進入1990年代後，"獨立知識分子"的含義逐漸變味了。梁啓超、陳獨秀、胡適這樣的公共知識分子不再被認為是知識分子的典範，王國維、陳寅恪、吳宓這樣的獨立知識分子成為新的偶像。周作人的閒適小品文，張愛玲的海派小說，因為遠離政治（雖然他們本人或是漢奸或是漢奸家屬）而受到熱捧。在海外中文網站上，"獨立知識分子"的簡稱"獨知"，被賦予類似"小資"的寓意，甚至被認為是"犬儒"的近親。這種變化由何而來？
許紀霖分析了三個方面的原因：首先，"九十年代的知識分子在知識體制的擠壓下越來越局部化、專業化、學院化了，同社會的關係日趨淡薄，越來越分離。""一大批知識分子……不再自承是公共的知識分子，更願意成為現代知識體制裡面的學者，甚至是某一知識領域的專家。而九十年代國家控制下的知識體制和教育體制的日益完善、世俗社會的功利主義、工具理性大規模侵入學界，也強有力地誘導著大批學人放棄公共關懷，在體制內部求個人的發展。"其次，由於大規模的政治鎮壓與快速的經濟市場化，知識分子再一次被邊緣化。"他不再處於整個舞台的中央，舞台中心被另外一批人所占據，譬如腰纏千萬的富翁、暴發戶等新體制下的既得利益者，以及在公共傳媒和演藝圈大出風頭的各類明星。"第三，就是"後現代"的崛起。"中國的後現代文化的擁護者們借用西方後現代主義的理論，特別是福柯和利奧塔的理論，斷然宣布中國已經進入後現代社會，……在後現代的多元的、破碎的語境之中，公共信仰的元話語已經不復存在，也不需要存在，那麼知識分子也就喪失了其存在的意義。"
但是，中國現在並不是"後現代社會"，公共知識分子在西方的"衰落"不等於它在當下中國也應當"衰落"。1989年公共知識分子的挫折，只是權力的強制，而不是歷史的宿命。波斯納的翻譯者朱蘇力說：公共知識分子"對專業能力不足或正在下降的知識分子，確實有很大的誘惑"，"希望中國公共知識分子的數量將隨著社會的知識分工、專業化以及文化普及化而減少。我的基本理由仍然是韋伯的分析，也是經濟學的分工創造財富，才能獲得比較優勢的理論。"然而，單純經濟原理是解釋不了許多問題的，吳敬璉先生最近指出，"我們仍然處在政治經濟學時代"。如果從政治上看問題，廖保平指出："由於民主法治不健全，社會的制度和程序安排不到位，利益的訴求難以傳達到位，很多關係民眾切身利益之事，民眾難以通過有效程序，讓自己成為自己的代言人，於是呈現出社會對於公共知識分子的強烈需要。一旦形成一個制度化的社會，公民在契約規定的範圍內做好自己的分內事，爭取到自己應得的權益時，公共知識分子需求就會大打折扣。……在一個民主法制還在一團糟的時候，公共知識分子的活躍是社會進步的需要和表現，在一個民主法制健全的社會，公共知識分子的不活躍則是社會進步的需要和表現。從這個意義上講，我們更期望知識英雄寂寞的時代到來，但在這個時代還沒有到來之前，知識精英、思想英雄沒有理由犬儒地活著，就要與一切倒退的、阻攔的力量戰鬥，就要肩住歷史的閘門，讓人們奔湧向新天地。"
到21世紀初，"公共知識分子"概念的迅速普及和公共知識分子作用的再度顯現，是對於二十年前時代精神的呼喚與回歸，同時也是一種提升與弘揚。1980年代的"公共領域"還是比較狹小的，公共知識分子的呼籲，大部分只能刊載在《世界經濟導報》、《經濟學周報》、《理論信息報》等"小眾媒體"上。1987年12月27日，北京社會經濟科學研究所和中國管理科學研究院、《世界經濟導報》北京辦事處聯合舉辦"時局與選擇"大型學術討論會，中央電視台記者對於會議進行了全程攝影，這是我印象中民間思想界與電視媒體的首次結緣。此後，隨著電視的普及和都市報、周刊、網際網路的興起，公共知識分子才能夠直接面向社會大眾說話。同時，現在的公共知識分子，對於1980年代的知識分子以"精英"自居、"老子包打天下"的心態有充分的反思，對於知識分子學院化、專業化的必要性也有充分的理解。從二十年前"獨立知識分子"與"公共知識分子"的概念重疊，到現在各自涵義的剝離與清晰化，這在思想史上是一個很大的進步。
三、知識分子的兩種類型
在大學教育日益普及的今天，如果我們仍然想要保留知識分子這個詞，就要設立一個較高的標準：知識分子是知識、思想的發明者、製作者、加工者，這些創造物的傳播者、享用者、收藏者不在知識分子之列。
許倬雲在《歷史上的知識分子及未來世界的知識分子》一文中，引用北宋張載的四句話來劃分四類知識分子，對筆者很有啟發，但他把"每一個教師"都算作知識分子，與我在上面的知識分子定義不同。我把"橫渠四句"——"為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬世開太平"——分為兩組，"為天地立心"、"為往聖繼絕學"的是獨立知識分子；"為生民立命"，"為萬世開太平"的是公共知識分子。這與顧炎武所說"君子之為學也，以明道也，以救世也"，也是一致的。
許倬雲說："'為天地立心'，也就是解釋自然現象和宇宙意義，包括生命的意義、古往今來的意義等。張載說：天地本來無'心'，要人給它立個'心'。廣大空間為'宇'，無時無往為'宙'，要人去解釋宇宙，這屬於理念的維度。所以，這一類型的知識分子是理念上的哲學家。"泰勒斯等古希臘哲學家，就是不大過問希臘"公共領域"之"俗諦"的獨立知識分子先驅者。在中國，與他們最接近的是老莊學派，而《老子》中還是講了很多治國術的。在現代，維根斯坦可以說是一個比較純粹的哲學家，而中國的著名哲學家就比較難以擺脫政治的羈絆，馮友蘭、金岳霖都不行，或許沈有鼎可以算是一個獨立知識分子。
許倬雲把教師當作"為往聖繼絕學"的人，我不贊成，分歧在於如何理解"絕學"。教師主要使命是給學生講授"顯學"而不是"絕學"。譬如說，物理學教師不會在課堂上用很大的篇幅來講亞里士多德的《物理學》，化學教師也不會要求每個學生都能理解"燃素說"。物理學史學家與化學史學家，才是"為往聖繼絕學"的人。王國維研究甲骨文，許多西方學者研究各種死文字，中國語言學家搶救瀕於絕滅的少數民族語言，中國哲學史家力圖復原"楊（朱）學"的本來面目，這些才屬於"絕學"。"繼絕學"的目的主要不是為了人間的當下利益，而是為了保存和顯現"天地"所創造和庇護過的一切"真"，為後人留下一個儘可能完整的文化基因庫。陳寅恪在《王觀堂先生輓詩》中寫道："吾儕所學關天意，並世相知妒道真。"吳宓詩云："飛揚頗恨人情薄，寥落終憐吾道孤。"寫出了獨立知識分子的堅定追求與孤獨境遇。
陳寅恪說："天理人事之學，精深博奧者，亘萬古、橫九垓而不變，凡時凡地均可用之。而救國經世，尤必以精神之學問為根基。""精神之學問"就是所謂"道"。明代儒者已經指出："道也者天下古今公共之理"，"道也者，天下之公道也，學也者，天下之公學也"。王國維的《〈國學叢刊〉序》"正告天下曰：學無新舊也，無中西也"，"世界學問，不出科學、史學、文學，故中國之學，西國類皆有之，西國之學，我國亦類皆有之，所異者廣狹疏密耳。""中國今日實無學之患，而非中學西學偏重之患"，"中西二學盛則俱盛，衰則俱衰，風氣既開，互相推動。且居今日之世，講今日之學，未有西學不興而中學能興者，亦未有中學不興而西學能興者"，"慮二者之不能並立者，真不知世間有學問事者矣。"獨立知識分子是自己與"天"對話，他的學問是"究天人之際，通古今之變"，因此，與國家、種族、地區、社區這些大大小小的"公共領域"都沒有什麼關係，都可以置之度外。
公共知識分子則不然。許紀霖說："公共知識分子中的'公共'究竟何指？我以為，其中有三個涵義：第一是面向（to）公眾發言的；第二是為了（for）公眾而思考的，即從公共立場和公共利益、而非從私人立場、個人利益出發；第三是所涉及的（about）通常是公共社會中的公共事務或重大問題。"公共是與社群密不可分的。徐賁認為，杜威是公共知識分子的一個楷模。"他的葬禮在紐約市的一個不屬特別教派的社區教堂舉行，這座教堂的宗旨是'在這個世界實現摯愛的社群。'這對杜威來說是再合適不過了。杜威一生關心民主公民社群(共同體)問題。他生活在一個公共知識分子的時代，一個在美國被稱作為'新激進主義'的時代。……力主民主群體建設和教育改革的杜威就是這些公共知識分子中的一個。"如果我們可以把知識分子的桂冠賦予這個概念流行之前的人，馬克思當然是公共知識分子的第一人，西方舉辦的多次民意測驗都是這樣排名的。他的一句名言是："以往的哲學家只是解釋世界，問題在於如何改變世界。"
"為生民立命"，就是為百姓確立和實現生活的價值和利益。"為萬世開太平"，許倬雲的解釋是："提出一個理想境界──理想的社會、理想的生活或理想的人生態度，盼大家往那個方向走，並且用這些理想來針砭、批判、矯正眼前所見不合理的地方。"我認為還要加上"提出一系列達到理想境界的方法和途徑"。這在中國是有悠久歷史傳統的。《禮記·大同》提出的理想境界是："大道之行也，天下為公。"康有為以畢生精力撰寫了《大同書》。他認為"諸苦根源是九界"，實現大同則要破除這九界：第一曰去國界（分疆土部落），合大道也；第二曰去級界（分貴賤清濁），平人民族也；第三曰去種界（分黃白棕黑），同人類也；第四曰去形界（分男女），保獨立也；第五曰去家界（私父子夫婦兄弟之親），為天民也；第六曰去業界（私農工商之產），公生產也；第七曰去亂界（有不平不通不同不公之法），治太平也；第八曰去類界（有人與鳥獸蟲魚之別），愛眾生也；第九曰去苦界（以苦生苦，傳種無窮無盡，不可思議），至極樂也。康有為的大同世界比馬克思的共產主義更加全面和徹底，其中包括著佛學的底蘊。而要實現美好的目標，需要有人與人的交流和對話，需要社會協商與政治妥協，這些都是公共知識分子必須具備的素質。
我在1988年的一次知識分子討論會上說："中國的知識分子應發揮認識功能和價值功能。……知識界不能完成這種認識功能和價值功能的話，將中國不能發展、危機不能克服的原因推到政治家的軟弱無能以及老百姓的政治心理怎麼落後，這些都是沒有意義的。……知識界中可以有許多傾向、流派形成一個光譜，從參政到智囊團，到戰略研究思想庫。關鍵是要減少知識分子的機會主義——即不忠於自己的職業道德，無論做什麼，只要每個人都充分發揮自己的作用，知識分子的全面功能就發揮出來了。我認為應反對在各種角色中跳來跳去的方式，這樣會搞亂知識分子的社會目標。……首先從個人做起，要給社會樹立新的價值標準，提供新的預測、新的思想，應提出保持知識分子的良知和歷史責任感的口號"。
二十年過去了，恐怕不能說中國知識分子在兩種功能上都做得很好了。現在，既缺少公共知識分子，也缺少獨立知識分子；但是從長遠來看，更稀缺的是後者。破除權力的禁錮，挺身而出作一個公共知識分子，最需要的是勇氣和良知；破除"俗諦"的誘惑，潛心於"究天人之際"，作出超越前人的貢獻，則不僅僅需要耐心與毅力，更需要學界氛圍與個人天賦。在世界範圍內，二十世紀有羅素與愛因斯坦這樣的大家，集獨立知識分子與公共知識分子之極致於一身。在中國，我們有梁啓超、胡適這些百科全書式的知識分子領袖，但還沒有產生過具有世界水平的大哲學家、大科學家。既要有成千上萬的公共知識分子，又要有中國的維根斯坦、玻爾、韋伯、布勞代爾這樣的巨匠，要達到這樣一個目標，還需要我們中國知識分子幾十年乃至上百年的艱難跋涉。
