北的賈魯河上，當時，這條河的名字叫汴河。
這一天大雨如注，雷電交加。李克用軍到來的時候，黃巢軍正在渡河，這種「半渡」的狀態正是軍隊最混亂脆弱的時候，李克用毫不遲疑，馬上率領大軍發動攻擊。
這是一次決定晚唐形勢的大戰役，在雷電暴雨和比雷電暴雨更猛烈的李克用軍打擊下，黃巢軍全軍崩潰，死亡了一萬多人。
黃巢渡過汴河，向北逃跑。李克用帶兵緊追不捨。在對前途徹底失望的情緒下，尚讓帶領他部下一萬多人，投降了徐州的節度使時溥；而黃巢軍的更多將領，則投降了朱全忠，僅有少數將領投降了李克用。
第二天初九日，李克用在封丘縣再次追上黃巢，黃巢又損失許多人馬，繼續逃命。
初十日，又下起了大雨，黃巢害怕李克用重演雨中突襲的把戲，自己就先逃跑了。李克用在後面繼續追擊，追過今天延津縣的胙城鄉、長垣縣。黃巢一路奔逃，只剩下一千來人，往兗州方向逃去。
李克用追到黃巢的家鄉曹州，實在是追不動了，身邊跟來的只有幾百騎兵，人困馬乏，且乾糧也沒有了，只好回到汴州，補充完糧食，想再繼續追擊，卻突然發生了一件意外變故，使得他沒能繼續追擊黃巢。
這一仗，李克用俘虜了黃巢的小兒子和車轎、皇袍、大印等，並解救了被黃巢軍抓來的一萬多百姓男女，李克用命把這些百姓都釋放了。
李克用沒能繼續追擊黃巢，讓徐州的節度使時溥撿了一個大便宜。
二十日，時溥派了一員大將，帶領尚讓等人，繼續追擊黃巢。
六月十五日，昔日黃巢軍的二號人物、叛徒尚讓，在兗州附近追上黃巢，面對昔日的一號人物，毫不留情，發動猛攻。一戰過後，黃巢的人馬死亡殆盡，帶著一些最親近的人，向北逃跑，進入泰山，來到一條叫狼虎谷的山谷。
到這時，黃巢終於走投無路了，但他造反這麼多年，早已經不怕死亡了，他把他的外甥、大將林言叫來，囑咐說：「我本來是想殺盡天下的奸臣貪官，將朝廷清洗一遍。占領長安以後，在那裡死守不退，這是我的失誤。如今雖然回天無力，但無論誰殺了我，將我的人頭獻給唐皇，都可以獲得富貴。這件事不要便宜了別人，就由你來辦吧。」
林言當下聽完黃巢的話，哭泣著不忍下手。黃巢見他這樣，便拔刀自殺，結果力度不夠，沒能當場死去。林言只好流著淚水，割下了黃巢的人頭。這一朵逆天改命，暴烈沖天，殺人無數的菊花魔，就此凋謝了，當時六十五歲。
他從乾符二年（875年）六月起兵響應王仙芝，到現在整整九年了，其間打遍了多半個中國，重創了大唐王朝，在中國歷史上留下了非常複雜的名聲。
黃巢還有另外七個兄弟，以及妻子兒子，這些人也都絕望了，任憑林言殺了他們。
林言把所有這些人頭，都用盒子裝起來，來到山谷外，想去投降時溥。沒想到在路上遇到了一支官軍部隊，這些人殺了林言，把那些人頭再加上林言的人頭，一同送到時溥那裡去請功。
時溥於是把這些人頭，加上黃巢後宮的女人們，一同送到成都，
唐僖宗在成都的大玄樓舉行受俘儀式，讓宦官傳話，問這些黃巢的女人們：「你們都是勛臣貴戚的後代，世代受國家厚恩，為什麼要委身從賊？」
站在前頭的一個女子，清清楚楚地說道：「國家有百萬大軍，卻不能剿滅反賊。陛下放棄宗廟，遠赴巴蜀。如今卻來責備我們這些弱女子不能反抗賊人，您讓那些公卿將相的臉面往哪裡擱？」
這話讓僖宗無言可對，當下惱羞成怒，下令把這些女人都斬首示眾。
臨刑之時，旁邊圍觀的百姓見這些女人可憐，紛紛送酒給她們喝，醉醺醺地也就不痛苦了。一群女人都流著眼淚，把自己灌醉，不省人事，只有這為首的女子，一口不喝，自始至終，神色肅穆，言不失道，舉止從容，慨然赴死。
時溥獲得了黃巢的人頭，確實是大功一件，但假如當時李克用補充足糧食之後，繼續追擊黃巢的話，還有誰敢與他去爭這個功勞？
當時李克用遭遇了什麼，使得他放棄了追擊黃巢？
