中醫理論認為人體的器官不是獨立存在的，每一個器官都是一個系統，包含了器官本體，以及和每一個器官相對應的經絡和穴位。
中國的醫學理論和西方的醫學理論在根本上有很大的差異，中醫的理論認為人體是一個完整的系統。中國古代聰明的醫生發明了陰陽和五行的理論。五行是利用自然界五種不同特性的元素來比擬人體的五種不同的主要器官。金、木、水、火、土等五種元素，對應人體的五個主要臟器：肺、肝、腎、心、脾。其中每一個器官對應一種元素，肺臟對應於金，肝臟對應於木，腎臟對應於水，心臟對應於火，脾臟對應於土。
古代的人類並沒有多少解剖學的知識，人體內部的器官對大多數人而言，都是非常抽象的，除了想像之外，沒有什麼更好的方法來形容。不但器官的形體無法形容，器官的性質和功能就更不容易說明了。自然界的金、木、水、火、土這些元素，多數人都能理解其特性，因此非常適合用來把抽象的人體器官性質解釋清楚。同時這些元素的性質，也給醫生們提供了思考和演繹疾病成因的靈感。
中醫理論認為人體的器官不是獨立存在的，每一個器官都是一個系統，包含了器官本體，以及和每一個器官相對應的經絡和穴位。這種情形和現代的電燈系統有點類似，器官就像燈泡一樣，經絡則像是接引電源至燈泡的電線，穴位則像是接在電線上的開關。包含燈泡、電線和開關的完整組合，才能稱之為電燈系統。當燈泡不亮時，可能是沒有電，也可能是開關壞了，或是電線有問題，或是燈泡壞了。而器官的功能不好時，可能是身體的血氣（能量）不足（就像電燈沒有電），也可能是穴位阻塞（就像開關壞了），或經絡堆了太多的垃圾形成不暢通的狀態（就像電線有問題），或器官出了問題（就像燈泡壞了）。
中國人有一句俗語「頭痛醫頭，腳痛醫腳」，是用來形容醫療技術非常差的醫生。當患者出現疾病的症狀時，醫術高明的中醫必須仔細觀察患者，利用古代流傳下來的醫書里介紹的技術，以及長期積累的經驗，找出疾病的真正根源。例如當我們喝溫度很低的冰水時，如果喝得很急，常常會在臉部側面直到額頭太陽穴出現一條線狀部位的疼痛。從中醫的觀點來看，那條疼痛的線是胃的經絡，因此，這種疼痛代表喝冰水太急時，會傷到胃的症狀。也就是說，這種額頭上的疼痛實際上來自胃的疾病。胃的經絡分布的位置是從頭部到腳部左右對稱的兩條很長的線，如果在這條經絡的頭部出現疼痛，中醫會認定是胃的疾病，但是卻可能在胃經腳部的穴位進行針灸。
因此，頭部的疼痛，有時要在腳上治療。也就是說，「頭痛不一定醫頭，腳痛不一定醫腳」。在古代的中國，如果一個醫生只會「頭痛醫頭，腳痛醫腳」，人們一定會懷疑他的醫療技術。
五臟六腑是中國人用了幾千年的一個名詞，就是指人體內的主要器官。中國人把人體內部的主要器官分為「髒」和「腑」兩個大類。「髒」是指實心或有機構的器官，有心、肝、脾、肺、腎五個髒。「腑」是指空心的容器，有小腸、膽、胃、大腸、膀胱五個腑，另外將人體的胸腔和腹腔合併起來作為第六個腑，稱為三焦。
髒和腑除了在性質上有很大的差異之外，其經絡的位置也有很大的不同。所有髒的經絡都在手臂和腿部的內側，以及身體的前側。腑的經絡則在手臂和腿部的外側，以及身體的背面。當人體面臨危險的威脅時，會本能地彎曲起身軀，所有髒的經絡都在身體的內側，受到了非常好的保護，只有腑的經絡暴露在外。相比之下，髒遠比腑重要，如果人的身體真的是造物主所設計，這樣的安排是非常合理而高明的。中國人的這種「髒」和「腑」的分類方法，體現了極高的觀察力和智慧。
另外，古代的中醫還發現每一條髒的經絡都和另一條腑的經絡緊密相連。例如手臂上肺的經絡和大腸的經絡分別在手臂的內外兩側，用針刺穴位治療時，如果針尖到達的位置真正是經絡的所在，那麼肺和大腸的經絡實際上可能只有幾毫米的距離。
雖然從解剖學來看，肺和大腸在完全不同的位置，甚至找不出任何關聯。但是從經絡上看，這兩個器官卻是緊密相連的，而兩條經絡上的各種物理特性，例如溫度、導電性、體液流動等，都會互相影響。古代的中醫就把這兩個器官視為相同的系統，稱為「互為表里」。
中醫經過幾千年的觀察，也確認了這兩個器官發生變化時，經常是同步而且性質相同的。例如，人體出現感冒的症狀時，在中醫看來，這是肺熱的現象（熱和寒的症狀是中醫疾病診斷中非常重要的指標），這時通常也會伴隨著便秘的症狀，中醫稱這時的便秘為大腸燥熱症。
類似於肺與大腸互為表里的情形也發生在心和小腸、肝和膽、脾和胃、腎和膀胱等器官之間。這種「臟腑互為表里」的歸納方法，把原來的十個器官減少到五個體系，人體系統分析診斷的複雜程度立刻大幅下降。這樣也有機會用五行中的五個元素，來描述所有髒和腑之間的複雜關係。
除了這五個主要的髒和腑之外，古代的中醫還發現另外四條主要的經絡。第一條是在手臂內側的中心在線，稱為心包經，和心包的功能有密切關係，這條經絡功能的好壞直接影響血液運行的狀態。第二條是位於手臂外側的中心在線，稱為三焦經，經常會反映胸腔和腹腔的問題，這條經絡功能的好壞直接影響「氣」的運行狀態。第三條是位於人體軀幹正面的中心在線，稱為任脈。第四條在人體背面，稱為督脈。任脈和督脈與身體所有器官都有關聯，是人體最重要的經絡。
由於心包和心臟是在一起的，而三焦卻和所有其他的腑沒有關聯，因此，中國人就把所有臟腑稱為「五臟六腑」。五臟是心、肝、脾、肺、腎，其中的心包含了心臟和心包兩個系統；六腑則是小腸、膽、胃、大腸、膀胱、三焦。除了前面所說的五臟和五腑互為表里外，心包和三焦則是另一組互為表里的經絡。
比較中、西醫對人體系統的描述，可以看出，西醫是以近代的解剖學為基礎，以眼睛所見的硬體結構來建立系統，各個系統都是獨立的，系統之間並沒有太多的關係。中醫則是累積了數千年人類經驗所形成的智能體系，以推理的方式，就整個人體的軟硬體結構建立一個具備了縝密的邏輯和結構的系統，因此能夠沿用數千年。
在中國古代的書籍中，很少提到「腦」，這也是中西醫概念上很大的差異之一。
中醫的觀點中，人體是一體的，五臟六腑之間有非常緊密的關係，而且是經常保持平衡的。除了解剖學所提到的硬體之外，中醫還有許多概念性或功能性的系統，例如能量系統、資源管理系統等。在過去科技不發達、沒有測量儀器的年代，由於缺乏數字概念，醫書中只能用各種特殊的名稱來表示這些系統。如能量系統就用陰、陽、五行、虛、實、血氣和火來表示；資源管理系統則用相生相剋、平衡及其他的方式來表示。由於這些描述和現代科學精確的數據化用語有很大的差異，使得整個中醫看起來成為難以理解的玄學。
從現代工程學來看，就人體這樣一個獨立運行的系統而言，依據解剖學所建立的現代醫學人體系統有很多缺陷。例如，能量系統是所有獨立個體不可或缺的部分。就像個人計算機中的電源供給系統、汽車上的油路系統和電路系統都是系統中的能量系統，是各自非常重要的部分，唯獨現代醫學所描述的人體系統中沒有這個部分。
在中醫的系統中，還有一個非常重要的部分，就是人體的經絡系統。這個部分多年來在解剖學上一直都不能被證實，直到1998年中國的一個科研小組經過8年的努力，總算在解剖的過程中找到經絡確實存在的證據，發現整個經絡系統中最重要的物質是一種生物液晶，它對某些特定波長的遠紅外線具有近似光纖維的物理特性。這些新的發現配合20世紀末全球電腦網路的發展，很容易讓人聯想到人體也是由一個網絡系統所構成的世界。這些經絡物質和電子通信網絡中的物質特性如此接近，更增添了這種可能性。
在生物的早期階段，一些低等動物並沒有大腦，經絡系統是這些動物體內調節各個臟器的主要部分。套用現代計算機術語來說，這些經絡系統本身就具備通訊的功能，一個機體很可能不止一個計算機，也就是說動物的機體很可能不是只有單一的腦子，而是有很多個不同功能的「腦子」，它們相互關聯，構成了一個網絡系統。這個觀點和現代醫學認為大腦主宰人體諸多機能的觀點有很大差別。
人體是具有很高智慧的機體，並且有許多方面的能力。利用現代工程和管理的知識，結合中國古老的醫學傳統，我們可以仿照計算機的結構，畫出另一種人體結構方塊圖。
這個方塊圖將人體分為五個功能方塊和四個網絡系統，其功能分別詳述於後。利用這種對人體結構的思考邏輯，可以對多數慢性病理論重新進行界定，發展出新的病理邏輯。再依據這個新的病理邏輯，擬定完全不一樣的治療方案，從而最終有機會為慢性病的治療開創出一條新的途徑。
