三門峽工程失敗的直接結果，是對黃河河流生態環境、特別是中下游流域生態環境的嚴重破壞：黃河三門峽至潼關的淤積泥沙至今沒有解決；關中平原50多萬畝農田的鹽鹼化；水庫淹沒了大量的農田；水庫毀掉了文化發祥地的珍貴文化古蹟；黃河航運的中斷；30多萬移民的生活未能安置好，許多移民仍生活在貧窮線以下。三門峽工程直接經濟的損失為：高壩當低垻用，工程本身就浪費了大量人力、物力、財力；發電機裝機能力只有原來的1/5，發電目標沒有達到；高壩低用，防洪目標無法實現；兩次改建增加的費用，以及增加的常年運行費用等等。據最保守的估計，這些直接經濟損失已經超過三門峽工程的總造價，當時又是所謂三年大饑荒期間，如果把三門峽工程的投資用於救災，中國至少可以減少上千萬非正常死亡人數。
三門峽工程失敗了，毛澤東的威望卻通過造神運動達到了頂峰，張光鬥的學術地位也達到了頂峰，他不但是中國科學院的院士，也是中國科學院主席團成員兼技術科學部副主任、國務院學位委員會副主任、清華大學副校長、黨委副書記、校務委員會副主任、校務委員會名譽副主任、水利水電科研院院長、中國水利學會副理事長、《中國科學》和《科學通報》副總主編、《水利學報》主編、黃河水利委員會和長江水利委員會技術顧問、中國國際工程諮詢公司、成都、中南、西北、貴陽、昆明勘測設計研究院的技術顧問。1994又成為中國工程院的院士，就是人們所說的雙院士。
三門峽工程的失敗了，被實踐證明是正確的黃萬里仍然頂著右派的帽子，後來摘帽之後仍然沒有授課權。經過黃萬里本人和清華大學師生的抗爭，直到1998年長江洪水後，他才重新獲得授課權。此時他已87歲高齡，並患有癌症，但他還是十分珍惜這來之不易的授課權。他批評黃河三門峽工程論證中有專家竟肯放棄了水流必然趨向挾帶一定泥沙的原理，而奴顏地說黃水真的會清的，下游真會一下就治好，以討好領導的黨和政府。試想，這樣做，對於人民和政府究竟是有利還是有害？他的動機是愛護政府還是愛護自己的飯碗？正因為如此，黃萬里的頭銜只有兩個，教授和右派。
三峽工程上再次針鋒相對
1982年鄧小平為長江三峽工程開了綠燈，1984年國務院原則批准三峽工程。剛剛摘掉右派帽子的黃萬里，對中國決策者在沒有工程可行性論證報告的情況下就作出決策的做法，提出了嚴厲批評。1986年，中共中央和國務院決定進行長江三峽工程可行性研究報告，由水利部負責組織。兩院院士張光鬥被邀請為特別顧問，而黃萬里則被拒絕門外。1993年，國務院組織審查長江三峽工程的初步設計，張光鬥擔任審查委員會技術總負責人。之後國務院又邀請張光鬥擔任三峽工程質量檢查主要負責人。由於張光鬥在審查長江三峽工程初步設計中的貢獻，當時的國務院總理專門從總理基金中拿出錢，獎勵張光鬥等人在三峽工程論證決策中的特殊貢獻。
到2002年底，三峽大壩就要建成，現在回過頭來看，長江三峽工程可行性論證和初步設計有許多嚴重錯誤，僅舉其中三峽水庫的庫容量計算錯誤一例，來看張光鬥的科學態度：一個水庫工程的庫容量計算錯誤，是水庫工程設計中最嚴重的技術錯誤，根據加拿大國際勘測組織發表的張光鬥給國務院三峽工程建設委員會副主任郭樹言的信和談話，張光鬥進言道：三峽的防洪庫容問題可能你們知道了，沒有那麼大。這個研究是清華大學作的，長江水利委員會也承認這是真的。張光鬥建議以犧牲長江航運的利益，來彌補計算中誇大的庫容量，即把洪水控制水位由原定的海拔145米降到海拔135米，而這樣做的結果將造成長江航運周期性中斷。張光鬥向郭樹言獻策∶但這件事在社會上公開是萬萬不行的。張光鬥還是三峽工程質量檢查的主要負責人，其職責是向國家領導人撰寫工程質量報告、如實報導三峽工程質量情況。新聞界以張光鬥等人的報告為基礎，在電視、報紙上吹噓三峽工程質量百分之百合格，四分之三以上的個體工程質量為優秀。但張光鬥對郭樹言說：關於三峽工程的質量問題，我們的質量檢查報告寫得比較客氣，主要是怕人家攻我們。質量一般，這要說清楚，不是豆腐渣，但也不是很好。關鍵是進度趕得太快。張光鬥在信中特別強調：我給你們寫了封信，全是真話，沒有假話。如果此話為真，那麼張光鬥參與的三峽工程論證和他主持審查通過的工程設計中的論據和結論都為假話。他在中國的學術地位是所謂泰斗了，可是他從來沒有成為一個知識分子。
黃萬里的子女們對父親一生的評價是：他是一個誠實的人。他只說真話，不說假話；只會說真話，不會說假話。1989年6月之後，對三峽工程提出反對意見，已經被定義為大逆不道的行為，在中國沒有雜誌報刊敢刊登黃萬里的反對三峽工程的文章。但是黃萬里尋找一切可能，要讓世人知道三峽工程的危害。美國出版的現代中國研究雜誌就多次發表了他的文章。
他也曾三次給中共中央總書記寫信指出：長江三峽高壩是根本不可修的，是什麼早修晚修的問題、國家財政的問題，不單是生態的問題、防洪效果的問題，或能源開發程序的問題、國防的問題；而主要是自然地理環境中河床演變的問題和經濟價值的問題中存在的客觀條件，根本不許可一個尊重科學民主的政府舉辦這一禍國殃民的工程。但是他一次也沒有收到過回信。
黃萬里於2001年8月26日在清華大學的學校醫院病逝，享年90歲。黃萬里留給子女的遺囑，是關於長江堤防如何修築的措施。人們都說，他真是一個書生。
1935年，黃萬里獲得美國康乃爾大學水文科學碩士，1937年，獲美國伊利諾依大學工程博士（該校第七名、中國人中第一名該學位獲得者），並在田納西工程實習，任TVA諾利斯垻工務員，比國民政府派員前往見習要早10年。26歲學成回國後，他歷任國民政府全國經委水利技正、水利工程師、涪江航道工程處長、水利部視察工程師，甘肅省水利局長兼總工程師；1949年，任東北水利總局顧問1953至今清華大學水利系教授。如今，全國上下，從科學/工程兩院院士、水利系統、黃河長江三門峽三峽建設委員會大小幹員，有哪一個能在學歷資歷上與黃萬里一較高低，還不要說他作為科學家的良心、作為公民的責任感。
他以自己數十年的研究觀察，只想提醒別再犯愚蠢的錯誤：國家浪擲幾百幾千億、百萬生靈塗炭、大好山河糟蹋。
這不是危言聳聽。他要說的，是萬萬不可在中國的命脈大河築高壩。這話他在1957年說，對於造床質為泥沙的黃河，是萬不可在三門峽築壩的──沒有人聽。不到兩年，所有他預警的災難（潼關淤積、西安水患、移民災難）一一兌現。
