1966年，馬思聰在文化大革命中受迫害。1967年1月15日與女兒馬瑞雪、夫人王慕理、兒子馬如龍乘「002」號電動拖船偷渡香港。1967年4月12日美國國務院公布，北京中央音樂學院院長馬思聰逃出中國大陸，來此避難。馬思聰同夫人及兩個孩子，一起被批准避難。此後不久，馬思聰在紐約公開露面，在寓所接待外國記者，發表了題為《我為什麼逃離中國——關於「文化大革命」的可怕真相》的講話。原文如下：
「我是音樂家。我珍惜恬靜、和平的生活，需要適宜工作的環境。況且我作為一個中國人，非常熱愛和尊敬自己的祖國和人民。當然，我個人所遭受的一切不幸和中國當前發生的悲劇比起來，全是微不足道的。『文化大革命』在毀滅中國的知識分子。去年夏秋所發生的事件，使我完全陷入了絕望，並迫使我和我的家屬成了逃亡者，成了漂流四方的『飢餓的幽靈』。如果說我的行為在某種意義上有什麼越軌的地方的話，那就是我從中國逃跑了……」
「文化大革命」的災難
從1966年的春天開始，中國遭受了一場史無前例的劫難，文化界、教育界的知識分子首當其衝，遭到了殘酷的迫害和打擊。5月底，被「革命口號」煽動起來的中央音樂學院的青年學生們，給他們的院長貼出了大字報。一夜之間，馬思聰成了「資產階級反動權威」、「三名三高的修正主義分子」。往日熱鬧的馬宅也冷清了下來，學生再也不上門學小提琴。「文化大革命」，這個陌生的名詞，讓他感到惶恐、不可理解。在朋友和家人的勸告下，馬思聰發表了一個聲明，表示堅決、熱情地支持「文化大革命」，願意接受廣大「革命師生」的批判。6月中旬，文化部系統的藝術院校的「黑線人物」500多人，被集中到北京郊區的社會主義學院的校園內，住進了「牛棚」。他們當中，有各院校的領導，知名的教授、畫家、音樂家、導演、名演員、作家，馬思聰也是他們中的一員。在那裡，馬思聰他們被迫每天學習有關「文化大革命」的文件，寫交待材料和揭發材料。
8月3日上午，一輛貼有「黑幫專用」標語的卡車，把馬思聰等10多位中央音樂學院的「黑幫」押回了學院，接受「紅衛兵小將」們面對面的批判。剛下卡車還沒來得及站穩腳跟，一桶漿糊就倒在馬思聰的頭上，接著，一張大字報貼在他身上，一頂寫有「牛鬼蛇神」字樣的紙糊高帽子戴在頭上，脖頸上前後掛上兩塊牌子，前面寫著「資產階級音樂權威——馬思聰」，後面寫著「吸血鬼」。一個「紅衛兵」順手將一隻破搪瓷盆和一根木棍塞在馬思聰手中，逼他一面走一面敲。
